PDB-9cyz: Crystal structure of human farnesyl pyrophosphate synthase in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cyz

タイトル

Crystal structure of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL02134

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / enzyme-ligand complex / cryptic pocket binder / isoprenoid biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Pandya, V.R. / Park, J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with a cryptic pocket ligand, CL02134
著者: Pandya, V.R. / Park, J.

履歴

登録	2024年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cyz.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cyz.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cyz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cyz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cyz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9cyz_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	9cyz_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/9cyz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/9cyz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.750, 110.750, 77.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-YL2 / ({[6-(4-cyclopropylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}methanediyl)bis(phosphonic acid) 分子量: 441.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇N₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.085 M tri-Sodium citrate (pH 5.6), 0.425 M Ammonium sulfate, 0.85 M Lithium sulfate, 15% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→55.09 Å / Num. obs: 21853 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.757 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 28.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 1.043 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1593 / R_pim(I) all: 0.352 / R_rim(I) all: 1.155 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.302→55.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 17.273 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2132	1130	5.181 %	Random
R_work	0.1681	20680	-	-
all	0.17	-	-	-
obs	0.1704	21810	99.475 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.803 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.807 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.807 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.614 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.302→55.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2675	0	100	106	2881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.833	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.521	1.741	5986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.249	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.402	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.436	10	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.763	10	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.118	4.652	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.109	4.652	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.463	8.35	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.462	8.352	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.366	5.307	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.365	5.309	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.369	9.648	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.368	9.649	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.228	47.507	3371
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.227	47.513	3372

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.302-2.362	0.351	76	0.325	1508	0.326	1592	0.867	0.813	99.4975	0.277
2.362-2.427	0.284	84	0.314	1451	0.312	1541	0.87	0.854	99.6106	0.271
2.427-2.497	0.323	91	0.274	1424	0.277	1520	0.85	0.895	99.6711	0.23
2.497-2.573	0.294	71	0.246	1376	0.248	1460	0.936	0.929	99.1096	0.202
2.573-2.658	0.236	85	0.199	1327	0.201	1417	0.951	0.963	99.6471	0.166
2.658-2.751	0.218	65	0.185	1294	0.187	1369	0.966	0.965	99.2695	0.149
2.751-2.854	0.283	56	0.169	1268	0.174	1331	0.952	0.977	99.4741	0.142
2.854-2.97	0.238	60	0.172	1219	0.176	1285	0.961	0.978	99.5331	0.147
2.97-3.102	0.234	53	0.176	1183	0.178	1239	0.966	0.979	99.7579	0.15
3.102-3.253	0.255	74	0.161	1105	0.166	1182	0.965	0.983	99.7462	0.146
3.253-3.428	0.226	57	0.175	1059	0.178	1120	0.964	0.98	99.6429	0.16
3.428-3.635	0.242	52	0.167	1020	0.171	1078	0.967	0.984	99.4434	0.158
3.635-3.885	0.191	47	0.152	967	0.154	1016	0.979	0.985	99.8031	0.147
3.885-4.195	0.182	59	0.135	883	0.138	946	0.973	0.988	99.5772	0.136
4.195-4.592	0.208	48	0.135	830	0.139	882	0.975	0.988	99.5465	0.139
4.592-5.13	0.185	56	0.132	740	0.135	800	0.978	0.989	99.5	0.142
5.13-5.915	0.211	32	0.145	680	0.148	714	0.973	0.986	99.7199	0.153
5.915-7.224	0.204	28	0.164	591	0.166	620	0.983	0.984	99.8387	0.172
7.224-10.129	0.118	25	0.124	463	0.123	496	0.99	0.991	98.3871	0.144
10.129-55.086	0.242	11	0.231	292	0.231	314	0.966	0.965	96.4968	0.291

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4927	0.367	-2.0762	2.5773	-0.2573	2.7794	-0.0237	0.4578	-0.2499	-0.4187	0.223	0.4269	0.2744	-0.6015	-0.1993	0.0987	-0.0854	-0.1052	0.1412	0.0702	0.1258	9.1758	84.6715	16.442
2	4.0672	-0.9316	0.6891	4.4514	-2.278	3.7857	0.04	-0.4191	-0.4088	0.3099	-0.0394	-0.0102	0.3048	0.2807	-0.0006	0.1367	-0.0235	0.0147	0.292	0.057	0.088	9.937	75.9031	39.1623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	8 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	F	184 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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