PDB-9d1v: Human Beta-B2 Crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1v

タイトル

Human Beta-B2 Crystallin

要素

Beta-crystallin B2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Eye lens / oligomerisation / cataracts

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Beta-B2 Crystallin
著者: Frkic, R.L. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1v.cif.gz	316.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1v.ent.gz	259.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1v_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1v_full_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示
XML形式データ	9d1v_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	9d1v_validation.cif.gz	44.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k7u
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-crystallin B2

B: Beta-crystallin B2

C: Beta-crystallin B2

D: Beta-crystallin B2

ヘテロ分子

93.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.491, 82.915, 153.224
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-crystallin B2 / Beta-B2 crystallin / Beta-crystallin Bp 分子量: 23411.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYBB2, CRYB2, CRYB2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43320
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG 3350, 0.3 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.87 Å / Num. obs: 52335 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.222 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 1433206
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 28.8 % / R_merge(I) obs: 5.63 / Num. measured all: 108585 / Num. unique obs: 3774 / CC_1/2: 0.675 / R_pim(I) all: 1.057 / R_rim(I) all: 5.729 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→48.87 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	2526	4.85 %
R_work	0.2187	-	-
obs	0.2208	52097	98.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5986	0	11	227	6224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.131	811
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	821
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1110

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.04	0.3763	128	0.3496	2688	X-RAY DIFFRACTION	98
2.04-2.08	0.4096	126	0.3513	2729	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.13	0.3865	130	0.3412	2687	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.17	0.3306	147	0.3326	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.17-2.23	0.337	134	0.3202	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
2.23-2.29	0.4317	141	0.3442	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
2.29-2.36	0.3732	131	0.294	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.43	0.3845	148	0.3027	2723	X-RAY DIFFRACTION	98
2.43-2.52	0.3787	114	0.2795	2757	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.62	0.3048	143	0.2812	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.74	0.3112	166	0.2754	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.74-2.88	0.3369	139	0.2738	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.88-3.07	0.3512	144	0.243	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
3.07-3.3	0.2627	153	0.2205	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3-3.63	0.2393	138	0.2025	2798	X-RAY DIFFRACTION	99
3.63-4.16	0.2163	147	0.1717	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
4.16-5.24	0.187	148	0.1507	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-48.87	0.2176	149	0.1814	2995	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3609	0.2629	-0.6335	4.0052	2.3657	6.3546	-0.0362	0.0969	0.0392	-0.3804	0.0857	-0.0814	-0.4422	0.3953	-0.0483	0.3597	0.0011	0.0162	0.5445	0.0139	0.2538	-0.0156	-1.2033	-55.3391
2	2.0739	-0.2309	-0.5992	3.7357	-0.0294	3.973	-0.1768	0.0163	-0.3489	0.0152	0.0548	-0.3523	0.7762	0.8536	0.1332	0.465	0.1479	0.0533	0.6209	-0.0317	0.329	-3.9596	-0.5872	-14.2962
3	2.6789	0.8635	-0.2666	8.4892	-0.7158	3.6593	-0.3001	0.2633	0.1064	-0.6495	0.1673	0.4841	-0.3704	-1.1401	0.1191	0.5323	0.1677	-0.085	0.8738	-0.1536	0.3623	-32.86	1.3021	-58.3009
4	0.9887	0.7061	0.3493	1.37	-0.1442	5.2575	0.0477	0.1991	-0.0613	0.0205	-0.3913	0.246	-0.0083	-0.9734	0.3752	0.493	0.1102	0.0306	0.7932	-0.1213	0.4098	-28.7697	-4.2231	-52.8892
5	2.7052	-0.4973	0.6461	4.2022	0.4501	4.2582	-0.1164	0.0919	-0.0815	-0.1834	-0.1221	0.2546	0.472	-0.518	0.2485	0.3408	-0.0948	0.057	0.5313	-0.0707	0.2822	-29.9178	4.1585	-14.8803
6	4.0275	2.6665	-5.8262	7.3799	-2.8235	9.0305	0.0627	-0.3509	0.7782	0.2925	0.2458	0.2256	-0.5521	0.0176	-0.1676	0.3199	-0.0288	-0.0746	0.6352	-0.0672	0.3942	-16.0589	23.6353	-4.3951
7	3.4011	0.1468	0.2306	3.829	0.2244	1.9432	0.0362	-0.6952	0.0134	0.3566	0.0494	-0.2185	-0.0703	0.7529	-0.0901	0.279	-0.0234	-0.018	0.605	-0.0223	0.2602	-9.9393	14.544	-4.234
8	4.4761	1.1057	1.1818	3.2501	1.7928	3.8981	-0.2074	-0.4061	0.6055	-0.2566	-0.0998	0.2681	-1.0926	-0.3141	0.2659	0.706	0.0993	-0.04	0.462	-0.0521	0.3283	-15.2326	13.961	-45.0206
9	3.9974	-1.7778	-1.6043	6.1791	1.2611	2.8717	0.1764	0.608	0.0721	-0.0149	-0.2361	0.1101	-0.9458	0.6455	0.1596	0.7402	-0.0837	0.007	0.6351	-0.073	0.2883	-8.1488	9.2384	-46.9743
10	5.9124	-0.5078	0.9895	2.5128	-1.0951	2.5314	-0.1379	-0.8434	-0.7321	0.1938	-0.1339	-0.1765	1.6822	-0.2747	0.2893	1.3644	-0.1314	0.1815	0.6605	0.0753	0.4891	-22.0019	-17.6675	-0.8497
11	2.4306	-0.1631	-1.3535	2.0587	-0.0576	6.1344	-0.0263	-0.3776	-0.1644	0.4935	-0.1072	0.1444	0.9406	-0.5745	0.1454	0.8501	-0.0848	0.0955	0.5214	-0.0104	0.3822	-24.2658	-7.7443	-4.847
12	3.7856	1.0499	-0.9413	4.2317	-0.8323	3.0331	-0.0375	-0.1665	-0.3675	0.2577	-0.217	-0.063	0.5841	-0.327	0.2521	0.5515	-0.0045	0.0315	0.5169	-0.0797	0.267	-17.1969	-14.947	-44.9711
13	4.9931	-1.6217	-2.2955	4.6177	-0.7146	6.7223	0.0826	-0.3366	0.6515	0.1858	0.1232	0.3294	-0.3058	-1.6805	-0.1264	0.5824	-0.0524	0.0081	0.8252	-0.1002	0.3607	-27.648	-1.752	-41.6301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 13 through 83 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 84 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 107 through 195 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 12 through 33 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 34 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 107 through 170 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 171 through 196 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 14 through 61 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 62 through 106 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 107 through 184 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 185 through 195 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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