PDB-9d1l: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d1l

タイトル

Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 1

要素

Carboxylic ester hydrolase

キーワード

HYDROLASE / directed evolution / insecticide resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Frkic, R.L. / Fraser, N. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lucilia cuprina alpha esterase 7 directed evolution round 1
著者: Frkic, R.L. / Fraser, N. / Correy, G.J. / Mabbitt, P.D. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2024年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d1l.cif.gz	263.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d1l.ent.gz	208.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d1l_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d1l_full_validation.pdf.gz	502.3 KB	表示
XML形式データ	9d1l_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	9d1l_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/9d1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carboxylic ester hydrolase

ヘテロ分子

67.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.963, 92.141, 104.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carboxylic ester hydrolase 分子量: 66146.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 遺伝子: LcaE7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q25252, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 6種, 758分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8-13% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM BisTris pH 6.5, 6% methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→44.45 Å / Num. obs: 221476 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 2962157
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 2.41 / Num. measured all: 136341 / Num. unique obs: 10326 / CC_1/2: 0.456 / R_pim(I) all: 0.679 / R_rim(I) all: 2.506 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→44.45 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1729	10975	4.96 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1616	221371	97.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→44.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4597	0	103	740	5440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.893	789
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	697
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	840

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.3021	354	0.322	6572	X-RAY DIFFRACTION	92
1.11-1.13	0.2958	354	0.3049	6589	X-RAY DIFFRACTION	93
1.13-1.14	0.289	362	0.284	6685	X-RAY DIFFRACTION	93
1.14-1.15	0.2683	335	0.2602	6719	X-RAY DIFFRACTION	94
1.15-1.17	0.2551	355	0.2497	6695	X-RAY DIFFRACTION	94
1.17-1.18	0.2639	339	0.2298	6858	X-RAY DIFFRACTION	95
1.18-1.2	0.2253	356	0.2258	6764	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2-1.22	0.2119	374	0.2153	6862	X-RAY DIFFRACTION	96
1.22-1.24	0.2091	367	0.2049	6860	X-RAY DIFFRACTION	96
1.24-1.26	0.2135	348	0.2102	6931	X-RAY DIFFRACTION	97
1.26-1.28	0.2181	401	0.206	6900	X-RAY DIFFRACTION	97
1.28-1.3	0.2143	361	0.1906	6973	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3-1.33	0.1801	385	0.1835	6929	X-RAY DIFFRACTION	98
1.33-1.36	0.1841	369	0.1751	7000	X-RAY DIFFRACTION	98
1.36-1.39	0.18	369	0.1666	7018	X-RAY DIFFRACTION	98
1.39-1.42	0.1741	353	0.1601	7051	X-RAY DIFFRACTION	98
1.42-1.45	0.1703	365	0.1556	7063	X-RAY DIFFRACTION	98
1.45-1.49	0.1771	351	0.1516	7046	X-RAY DIFFRACTION	98
1.49-1.54	0.17	323	0.1508	7147	X-RAY DIFFRACTION	98
1.54-1.59	0.1597	334	0.1482	7126	X-RAY DIFFRACTION	99
1.59-1.64	0.1627	410	0.1474	7112	X-RAY DIFFRACTION	99
1.64-1.71	0.1706	359	0.146	7103	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.79	0.1567	376	0.1463	7173	X-RAY DIFFRACTION	99
1.79-1.88	0.1717	380	0.1527	7190	X-RAY DIFFRACTION	99
1.88-2	0.1655	373	0.1553	7227	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.15	0.1573	370	0.1527	7213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.37	0.1639	381	0.1509	7275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.71	0.1711	396	0.1602	7300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-3.42	0.1666	386	0.1545	7384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-44.45	0.153	389	0.1408	7631	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3035	0.0639	-0.174	2.0023	-0.3242	1.1786	-0.0435	0.0482	0.146	-0.0613	0.0519	0.0722	-0.0358	-0.1236	0.0122	0.1157	-0.0154	-0.002	0.1243	0.0079	0.0658	27.9739	7.9786	-32.2703
2	0.4454	0.1287	-0.0323	0.5068	-0.0259	0.3166	-0.0009	0.0331	-0.0062	-0.0448	-0.0055	-0.022	0.0017	0.0106	0.005	0.1098	0.0126	0.0065	0.1101	0.0022	0.099	25.4114	-7.9962	-24.6529
3	2.2797	0.5162	-0.2537	2.3996	-0.2727	1.8001	0.0018	0.2358	-0.0343	-0.2775	0.0334	0.257	-0.0217	-0.1345	-0.0272	0.1178	0.0149	-0.0523	0.183	0.0004	0.1488	1.5668	-14.9132	-35.3976
4	2.47	-0.428	0.7218	0.3714	-0.4475	0.5519	-0.0488	-0.1514	0.0237	0.0542	0.029	0.0363	-0.0039	-0.1451	0.0156	0.1096	0.0045	0.015	0.1167	-0.0028	0.104	10.1518	-17.7734	-16.2297
5	2.7083	-0.086	-0.3784	1.136	-0.2964	0.4307	0.0439	0.0903	0.1396	0.0159	0.0484	0.2085	-0.0074	-0.1009	-0.0929	0.1387	0.0039	0.0068	0.1387	0.0054	0.1097	3.478	-3.4372	-3.4
6	0.9708	-0.0461	-0.0527	2.3298	-1.3436	2.1662	0.0636	0.0038	0.0791	-0.0202	0.0161	0.1329	-0.0481	-0.0586	-0.089	0.0885	-0.0013	0.0057	0.0819	-0.0188	0.0962	21.178	8.2796	-11.9722
7	0.6914	-1.2868	0.6805	3.2295	-1.8196	1.688	-0.0243	-0.0749	0.151	0.3113	-0.0278	-0.2849	-0.1905	0.1298	0.051	0.1304	-0.0258	-0.0172	0.1422	-0.0208	0.13	32.6031	3.1783	-3.2622
8	3.7035	2.2575	-0.7859	2.0105	-0.6737	1.0671	0.1184	-0.3227	-0.0174	0.1602	-0.1254	0.0014	-0.0284	0.0335	-0.006	0.1507	0.0049	0.0115	0.1414	0.0009	0.0881	13.7958	-5.2141	5.1027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 258 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 259 through 296 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 342 through 435 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 436 through 491 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 492 through 530 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 531 through 570 )

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