PDB-9d1t: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1t

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 9

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold / Carboxylic ester hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 9
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1t.cif.gz	150.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1t.ent.gz	114.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.147, 92.905, 105.039
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 65863.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→46.45 Å / Num. obs: 101479 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.138 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 1356583
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 2.244 / Num. measured all: 68212 / Num. unique obs: 5010 / CC_1/2: 0.584 / R_pim(I) all: 0.627 / R_rim(I) all: 2.331 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45→46.45 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	5054	4.99 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1664	101384	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→46.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4586	0	76	635	5297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.482	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	706
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2903	158	0.2749	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.48	0.2579	174	0.2658	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.48-1.5	0.3255	171	0.2542	3192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2711	172	0.2498	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2495	177	0.2412	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2949	158	0.2308	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.237	164	0.2184	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2367	159	0.2074	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.63	0.2545	172	0.2051	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.2119	166	0.1857	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2461	184	0.1855	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2081	164	0.1734	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.1926	172	0.1692	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.79	0.2168	165	0.1668	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.1885	162	0.163	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.2313	162	0.166	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.92	0.1886	161	0.1748	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.1784	157	0.1582	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.2246	159	0.1573	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1882	145	0.16	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.17	0.1926	175	0.1623	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.25	0.1821	158	0.1562	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.1867	159	0.1569	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.48	0.1755	178	0.1597	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.63	0.1792	175	0.1592	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.84	0.2192	170	0.1674	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-3.12	0.1992	180	0.1651	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.58	0.1554	166	0.1483	3293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-4.5	0.173	179	0.1347	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-46.45	0.1789	212	0.1575	3430	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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