[English] 日本語
 Yorodumi
Yorodumi- PDB-9cz7: Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with comp... -
+ Open data
Open data
- Basic information
Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9cz7 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 12 | ||||||
|  Components | 
 | ||||||
|  Keywords | CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / avb6 integrin / fibrosis / idiopathic pulmonary fibrosis / free energy perturbation / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
| Function / homology |  Function and homology information Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / enamel mineralization / bronchiole development / integrin alphav-beta1 complex ...Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / enamel mineralization / bronchiole development / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / phospholipid homeostasis / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / hard palate development / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / surfactant homeostasis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / Molecules associated with elastic fibres / negative chemotaxis / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / lung alveolus development / Syndecan interactions / cell adhesion mediated by integrin / skin development / positive regulation of osteoblast proliferation / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of intracellular signal transduction / fibronectin binding / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / specific granule membrane / coreceptor activity / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein kinase C binding / molecular function activator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / wound healing / cell-cell adhesion / bone development / calcium ion transmembrane transport / VEGFA-VEGFR2 Pathway / response to virus / ruffle membrane / integrin binding / cell morphogenesis / cell migration / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / virus receptor activity / protease binding / angiogenesis / receptor complex / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species |  Homo sapiens (human)   Mus musculus (house mouse) | ||||||
| Method |  X-RAY DIFFRACTION /  SYNCHROTRON /  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.57 Å | ||||||
|  Authors | Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Lin, F.Y. | ||||||
| Funding support | 1items 
 | ||||||
|  Citation |  Journal: J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: The Discovery of MORF-627, a Highly Selective Conformationally-Biased Zwitterionic Integrin alpha v beta 6 Inhibitor for Fibrosis. Authors: Harrison, B.A. / Dowling, J.E. / Bursavich, M.G. / Troast, D.M. / Chong, K.M. / Hahn, K.N. / Zhong, C. / Mulvihill, K.M. / Nguyen, H. / Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Sosa, B. / Mostafavi, S. / ...Authors: Harrison, B.A. / Dowling, J.E. / Bursavich, M.G. / Troast, D.M. / Chong, K.M. / Hahn, K.N. / Zhong, C. / Mulvihill, K.M. / Nguyen, H. / Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Sosa, B. / Mostafavi, S. / Smukste, I. / Lee, D. / Cappellucci, L. / Konopka, E.H. / Nowakowski, P. / Stawski, L. / Senices, M. / Nguyen, M.H. / Kapoor, P.S. / Luus, L. / Sullivan, A. / Bortolato, A. / Svensson, M. / Hickey, E.R. / Konze, K.D. / Day, T. / Kim, B. / Negri, A. / Gerasyuto, A.I. / Moy, T.I. / Lu, M. / Ray, A.S. / Wang, L. / Cui, D. / Lin, F.Y. / Lippa, B. / Rogers, B.N. | ||||||
| History | 
 | 
- Structure visualization
Structure visualization
| Structure viewer | Molecule:  Molmil  Jmol/JSmol | 
|---|
- Downloads & links
Downloads & links
- Download
Download
| PDBx/mmCIF format |  9cz7.cif.gz | 862.6 KB | Display |  PDBx/mmCIF format | 
|---|---|---|---|---|
| PDB format |  pdb9cz7.ent.gz | Display |  PDB format | |
| PDBx/mmJSON format |  9cz7.json.gz | Tree view |  PDBx/mmJSON format | |
| Others |  Other downloads | 
-Validation report
| Summary document |  9cz7_validation.pdf.gz | 1 MB | Display |  wwPDB validaton report | 
|---|---|---|---|---|
| Full document |  9cz7_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML |  9cz7_validation.xml.gz | 60.4 KB | Display | |
| Data in CIF |  9cz7_validation.cif.gz | 76.8 KB | Display | |
| Arichive directory |  https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz7  ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/9cz7 | HTTPS FTP | 
-Related structure data
| Related structure data |  9czaC  9czdC  9czfC C: citing same article ( | 
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology  F&H Search | 
- Links
Links
- Assembly
Assembly
| Deposited unit |  
 | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 
 | ||||||||||
| Unit cell | 
 | 
- Components
Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB 
| #1: Protein | Mass: 66456.484 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR / Production host:  Homo sapiens (human) / References: UniProt: P06756 | 
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 52714.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)  Homo sapiens (human) / Gene: ITGB6 / Production host:  Homo sapiens (human) / References: UniProt: P18564 | 
-Antibody , 2 types, 2 molecules CD 
| #3: Antibody | Mass: 23722.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Mus musculus (house mouse) / Production host:  Homo sapiens (human) | 
|---|---|
| #4: Antibody | Mass: 23209.912 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.)   Mus musculus (house mouse) / Production host:  Homo sapiens (human) | 
-Sugars , 4 types, 6 molecules 
| #5: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #12: Sugar |  | 
|---|
-Non-polymers , 6 types, 75 molecules 








| #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-GOL / #10: Chemical | ChemComp-MG / | #11: Chemical | ChemComp-A1A6A / ( | Mass: 409.521 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H31N3O3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #13: Chemical | #14: Water | ChemComp-HOH / |  | 
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y | 
|---|---|
| Has protein modification | Y | 
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method:  X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 | 
|---|
- Sample preparation
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.72 % | 
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate | 
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | 
|---|---|
| Diffraction source | Source:  SYNCHROTRON / Site:  NSLS-II  / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.920105 Å | 
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2022 | 
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | 
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.920105 Å / Relative weight: 1 | 
| Reflection | Resolution: 2.57→52.06 Å / Num. obs: 69516 / % possible obs: 99.88 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 62.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.36 | 
| Reflection shell | Resolution: 2.57→2.662 Å / Num. unique obs: 5073 / CC1/2: 0.369 | 
- Processing
Processing
| Software | 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Refinement | Method to determine structure:  MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.57→52.06 Å / SU ML: 0.36  / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34  / Phase error: 25.52  / Stereochemistry target values: ML 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.57→52.06 Å 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refine LS restraints | 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| LS refinement shell | 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 
 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement TLS group | 
 | 
 Movie
Movie Controller
Controller


 PDBj
PDBj










