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- PDB-9d36: Structure of the C-terminal Domain of RAGE and Its Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d36
タイトルStructure of the C-terminal Domain of RAGE and Its Inhibitor
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / RAGE / AGE / Receptor for Advanced Glycation Endproducts / Inhibitor / ctRAGE / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation ...advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / transcytosis / induction of positive chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / protein localization to membrane / regulation of spontaneous synaptic transmission / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytosis / phagocytic cup / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / astrocyte activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / histone binding / molecular adaptor activity / learning or memory / response to hypoxia / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / apical plasma membrane / inflammatory response / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Theophall, G.G. / Ramasamy, R. / Schmidt, A.M. / Manigrasso, M. / Shekthman, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR Structure of ctRAGE bound to small molecule inhibitor
著者: Theophall, G.G. / Ramasamy, R. / Schmidt, A.M. / Manigrasso, M. / Shekthman, A.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4302
ポリマ－5,0171
非ポリマー4121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10000target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 5017.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
#2: 化合物 ChemComp-A1A2E / 4-[(morpholin-4-yl)methyl]-2-{4-[(2R)-5-oxopyrrolidin-2-yl]phenyl}quinoline-7-carbonitrile


分子量: 412.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution140 uM [U-13C; U-15N] ctRAGE, 100 uM RAGE406R, 90% H2O/10% D2ODMSO was added at ~ 1% to compensate for small molecule solubility.13C_15N_ctRAGE+406R90% H2O/10% D2O
solution240 uM [U-13C; U-15N] ctRAGE, 90% H2O/10% D2ODMSO was added at ~ 1% to compensate for small molecule solubility.13C_15N_ctRAGE90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
40 uMctRAGE[U-13C; U-15N]1
100 uMRAGE406Rnatural abundance1
40 uMctRAGE[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 60 mM / Label: Standard / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: QCI HCN Cyroprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARA20.12.24Elmar Krieger, Kornel Ozvoldik, Dr. Henk-Jan Joosten, Gert Vriend精密化
XEASYBartels et al.peak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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