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- PDB-9cys: Toxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cys
タイトルToxin/immunity complex for a T6SS lipase effector from E. cloacae
要素
  • Ankyrin repeat domain-containing protein
  • T6SS lipase effector
キーワードTOXIN / lipase / immunity / methylglyoxal / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / methylglyoxal / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein / Phospholipase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cuthbert, B.J. / Jensen, S.J. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM117930 米国
引用ジャーナル: Nature Communications / 年: 2024
タイトル: Advanced glycation end-product (AGE) crosslinking activates a type 6 secretion system phospholipase effector protein
著者: Jensen, S.J. / Cuthbert, B.J. / Garza-Sanchez, F. / Helou, C.C. / de Miranda, R. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Ankyrin repeat domain-containing protein
A: T6SS lipase effector
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9227
ポリマ－59,3232
非ポリマー5995
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.081, 111.739, 119.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 IA

#1: タンパク質 Ankyrin repeat domain-containing protein


分子量: 25497.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CKN4
#2: タンパク質 T6SS lipase effector / Tle


分子量: 33826.016 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 172-472 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: NCTC10005_04014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7ENE2

-
非ポリマー , 5種, 476分子

#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-MIE / methylglyoxal / メチルグリオキサ-ル


分子量: 72.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4 M sodium citrate, 22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→38.12 Å / Num. obs: 66430 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 33.34 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3499 / CC1/2: 0.792 / Rpim(I) all: 0.938 / Rrim(I) all: 0.935 / Χ2: 0.79 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→36.92 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 6644 10.01 %
Rwork0.1829 59755 -
obs0.1858 66399 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.25 Å2 / Biso mean: 38.0526 Å2 / Biso min: 21.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→36.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3817 0 38 471 4326
Biso mean--51.02 44.23 -
残基数----506
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.770.48032010.40431910211195
1.77-1.790.32852300.34911920215099
1.79-1.810.37692020.31911987218999
1.81-1.830.3492380.29671945218399
1.83-1.860.30592240.28891909213397
1.86-1.880.31482060.2672026223299
1.88-1.910.26812080.25391983219199
1.91-1.940.28192230.24121945216899
1.94-1.970.24812230.22551968219199
1.97-20.2682240.21781982220699
2-2.040.25092230.21131998222199
2.04-2.070.25322280.22731976220499
2.07-2.110.25962170.2221965218299
2.11-2.160.25112180.209619942212100
2.16-2.20.23962310.21251982221399
2.2-2.250.24912100.20551958216897
2.25-2.310.24172130.19441995220899
2.31-2.370.24492210.206820112232100
2.37-2.440.21212340.18941983221799
2.44-2.520.22592120.192820242236100
2.52-2.610.22742270.194619842211100
2.61-2.720.23192330.193319992232100
2.72-2.840.22092070.194920192226100
2.84-2.990.2022270.18841995222298
2.99-3.180.20732250.184820162241100
3.18-3.420.19852240.172120322256100
3.42-3.760.19162190.160920292248100
3.76-4.310.172260.14212027225398
4.31-5.420.17442290.146620632292100
5.43-36.920.17962410.16382130237199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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