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- PDB-9cze: High-Resolution Structure of Human DHODH for Molecular Replacemen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cze
タイトルHigh-Resolution Structure of Human DHODH for Molecular Replacement in Fragment Screening Campaign
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Crystallographic Fragment Screening / fragment-free protein / ligand identification.
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Purificacao, A.D. / Benz, L.S. / Froes, T.Q. / Weiss, M.S. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, European Union, 4件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)441038/2020-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/13237-5 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/06190-0 ブラジル
iNEXT-Discovery871037European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unexplored binding-sites on human DHODH identified by crystallographic fragment screening.
著者: Purificacao, A.D. / Benz, L.S. / Froes, T.Q. / Weiss, M.S. / Nonato, M.C.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20413
ポリマ－39,9441
非ポリマー1,26112
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.597, 90.597, 123.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39943.613 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 29-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 7種, 293分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.19 % / 解説: Square yellow crystals.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.8, 1.8 M ammonium sulfate and 30% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.46 Å / Num. obs: 77597 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.971 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3816 / CC1/2: 0.595 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→48.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.41 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1968 3937 5.077 %
Rwork0.1802 73613 -
all0.181 --
obs-77550 99.915 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.006 Å20.003 Å20 Å2
2--0.006 Å2-0 Å2
3----0.019 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 80 281 2963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0122898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.6513952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8115391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.306526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25310467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.65610115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1850.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0750.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.072.0931495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7373.7431890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6622.2811403
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7154.1032057
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.68725.4174772
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.3242630.2825413X-RAY DIFFRACTION99.9472
1.642-1.6860.2682770.2645276X-RAY DIFFRACTION100
1.686-1.7350.2452920.2475075X-RAY DIFFRACTION100
1.735-1.7890.2352940.224910X-RAY DIFFRACTION99.9808
1.789-1.8470.2062270.24895X-RAY DIFFRACTION100
1.847-1.9120.212360.194643X-RAY DIFFRACTION99.9795
1.912-1.9840.2122260.1854516X-RAY DIFFRACTION100
1.984-2.0650.1742620.1664318X-RAY DIFFRACTION100
2.065-2.1560.1912400.174146X-RAY DIFFRACTION99.9544
2.156-2.2620.1831900.174002X-RAY DIFFRACTION99.8809
2.262-2.3840.1672380.1623767X-RAY DIFFRACTION99.7758
2.384-2.5280.1731840.1613603X-RAY DIFFRACTION99.9472
2.528-2.7020.1861530.173394X-RAY DIFFRACTION99.7189
2.702-2.9180.1791820.1623166X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.1950.1791390.1572914X-RAY DIFFRACTION99.2523
3.195-3.570.1611390.1482657X-RAY DIFFRACTION100
3.57-4.1190.1671180.1542387X-RAY DIFFRACTION99.9202
4.119-5.0350.181210.1632001X-RAY DIFFRACTION99.8588
5.035-7.0830.266890.2241591X-RAY DIFFRACTION99.8811

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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