PDB-7k7u: BetaB2-crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k7u

タイトル

BetaB2-crystallin

要素

Beta-crystallin B2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / structural constituent of eye lens protein

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.03 Å

データ登録者

Tan, L.L. / Jackson, C.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: BetaB2-crystallin
著者: Jackson, C.J. / Carver, J.A. / Tan, L.L. / Grosas, A.B.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k7u.cif.gz	878.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k7u.ent.gz	740.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k7u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ytqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k7u-3 7k7u-2 1ytq-3 6k0k-2 1blb-2 6fg5-d 1blb-1 2bb2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

I: Beta-crystallin B2

J: Beta-crystallin B2

K: Beta-crystallin B2

L: Beta-crystallin B2

A: Beta-crystallin B2

C: Beta-crystallin B2

D: Beta-crystallin B2

E: Beta-crystallin B2

B: Beta-crystallin B2

F: Beta-crystallin B2

G: Beta-crystallin B2

H: Beta-crystallin B2

281 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

I: Beta-crystallin B2

J: Beta-crystallin B2

K: Beta-crystallin B2

L: Beta-crystallin B2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, The tetrameric assembly (oligomeric state) was confirmed using size exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering (SEC-MALS)
93.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Beta-crystallin B2

C: Beta-crystallin B2

D: Beta-crystallin B2

E: Beta-crystallin B2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Beta-crystallin B2

F: Beta-crystallin B2

G: Beta-crystallin B2

H: Beta-crystallin B2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.655, 113.192, 340.234
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Beta-crystallin B2 / Beta-B2 crystallin / Beta-crystallin Bp 分子量: 23411.932 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYBB2, CRYB2, CRYB2A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P43320
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v PEG 8,000, 8% (v/v) ethylene glycol PH範囲: 7.0 - 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.03→47.16 Å / Num. obs: 59687 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 68.16 Å² / CC_1/2: 0.992 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 3.03→3.11 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4370 / CC_1/2: 0.316 / R_pim(I) all: 0.771 / Χ²: 0.96 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YTQ

1ytq

解像度: 3.03→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 54.563 / SU ML: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25037	2971	5 %	RANDOM
R_work	0.18894	-	-	-
obs	0.19202	56644	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.608 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.02 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.03→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18024	0	0	62	18086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	18544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	16660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.646	25094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.188	1.585	38554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.649	5	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.765	22.96	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.42	15	3097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.835	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	21377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.602	5.194	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.602	5.194	8871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.283	7.772	11069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.282	7.772	11070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.047	5.555	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.047	5.555	9673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.46	8.175	14026
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.687	96.661	71821
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.686	96.666	71815
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.032→3.111 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	206	-
R_work	0.359	3945	-
obs	-	-	95.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7603	0.0556	0.3944	0.4025	0.1319	0.3556	-0.0332	-0.3534	0.0052	0.2082	-0.0076	-0.0629	-0.1208	-0.1727	0.0407	0.4228	0.098	0.0119	0.217	-0.0329	0.1153	-21.02	-28.331	39.597
2	2.0981	-0.1768	0.6055	0.2858	-0.1473	0.9712	-0.1327	0.3976	-0.0106	-0.0807	0.0659	-0.0808	-0.0227	-0.1786	0.0668	0.3649	-0.0671	-0.0093	0.2629	-0.0307	0.0999	-20.495	-27.815	10.338
3	3.4019	0.2144	0.2064	0.7577	-0.1458	0.4903	-0.0758	0.1659	0.4694	-0.0193	0.0051	-0.0821	-0.2799	-0.0514	0.0706	0.3744	0.0334	-0.0617	0.023	-0.0131	0.2909	-9.156	-13.705	22.637
4	1.9802	-0.4454	0.1411	0.346	-0.2139	0.7421	-0.1467	-0.1348	-0.2605	0.044	0.0822	-0.072	0.1619	-0.1207	0.0645	0.3721	0.0008	0.0506	0.0297	-0.0182	0.3761	-9.997	-42.655	27.631
5	3.1187	0.1916	0.2891	0.3437	0.0173	0.9354	0.0843	0.488	-0.0335	-0.0525	0.0621	0.0672	0.0455	0.2521	-0.1464	0.2747	0.0278	0.0148	0.2721	-0.0764	0.1347	31.053	27.96	17.462
6	2.9202	0.2521	0.6947	0.5743	0.0419	0.5648	0.0684	-0.0396	0.4125	0.0741	-0.0654	0.1673	-0.0849	0.0877	-0.0029	0.2738	-0.0146	0.0376	0.038	-0.0421	0.3372	16.612	43.257	31.329
7	3.1224	0.8624	0.6226	0.6706	0.2364	1.0333	0.1247	0.0605	-0.4115	0.0631	-0.0112	0.0184	0.3361	0.1021	-0.1134	0.344	0.0347	-0.0423	0.0158	-0.0498	0.3568	19.507	14.207	30.115
8	3.2112	0.3002	0.4407	0.2003	-0.02	1.1694	0.1247	-0.5297	0.1099	0.2234	-0.0286	0.0888	0.0379	0.0805	-0.0961	0.357	0.0081	-0.0015	0.2533	-0.0674	0.1793	27.824	31.658	46.265
9	3.448	-0.2949	0.1516	0.3366	0.1528	0.8653	0.0219	-0.6137	0.0307	0.0648	0.0243	0.0082	0.1004	0.0557	-0.0462	0.3126	0.0182	-0.0101	0.2971	0.0063	0.0822	25.599	-18.654	96.845
10	3.6186	0.0245	0.2312	0.2697	0.0468	0.8956	0.1252	0.0407	-0.6113	0.0007	0.0146	0.0347	0.327	-0.0271	-0.1398	0.3659	-0.0008	-0.0463	0.0085	-0.0199	0.3434	11.283	-33.473	82.283
11	3.4563	-0.4819	-0.0608	1.0031	0.3054	0.5381	0.0362	-0.2201	0.3021	-0.0925	-0.1116	0.0717	-0.2042	0.0523	0.0754	0.3994	0.0375	-0.0218	0.0916	-0.076	0.2223	14.828	-4.292	84.053
12	2.208	-0.1264	0.0656	0.1401	0.0074	1.2449	0.0621	0.2383	-0.2431	-0.1542	0.0093	0.0932	0.093	0.2079	-0.0714	0.4397	0.0181	-0.0095	0.1638	-0.093	0.1696	22.98	-21.952	67.884
13	0.008	0.0167	-0.0187	0.0514	-0.0348	0.0597	0.0199	0.0111	0.0199	0.056	0.012	0.1314	-0.0018	0.0144	-0.0319	0.3436	0.048	0.0042	0.1902	0.0024	0.6014	7.874	-1.594	48.58

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	I	13 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	J	13 - 194
3	X-RAY DIFFRACTION	3	K	11 - 196
4	X-RAY DIFFRACTION	4	L	13 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	12 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	12 - 194
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	12 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	13 - 194
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	11 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	11 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	G	12 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	12	H	13 - 195
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	301 - 309
14	X-RAY DIFFRACTION	13	B	301 - 304
15	X-RAY DIFFRACTION	13	C	301 - 309
16	X-RAY DIFFRACTION	13	D	301 - 303
17	X-RAY DIFFRACTION	13	E	301 - 305
18	X-RAY DIFFRACTION	13	F	301 - 305
19	X-RAY DIFFRACTION	13	G	301 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	13	H	301 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	13	I	301 - 305
22	X-RAY DIFFRACTION	13	J	301 - 302
23	X-RAY DIFFRACTION	13	K	301 - 303
24	X-RAY DIFFRACTION	13	L	301 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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