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- PDB-9czd: Crystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9czd
タイトルCrystal structure of integrin avb6 headpiece in complex with compound 30
要素
  • 17E6 Fab heavy chain
  • 17E6 Fab light chain
  • Integrin alpha-V heavy chain
  • Integrin beta-6
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM / avb6 integrin / fibrosis / idiopathic pulmonary fibrosis / free energy perturbation / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hard palate development / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / extracellular matrix protein binding / opsonin binding / enamel mineralization ...hard palate development / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / extracellular matrix protein binding / opsonin binding / enamel mineralization / integrin alphav-beta1 complex / bronchiole development / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / Laminin interactions / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / phospholipid homeostasis / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / regulation of phagocytosis / : / Elastic fibre formation / surfactant homeostasis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of intracellular signal transduction / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / negative chemotaxis / Syndecan interactions / microvillus membrane / skin development / lung alveolus development / cell-substrate adhesion / positive regulation of osteoblast proliferation / endodermal cell differentiation / PECAM1 interactions / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / lamellipodium membrane / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / voltage-gated calcium channel activity / vasculogenesis / specific granule membrane / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / phagocytic vesicle / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein kinase C binding / molecular function activator activity / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / wound healing / bone development / cell morphogenesis / response to virus / cell-cell adhesion / calcium ion transmembrane transport / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / cell migration / integrin binding / cell junction / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protease binding / angiogenesis / receptor complex / cell adhesion / positive regulation of cell migration / immune response / inflammatory response / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / Integrin alpha-V / Integrin beta-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Lin, F.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: The Discovery of MORF-627, a Highly Selective Conformationally-Biased Zwitterionic Integrin alpha v beta 6 Inhibitor for Fibrosis.
著者: Harrison, B.A. / Dowling, J.E. / Bursavich, M.G. / Troast, D.M. / Chong, K.M. / Hahn, K.N. / Zhong, C. / Mulvihill, K.M. / Nguyen, H. / Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Sosa, B. / Mostafavi, S. / ...著者: Harrison, B.A. / Dowling, J.E. / Bursavich, M.G. / Troast, D.M. / Chong, K.M. / Hahn, K.N. / Zhong, C. / Mulvihill, K.M. / Nguyen, H. / Monroy, M.F. / Qiao, Q. / Sosa, B. / Mostafavi, S. / Smukste, I. / Lee, D. / Cappellucci, L. / Konopka, E.H. / Nowakowski, P. / Stawski, L. / Senices, M. / Nguyen, M.H. / Kapoor, P.S. / Luus, L. / Sullivan, A. / Bortolato, A. / Svensson, M. / Hickey, E.R. / Konze, K.D. / Day, T. / Kim, B. / Negri, A. / Gerasyuto, A.I. / Moy, T.I. / Lu, M. / Ray, A.S. / Wang, L. / Cui, D. / Lin, F.Y. / Lippa, B. / Rogers, B.N.
履歴
登録2024年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V heavy chain
B: Integrin beta-6
C: 17E6 Fab light chain
D: 17E6 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,53728
ポリマ－166,1034
非ポリマー5,43424
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.080, 132.720, 167.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-V heavy chain


分子量: 66456.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-6


分子量: 52714.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18564

-
抗体 , 2種, 2分子 CD

#3: 抗体 17E6 Fab light chain


分子量: 23722.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 17E6 Fab heavy chain


分子量: 23209.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 6分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#13: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 84分子

#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物 ChemComp-A1A6H / (2S)-{5-fluoro-2-[(2S)-oxan-2-yl]phenyl}{(3R)-3-[4-(5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-2-yl)butoxy]pyrrolidin-1-yl}acetic acid


分子量: 511.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H38FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 13% PEG 3350, 100 mM HEPES pH 7.1, 200 mM ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97673 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97673 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→57.07 Å / Num. obs: 105035 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.54
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / Num. unique obs: 7670 / CC1/2: 0.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660精密化
DIALS3.13.0データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→57.07 Å / SU ML: 0.3162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.2164
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 5183 4.94 %0.2285
Rwork0.2145 99739 --
obs0.2154 104922 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 82.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→57.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11434 0 353 66 11853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003312044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.686216318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04931853
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.70174445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.260.35951740.35543254X-RAY DIFFRACTION99.3
2.26-2.280.33871860.33213265X-RAY DIFFRACTION99.94
2.28-2.310.33991420.32983293X-RAY DIFFRACTION99.91
2.31-2.340.31721580.31723320X-RAY DIFFRACTION99.94
2.34-2.370.31281740.31283288X-RAY DIFFRACTION99.91
2.37-2.40.331730.30563323X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.440.291620.293266X-RAY DIFFRACTION99.94
2.44-2.470.35211730.29413304X-RAY DIFFRACTION99.97
2.47-2.510.31691750.29493307X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.550.32681930.31133266X-RAY DIFFRACTION99.97
2.55-2.60.31441600.30643337X-RAY DIFFRACTION99.91
2.6-2.640.30151700.28113278X-RAY DIFFRACTION99.97
2.64-2.690.29291590.27383302X-RAY DIFFRACTION99.94
2.69-2.750.29031900.26013294X-RAY DIFFRACTION99.77
2.75-2.810.31061870.26363283X-RAY DIFFRACTION99.97
2.81-2.870.26941700.25733314X-RAY DIFFRACTION99.97
2.87-2.950.27091840.25483283X-RAY DIFFRACTION99.83
2.95-3.030.25611730.25613334X-RAY DIFFRACTION99.89
3.03-3.120.26111520.25863341X-RAY DIFFRACTION99.91
3.12-3.220.27361800.25953314X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.330.24241660.24243329X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.460.26011660.22553319X-RAY DIFFRACTION99.86
3.46-3.620.23391690.21833332X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.810.21231770.21183364X-RAY DIFFRACTION99.92
3.81-4.050.23351850.18833335X-RAY DIFFRACTION99.94
4.05-4.360.19571740.16793354X-RAY DIFFRACTION99.97
4.36-4.80.16621790.15233377X-RAY DIFFRACTION99.89
4.8-5.50.17781600.1653395X-RAY DIFFRACTION99.78
5.5-6.920.2151790.20033437X-RAY DIFFRACTION99.78
6.93-57.070.21261930.19293531X-RAY DIFFRACTION98.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.511566124012-0.319532885469-0.02376028398141.048271315240.9522355995610.818543006114-0.143836112183-0.0256488455393-0.1273943676980.1861282063850.0448837231574-0.2370996976230.3620726480260.251114860330.08579373988720.8454277401960.152035077937-0.009902216593330.693749408208-0.01033470497610.7294587513713.6238904547-57.276395826-56.9052209697
22.57227856334-0.9943336338530.2661353344073.3481170341-1.076874258992.97437182532-0.1158677551960.154668506324-0.06106251599440.245326380815-0.188817224168-0.308437135309-0.292376224480.1863668499580.2187245026510.7768339551190.0641780991936-0.001953691559350.74949976784-0.04336020511790.64528736166219.861239342-65.9562743408-81.1276684372
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152.44102845033-1.9520755655-0.3344166210953.74746154725-0.08864654320780.5542547972790.2466921149720.658848734165-0.758352268902-0.435524332169-0.5990981552411.004805800980.0700756329586-0.2615529936070.3101718313510.7933036348090.0834503625798-0.08093615407360.88685979419-0.2048756697810.91437605298510.1505640379-69.830082885-85.3250240232
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 100 through 124 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 125 through 192 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 193 through 217 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 343 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 344 through 471 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 472 through 595 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 52 through 192 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 193 through 368 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 369 through 441 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 442 through 477 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 19 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 91 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 114 through 149 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 150 through 174 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 175 through 214 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る