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- PDB-9czm: Ca2+ bound open-inactivated hSlo1 + beta2N-beta4 channel in nanodisc. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9czm
タイトルCa2+ bound open-inactivated hSlo1 + beta2N-beta4 channel in nanodisc.
要素
  • Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
  • Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / calcium and voltage gated ion channel / big potassium channel / human BK / hSlo1 / open-inactivated hSlo1 / ball and chain inactivation / hSlo1 inactivating subunit complex / beta2 beta4 / nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Ca2+ activated K+ channels / micturition / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / regulation of neurotransmitter secretion / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / smooth muscle contraction involved in micturition ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Ca2+ activated K+ channels / micturition / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / regulation of neurotransmitter secretion / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / action potential / voltage-gated potassium channel activity / detection of calcium ion / regulation of vasoconstriction / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / potassium ion transport / caveola / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / monoatomic ion transmembrane transport / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to hypoxia / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / synapse / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain superfamily / KCNMB2, ball and chain domain / Potassium channel, calcium-activated, BK, beta subunit / Calcium-activated potassium channel, beta subunit / : / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / : ...KCNMB2, ball/chain domain / KCNMB2, ball/chain domain superfamily / KCNMB2, ball and chain domain / Potassium channel, calcium-activated, BK, beta subunit / Calcium-activated potassium channel, beta subunit / : / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / : / Chem-POV / Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit / Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Agarwal, S. / Nimigean, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Ball-and-chain inactivation of a human large conductance calcium-activated potassium channel.
著者: Shubhangi Agarwal / Elizabeth D Kim / Sangyun Lee / Alexander Simon / Alessio Accardi / Crina M Nimigean /
要旨: BK channels are large-conductance calcium (Ca)-activated potassium channels crucial for neuronal excitability, muscle contraction, and neurotransmitter release. The pore-forming (α) subunits co- ...BK channels are large-conductance calcium (Ca)-activated potassium channels crucial for neuronal excitability, muscle contraction, and neurotransmitter release. The pore-forming (α) subunits co-assemble with auxiliary (β and γ) subunits that modulate their function. Previous studies demonstrated that the N-termini of β2-subunits can inactivate BK channels, but with no structural correlate. Here, we investigate BK β2-subunit inactivation using cryo-electron microscopy, electrophysiology and molecular dynamics simulations. We find that the β2 N-terminus occludes the pore only in the Ca-bound open state, via a ball-and-chain mechanism. The first three hydrophobic residues of β2 are crucial for occlusion, while the remainder of the N-terminus remains flexible. Neither the closed channel conformation obtained in the absence of Ca nor an intermediate conformation found in the presence of Ca show density for the N-terminus of the β2 subunit in their pore, likely due to narrower side access portals preventing their entry into the channel pore.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
F: Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
H: Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
A: Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
B: Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
C: Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
D: Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
G: Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)613,59664
ポリマ－585,6068
非ポリマー27,99056
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 EFHGABCD

#1: タンパク質
Large-conductance Ca2+-activated K+ channel beta2 subunit,Calcium-activated potassium channel subunit beta-4 / BK channel subunit beta-4 / BKbeta4 / Hbeta4 / Calcium-activated potassium channel / subfamily M ...BK channel subunit beta-4 / BKbeta4 / Hbeta4 / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit beta-4 / Charybdotoxin receptor subunit beta-4 / K(VCA)beta-4 / Maxi K channel subunit beta-4 / Slo-beta-4


分子量: 27431.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMB2, KCNMB4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5BNX0, UniProt: Q86W47
#2: タンパク質
Isoform 5 of Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA) ...BK channel / BKCA alpha / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-1 / K(VCA)alpha / KCa1.1 / Maxi K channel / MaxiK / Slo-alpha / Slo1 / Slowpoke homolog / Slo homolog / hSlo


分子量: 118969.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, KCNMA, SLO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12791

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非ポリマー , 5種, 56分子

#3: 化合物...
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ca2+ bound BK channel complex of hSlo1 + beta2N-beta4 subunitCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Inactivating beta2N-beta4 subunit chimeraCOMPLEX#21RECOMBINANT
3hSlo1 channelCOMPLEX#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 450 mM KCl, 5 mM EDTA, 15 mM MgCl2, 0.02% GDN and 0.05 mg/ml POPE:POPC:POPA 5:5:1 (w:w:w).
試料濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 48.45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2Leginon3.7画像取得
4RELION4.0.0CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.21.1モデル精密化
10RELION4.0.0初期オイラー角割当
11RELION4.0.0最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION4.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175971 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6v22

6v22


Accession code: 6v22 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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