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万見
- PDB-9cx9: Structure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cx9
タイトルStructure of SH3 domain of Src in complex with beta-arrestin 1
要素
  • Antibody fragment Fab30, heavy chain
  • Antibody fragment Fab30, light chain
  • Beta-arrestin-1
  • Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
  • Vasopressin V2 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR signaling / arrestin / Src / SH3
機能・相同性
機能・相同性情報


V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / G alpha (s) signalling events / sensory perception of touch / follicle-stimulating hormone signaling pathway / alpha-1B adrenergic receptor binding / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) ...V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / G alpha (s) signalling events / sensory perception of touch / follicle-stimulating hormone signaling pathway / alpha-1B adrenergic receptor binding / renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / protein phosphorylated amino acid binding / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / Lysosome Vesicle Biogenesis / vasopressin receptor activity / renal water absorption / Ub-specific processing proteases / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / AP-2 adaptor complex binding / angiotensin receptor binding / MAP2K and MAPK activation / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / : / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of CDH1 / MAP2K and MAPK activation / hemostasis / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / : / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / telencephalon development / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-cargo adaptor activity / negative regulation of interleukin-8 production / connexin binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / mitogen-activated protein kinase kinase binding / sensory perception / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / clathrin binding / response to morphine / stress fiber assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of systemic arterial blood pressure / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / pseudopodium / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of vasoconstriction / phototransduction / negative regulation of Notch signaling pathway / immune system process / endocytic vesicle / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / clathrin-coated pit / response to cytokine / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / nuclear estrogen receptor binding
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Immunoglobulin E-set / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Beta-arrestin-1 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Pakharukova, N. / Bansia, H. / Lefkowitz, R.J. / des Georges, A.
資金援助 米国, European Union, フランス, 5件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL016037-50 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133598 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1071-2017European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000174/2018 フランス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Mechanism of beta-arrestin 1 mediated Src activation via Src SH3 domain revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Natalia Pakharukova / Brittany N Thomas / Harsh Bansia / Linus Li / Dana K Bassford / Rinat R Abzalimov / Jihee Kim / Alem W Kahsai / Biswaranjan Pani / Kunhong Xiao / Roni Ochakovski / Shibo ...著者: Natalia Pakharukova / Brittany N Thomas / Harsh Bansia / Linus Li / Dana K Bassford / Rinat R Abzalimov / Jihee Kim / Alem W Kahsai / Biswaranjan Pani / Kunhong Xiao / Roni Ochakovski / Shibo Liu / Xingdong Zhang / Seungkirl Ahn / Amedee des Georges / Robert J Lefkowitz /
要旨: Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we ...Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we delineate structural mechanisms underlying βarr-mediated signal transduction. Using cryo-electron microscopy, we elucidate how βarr1 recruits and activates the non-receptor tyrosine kinase Src, a well-established signaling partner of βarrs. βarr1 engages Src SH3 through two distinct sites, each employing a different recognition mechanism: a polyproline motif in the N-domain and a non-proline-based interaction in the central crest region. At both sites βarr1 interacts with the aromatic surface of SH3, disrupting the autoinhibited conformation of Src and directly triggering its allosteric activation. This structural evidence establishes βarr1 as an active regulatory protein rather than a passive scaffold and suggests a potentially general mechanism for βarr-mediated signaling across diverse effectors.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Mechanism of beta-arrestin 1 mediated Src activation via Src SH3 domain revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Natalia Pakharukova / Brittany N Thomas / Harsh Bansia / Linus Li / Dana K Bassford / Rinat R Abzalimov / Jihee Kim / Alem W Kahsai / Biswaranjan Pani / Kunhong Xiao / Roni Ochakovski / Shibo ...著者: Natalia Pakharukova / Brittany N Thomas / Harsh Bansia / Linus Li / Dana K Bassford / Rinat R Abzalimov / Jihee Kim / Alem W Kahsai / Biswaranjan Pani / Kunhong Xiao / Roni Ochakovski / Shibo Liu / Xingdong Zhang / Seungkirl Ahn / Amedee des Georges / Robert J Lefkowitz /
要旨: Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we report ...Beta-arrestins (βarrs) are key regulators and transducers of G-protein coupled receptor signaling; however, little is known of how βarrs communicate with their downstream effectors. Here, we report the first structural insights into the fundamental mechanisms driving βarr-mediated signal transduction. Using cryo-electron microscopy, we elucidate how βarr1 recruits and activates the non-receptor tyrosine kinase Src, the first identified signaling partner of βarrs. βarr1 engages Src SH3 through two distinct sites, each employing a different recognition mechanism: a polyproline motif in the N-domain and a non-proline-based interaction in the central crest region. At both sites βarr1 interacts with the aromatic surface of SH3, disrupting the autoinhibited conformation of Src and directly triggering its allosteric activation. This structural evidence establishes βarr1 as an active regulatory protein rather than a passive scaffold and suggests a potentially general mechanism for βarr-mediated signaling across diverse effectors.
履歴
登録2024年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年11月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年10月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年10月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.42026年3月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update
改定 1.52026年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.22026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody fragment Fab30, heavy chain
L: Antibody fragment Fab30, light chain
V: Vasopressin V2 receptor
A: Beta-arrestin-1
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3045
ポリマ－106,3045
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 Antibody fragment Fab30, heavy chain


分子量: 25512.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody fragment Fab30, light chain


分子量: 23435.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド Vasopressin V2 receptor


分子量: 3550.936 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 343-371 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic phosphopeptide mimicking the C-tail of vasopressin 2 receptor
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30518
#4: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1


分子量: 44049.160 Da / 分子数: 1
Mutation: C59V, E92C, C125S, C140L, C150V, C242V, C251V, C269S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P29066
#5: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 9756.567 Da / 分子数: 1 / Mutation: R95C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Beta-arrestin 1 bound to a G protein-coupled receptor phosphopeptide and antibody fragment Fab30 in complex with SH3 domain of Src
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 53.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7Coot0.9.8.3モデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
14cryoSPARC4.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 345529 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-IDChain-ID
14jqi

4jqi

4jqi1
24jqi

4jqi

V4jqi1V
34jqi

4jqi

L4jqi1L
44jqi

4jqi

H4jqi1H
52ptk

2ptk

B2ptk2B
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0024731
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.556440
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.689673
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043735
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003819

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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