PDB-9cuw: Crystal Structure of SETDB1 Tudor domain in complex with UNC100013

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cuw

タイトル

Crystal Structure of SETDB1 Tudor domain in complex with UNC100013

要素

Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1

キーワード

TRANSFERASE / Tudor domain / SETDB1 / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / transposable element silencing by heterochromatin formation / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3 methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Silva, M. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of SETDB1 Tudor domain in complex with UNC100013
著者: Silva, M. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cuw.cif.gz	119.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cuw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cuw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/9cuw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/9cuw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.153, 55.132, 118.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 ...ERG-associated protein with SET domain / ESET / Histone H3-K9 methyltransferase 4 / H3-K9-HMTase 4 / Lysine N-methyltransferase 1E / SET domain bifurcated 1 分子量: 26337.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETDB1, KIAA0067, KMT1E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15047, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-A1AZ6 / (2E)-4-(dimethylamino)-N-(4-{[6-(dimethylamino)hexyl]amino}-2-{[5-(dimethylamino)pentyl]amino}quinazolin-6-yl)but-2-enamide 分子量: 526.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₅₀N₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 8000, 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethyl Glyceol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18061 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.18061 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 37684 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 458061

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.53-1.56	11.2	0.938	1862	0.832	0.953	0.289	0.983	0.551	100
1.56-1.58	11.9	0.823	1840	0.875	0.966	0.245	0.859	0.565	100
1.58-1.62	12.3	0.689	1873	0.91	0.976	0.202	0.718	0.579	100
1.62-1.65	12.3	0.566	1811	0.941	0.985	0.167	0.59	0.582	100
1.65-1.68	11.7	0.484	1885	0.947	0.986	0.146	0.506	0.643	100
1.68-1.72	12	0.395	1843	0.964	0.991	0.117	0.413	0.657	100
1.72-1.77	12.4	0.324	1872	0.976	0.994	0.095	0.337	0.723	100
1.77-1.81	12	0.279	1839	0.982	0.996	0.083	0.291	0.771	100
1.81-1.87	12.2	0.224	1875	0.989	0.997	0.066	0.234	0.865	100
1.87-1.93	12.7	0.197	1852	0.992	0.998	0.057	0.205	1.032	100
1.93-2	12.6	0.155	1875	0.994	0.998	0.045	0.161	1.102	100
2-2.08	11.9	0.135	1878	0.994	0.999	0.04	0.141	1.229	100
2.08-2.17	13	0.115	1856	0.996	0.999	0.033	0.12	1.295	100
2.17-2.29	12.3	0.102	1882	0.996	0.999	0.03	0.107	1.418	100
2.29-2.43	12.5	0.093	1891	0.997	0.999	0.027	0.097	1.452	100
2.43-2.62	12.7	0.086	1897	0.997	0.999	0.025	0.09	1.539	100
2.62-2.88	11.9	0.081	1908	0.997	0.999	0.024	0.085	1.603	100
2.88-3.3	12.2	0.072	1915	0.998	0.999	0.021	0.075	1.635	100
3.3-4.15	12	0.071	1962	0.997	0.999	0.021	0.074	1.748	99.9
4.15-50	11.3	0.071	2068	0.998	0.999	0.021	0.074	1.521	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→40.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 3.08 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19463	1513	4 %	RANDOM
R_work	0.16172	-	-	-
obs	0.16308	36104	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.53→40.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	20	232	2004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.823	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.486	1.791	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.21	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.605	10	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.29	2.317	887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.27	2.316	887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.401	4.171	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.404	4.172	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.036	2.59	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.034	2.591	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.691	4.64	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.222	25.1	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.108	24.05	2050
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.081	3	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.53→1.569 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	102	-
R_work	0.243	2597	-
obs	-	-	98.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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