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- PDB-9cum: Q67H mutant of R67 DHFR complexed with Congo Red -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cum
タイトルQ67H mutant of R67 DHFR complexed with Congo Red
要素Dihydrofolate reductase type 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Congo Red / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methotrexate / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase, type II / R67 dihydrofolate reductase / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Electron transport accessory-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CGO / Dihydrofolate reductase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Narayana, N. / Narendra, A.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of the plasmid-encoded R67 dihydrofolate reductase complexed with Congo red an amyloid binding dye.
著者: Narendra, A.N. / Howell, E.E. / Narayana, N.
#1: ジャーナル: Protein Sci / 年: 2007
タイトル: Structure of the Q67H mutant of R67 dihydrofolate reductase-NADP+ complex reveals a novel cofactor binding mode.
著者: Divya, N. / Grifith, E. / Narayana, N.
#2: ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 1995
タイトル: A plasmid-encoded dihydrofolate reductase from trimethoprim-resistant bacteria has a novel D2-symmetric active site.
著者: Narayana, N. / Matthews, D.A. / Howell, E.E. / Nguyen-huu, X.
#3: ジャーナル: ACS Omega / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Design of Dimeric Bisbenzimidazole Inhibitors to an Emergent Trimethoprim-Resistant Type II Dihydrofolate Reductase Guides the Design of Monomeric Analogues.
著者: Toulouse, J.L. / Yachnin, B.J. / Ruediger, E.H. / Deon, D. / Gagnon, M. / Saint-Jacques, K. / Ebert, M.C.C.J.C. / Forge, D. / Bastien, D. / Colin, D.Y. / Vanden Eynde, J.J. / Marinier, A. / ...著者: Toulouse, J.L. / Yachnin, B.J. / Ruediger, E.H. / Deon, D. / Gagnon, M. / Saint-Jacques, K. / Ebert, M.C.C.J.C. / Forge, D. / Bastien, D. / Colin, D.Y. / Vanden Eynde, J.J. / Marinier, A. / Berghuis, A.M. / Pelletier, J.N.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2006
タイトル: High-resolution structure of a plasmid-encoded dihydrofolate reductase: pentagonal network of water molecules in the D2-symmetric active site.
著者: Narayana, N.
履歴
登録2024年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8176
ポリマ－6,7431
非ポリマー1,0745
水2,522140
1
A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子

A: Dihydrofolate reductase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,26724
ポリマ－26,9704
非ポリマー4,29720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
Buried area8400 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.303, 67.303, 52.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-148-

HOH

21A-150-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase type 2 / Dihydrofolate reductase type II


分子量: 6742.546 Da / 分子数: 1 / 変異: Q67H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00383, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 145分子

#2: 化合物 ChemComp-CGO / sodium 3,3'-(1E,1'E)-biphenyl-4,4'-diylbis(diazene-2,1-diyl)bis(4-aminonaphthalene-1-sulfonate) / congo red


分子量: 696.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H22N6Na2O6S2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: MPD, potassium phosphate, congo red

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→15 Å / Num. obs: 21571 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.8 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 59.9
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / Num. unique obs: 2135 / Rsym value: 0.113 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.627 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13464 1024 4.7 %RANDOM
Rwork0.12193 ---
obs0.12258 20547 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数445 0 42 140 627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.012518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.016492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4561.823715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1791.7681099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.036563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.0498.754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9521069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4330.274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2350.841237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.363237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7561.5296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7982.151297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.131.176281
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.132282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1872.068417
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined23.04719.64699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.87712.97613
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.2783518
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.151→1.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.11 66 -
Rwork0.089 1496 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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