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- PDB-9csk: Crystal structure of CDK4 cyclin D1 in complex with atirmociclib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9csk
タイトルCrystal structure of CDK4 cyclin D1 in complex with atirmociclib
要素
  • Cyclin-dependent kinase 4
  • G1/S-specific cyclin-D1
キーワードTransferase/Inhibitor/Cell Cycle / Kinase / Inhibitor / Cancer / Transferase-Inhibitor-Cell Cycle complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D1-CDK6 complex / cellular response to ionomycin / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 ...cyclin D3-CDK4 complex / cyclin D1-CDK4 complex / cyclin D2-CDK4 complex / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / re-entry into mitotic cell cycle / cyclin D1-CDK6 complex / cellular response to ionomycin / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Drug-mediated inhibition of CDK4/CDK6 activity / regulation of type B pancreatic cell proliferation / RUNX3 regulates WNT signaling / response to leptin / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Transcriptional regulation by RUNX2 / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / proline-rich region binding / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / mammary gland epithelial cell proliferation / response to UV-A / negative regulation of epithelial cell differentiation / PTK6 Regulates Cell Cycle / fat cell differentiation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / microtubule organizing center / Transcriptional Regulation by VENTX / RUNX3 regulates p14-ARF / mammary gland alveolus development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / bicellular tight junction / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / lactation / transcription repressor complex / cellular response to interleukin-4 / cyclin binding / liver regeneration / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Oncogene Induced Senescence / Meiotic recombination / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Pre-NOTCH Transcription and Translation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Wnt signaling pathway / RMTs methylate histone arginines / G1/S transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of fibroblast proliferation / neuron differentiation / transcription corepressor activity / Cyclin D associated events in G1 / positive regulation of protein phosphorylation / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Oxidative Stress Induced Senescence / nuclear membrane / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / protein kinase binding / chromatin / nucleolus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclin-dependent kinase 4 / G1/S-specific cyclin-D1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Johnson, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2025
タイトル: CDK4 selective inhibition improves preclinical anti-tumor efficacy and safety.
著者: Palmer, C.L. / Boras, B. / Pascual, B. / Li, N. / Li, D. / Garza, S. / Huser, N. / Yuan, J.T. / Cianfrogna, J.A. / Sung, T. / McMillan, E. / Wei, N. / Carmody, J. / Kang, A.N. / Darensburg, S. ...著者: Palmer, C.L. / Boras, B. / Pascual, B. / Li, N. / Li, D. / Garza, S. / Huser, N. / Yuan, J.T. / Cianfrogna, J.A. / Sung, T. / McMillan, E. / Wei, N. / Carmody, J. / Kang, A.N. / Darensburg, S. / Dodd, T. / Oakley, J.V. / Solowiej, J. / Nguyen, L. / Orr, S.T.M. / Chen, P. / Johnson, E. / Yu, X. / Diehl, W.C. / Gallego, G.M. / Jalaie, M. / Ferre, R.A. / Cho-Schultz, S. / Shen, H. / Deal, J.G. / Zhang, Q. / Baffi, T.R. / Xu, M. / Roh, W. / Lapira-Miller, J. / Goudeau, J. / Yu, Y. / Gupta, R. / Kim, K. / Dann, S.G. / Kan, Z. / Kath, J.C. / Nair, S.K. / Miller, N. / Murray, B.W. / Nager, A.R. / Quinlan, C. / Petroski, M.D. / Zhang, C. / Sacaan, A. / VanArsdale, T. / Anders, L.
履歴
登録2024年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G1/S-specific cyclin-D1
B: Cyclin-dependent kinase 4
C: G1/S-specific cyclin-D1
D: Cyclin-dependent kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,5606
ポリマ－129,6324
非ポリマー9282
水5,909328
1
A: G1/S-specific cyclin-D1
B: Cyclin-dependent kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2803
ポリマ－64,8162
非ポリマー4641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24190 Å2
手法PISA
2
C: G1/S-specific cyclin-D1
D: Cyclin-dependent kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2803
ポリマ－64,8162
非ポリマー4641
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.511, 64.289, 186.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 G1/S-specific cyclin-D1 / B-cell lymphoma 1 protein / BCL-1 / BCL-1 oncogene / PRAD1 oncogene


分子量: 29276.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCND1, BCL1, PRAD1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24385
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 4 / Cell division protein kinase 4 / PSK-J3


分子量: 35539.707 Da / 分子数: 2 / Mutation: DELTA(43-47)EE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P11802, cyclin-dependent kinase
#3: 化合物 ChemComp-A1AZ4 / Atirmociclib


分子量: 463.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27ClFN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Salt: 0.1 M DL-Malic acid Polymer: 12.4642857143 %w/v PEG 3350 Buffer: 0.1 M HEPES (pH 6.91) Additive: 10mM DTT [protein] 6mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.201→186.129 Å / Num. obs: 49529 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.201→2.414 Å / Num. unique obs: 2477 / CC1/2: 0.587 / % possible all: 54.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.253→38.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.415 / SU Rfree Blow DPI: 0.272 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.276
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 2479 5.01 %RANDOM
Rwork0.2239 ---
obs0.2262 49482 77.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2145 Å20 Å2-0.4899 Å2
2---0.5915 Å20 Å2
3---4.8061 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.253→38.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8232 0 70 350 8652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088492HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9811521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2961SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1417HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8492HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1086SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7116SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.253→2.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3317 -5.86 %
Rwork0.2822 932 -
obs--13.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6043-0.61790.8021.1313-0.21641.00280.03340.02040.0297-0.0817-0.00910.0106-0.08050.0069-0.02430.0182-0.00030.04070.02920.00550.164313.470110.1561.6595
22.52720.1757-1.50720.3277-0.3892.8509-0.0419-0.1224-0.1761-0.01710.13290.03080.1722-0.3387-0.0910.01390.0079-0.0390.37780.13260.1103-1.9949-4.00632.6151
31.50810.7956-0.79051.6166-0.53630.98220.0741-0.01730.00690.0823-0.04640.05330.0399-0.0111-0.02780.0218-0.0048-0.0278-0.00390.00020.145939.2712-24.15191.5876
42.9953-0.6571.23070.4218-0.60851.45530.03790.3048-0.0517-0.0716-0.00260.0083-0.0313-0.1191-0.03530.05830.01170.00230.25840.04020.070523.0941-11.87960.3432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|257 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|4 - B|295 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|25 - C|258 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|4 - D|295 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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