PDB-9d04: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF CIRCULARLY PERMUTED HUMAN TASPASE-1 BOUND...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d04

タイトル

CO-CRYSTAL STRUCTURE OF CIRCULARLY PERMUTED HUMAN TASPASE-1 BOUND TO LIGAND SMDC994967 1-(ETHENESULFONYL)-4-{[4- (TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]METHYL}PIPERAZINE

要素

Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

キーワード

HYDROLASE / MLL / TASPASE-1 / CIRCULAR PERMUTATION

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; スレオニンエンドペプチターゼ / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / threonine-type endopeptidase activity / protein maturation / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF CIRCULARLY PERMUTED HUMAN TASPASE-1 BOUND TO LIGAND SMDC994967 1-(ETHENESULFONYL)-4-{[4- (TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]METHYL}PIPERAZINE
著者: Delker, S.L. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2024年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d04.cif.gz	248.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d04.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d04_validation.pdf.gz	915 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d04_full_validation.pdf.gz	920 KB	表示
XML形式データ	9d04_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	9d04_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/9d04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/9d04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d02C 6vkw PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

B: Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha

ヘテロ分子

71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.280, 60.280, 318.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Threonine aspartase subunit beta,Threonine aspartase subunit alpha 分子量: 35343.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TASP1, C20orf13 / プラスミド: VCID 11900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H6P5
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-R1G / 1-(ethenylsulfonyl)-4-{[4-(trifluoromethoxy)phenyl]methyl}piperazine 分子量: 350.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇F₃N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2. ...詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2.5MM 107546 (SMDC994967) SUPPLEMENTED WITH 20% ETHYLENE GLYCOL AS A CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 282660C3, UNIQUE PUCK ID GSA4-1

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: HUMAN TASPASE-1 VCID 11900 AT 9.23 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 8, 0.5 M NACL, 5% GLYCEROL AGAINST PACT SCREEN CONDITION B11 CONTAINING 0.1M MES, PH 5.8, 17% PEG 6000, 0.2M CALCIUM CHLORIDE + 2. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30.14 Å / Num. obs: 38039 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.85 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.25
反射シェル	解像度: 2.1→30.14 Å / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique obs: 22245 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	DEV_2467	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: internal structure

解像度: 2.1→30.14 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	1975	5.21 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.156	37912	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.9 Å² / B_iso mean: 44.32 Å² / B_iso min: 16.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→30.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4470	0	51	243	4764
B_iso mean	-	-	46.48	43.75	-
残基数	-	-	-	-	631

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	165	-
R_work	0.2092	2600	-
all	-	2765	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8988	-2.177	-2.5801	3.0113	1.6916	2.873	-0.0642	-0.0874	0.1577	-0.0406	0.0772	-0.0397	-0.3483	0.1749	-0.0584	0.2789	-0.0801	-0.0548	0.1608	0.0519	0.177	3.4113	15.2416	-9.5202
2	2.7528	-1.2178	0.2797	4.0847	-0.4623	5.5088	-0.1765	-0.3999	-0.1801	0.156	0.1806	0.3924	0.0735	-0.1244	0.0038	0.2774	-0.0903	-0.0149	0.2374	0.0416	0.2422	-3.3976	7.195	-1.3985
3	3.4739	-1.5179	0.6669	4.7661	-0.4942	4.6499	-0.0904	-0.2305	-0.0971	0.2468	0.0428	0.0431	-0.0714	0.1834	0.0636	0.2982	-0.0798	0.0237	0.2957	0.0221	0.1423	0.9143	11.1243	3.5029
4	2.4413	-0.7553	0.5774	4.3991	-1.4102	4.29	-0.0684	-0.2936	0.536	0.0501	-0.0553	-0.1532	-0.9445	0.4464	0.127	0.5541	-0.1276	-0.0335	0.3462	-0.0982	0.2803	3.4413	23.4039	3.3113
5	2.2518	-0.1426	-0.6259	2.6693	0.1918	2.3745	0.0021	-0.0608	0.2119	-0.2235	0.0805	-0.242	-0.5411	0.2162	-0.0772	0.4409	-0.1578	-0.0438	0.2023	0.0215	0.2365	5.6389	19.5185	-13.7192
6	6.1398	0.0079	-0.962	6.6554	-0.2912	6.208	-0.2152	0.5337	0.5063	-0.5903	0.1296	-0.3623	-0.5354	0.1714	0.06	0.5475	-0.1354	-0.0598	0.2435	0.0423	0.2147	3.9121	17.985	-24.8595
7	1.3764	-0.8297	1.1626	7.7823	-5.985	7.3719	-0.0978	0.1205	-0.1681	-0.4979	0.1208	0.0087	0.2395	0.0365	-0.0477	0.2243	-0.0554	-0.0098	0.1671	-0.0113	0.2003	1.3615	-7.2821	-21.9448
8	7.9272	2.3257	0.0291	5.2116	1.0795	2.5464	0.0657	-0.3011	0.2136	0.2259	-0.0765	1.0238	-0.0155	-0.2848	-0.0508	0.2925	-0.0731	0.0128	0.2213	0.0067	0.3992	-7.4834	-7.6092	-11.7814
9	4.5587	1.1185	0.3296	3.9566	-0.4319	6.7246	0.0068	-0.4621	0.474	0.5303	0.0389	0.9919	-0.8136	-0.4599	-0.0501	0.4108	-0.112	0.063	0.2995	-0.0538	0.6121	-11.1599	-8.5498	-15.042
10	4.3401	1.0717	-0.3638	3.919	0.3069	3.7684	0.009	0.2411	-0.1996	-0.6129	0.0274	0.708	0.5533	-0.1626	-0.0388	0.4787	-0.1448	-0.0937	0.2009	-0.0255	0.523	-9.3345	-18.806	-22.9499
11	1.5025	0.3205	0.1797	3.0438	-1.6129	2.0623	-0.0985	0.3055	-0.3586	-0.7677	0.0751	-0.0672	0.3144	0.1718	-0.0001	0.4084	-0.0506	0.0117	0.2474	-0.0455	0.2651	4.9756	-11.1053	-26.9921
12	7.8841	-0.7201	1.015	6.6609	-1.0602	4.8266	-0.0335	0.0621	-0.3309	-0.4809	0.0948	-0.9311	0.0287	0.8993	0.0437	0.261	-0.0988	0.0639	0.3175	-0.0116	0.3308	16.0606	-3.0251	-20.796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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