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万見
- PDB-9csg: Human Serum Albumin Bound to Cerastecin Compound 5e -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9csg
タイトルHuman Serum Albumin Bound to Cerastecin Compound 5e
要素Albumin
キーワードANTIBIOTIC / HSA / Albumin / MsbA / antibacterial / inhibitor / cerastecin
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.914 Å
データ登録者Hruza, A. / Klein, D.J. / Ishchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Cerastecin Inhibition of the Lipooligosaccharide Transporter MsbA to Combat Acinetobacter baumannii : From Screening Impurity to In Vivo Efficacy.
著者: Skudlarek, J.W. / Cooke, A.J. / Mitchell, H.J. / Babaoglu, K. / Shaw, A.W. / Tong, L. / Nomland, A.B. / Labroli, M. / Sha, D. / Mulhearn, J.J. / Wu, C. / Li, S.W. / Beshore, D.C. / Hughes, J. ...著者: Skudlarek, J.W. / Cooke, A.J. / Mitchell, H.J. / Babaoglu, K. / Shaw, A.W. / Tong, L. / Nomland, A.B. / Labroli, M. / Sha, D. / Mulhearn, J.J. / Wu, C. / Li, S.W. / Beshore, D.C. / Hughes, J.M.E. / Jouffroy, M. / Wang, H. / Balibar, C.J. / Painter, R.E. / Shen, P. / Lange, H.S. / Ishchenko, A. / Chen, Y.T. / Klein, D.J. / Tracy, R.W. / Miller, R.R. / Cabalu, T.D. / Wu, Z. / Leithead, A. / Scapin, G. / Hruza, A.W. / Dzhekieva, L. / Bukhtiyarova, M. / Homsher, M.F. / Xu, M. / Bahnck-Teets, C. / McKenney, D. / Buevich, A.V. / Liu, J. / Zhang, L.K. / Meng, T. / Kelly, T. / DiNunzio, E. / Soisson, S. / Cheng, R.K.Y. / Hennig, M. / Raheem, I. / Walker, S.S.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4238
ポリマ－66,2721
非ポリマー2,1517
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.647, 38.624, 97.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66271.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-A1AZR / 2-(4-butylbenzene-1-sulfonamido)-5-(4-{3-carboxy-4-[4-(2-methoxyethyl)benzene-1-sulfonamido]anilino}-4-oxobutanamido)benzoic acid


分子量: 780.864 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H40N4O11S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25-30% PEG 3350, 50 mM potassium phosphate, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→94.5 Å / Num. obs: 30288 / % possible obs: 62.1 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.91→2.12 Å / Num. unique obs: 1514 / CC1/2: 0.968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
XDS(VERSION Feb 5データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (23-JAN-2024)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.914→94.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.373 / SU Rfree Blow DPI: 0.238
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT ELECTRON-CLOUD POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1523 5.03 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2316 30288 62.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8002 Å20 Å23.8614 Å2
2--0.5779 Å20 Å2
3----4.3781 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.914→94.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 142 251 5023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099599HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8517441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2863SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1532HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4876HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion606SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8692SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.914→2.04 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 -4.95 %
Rwork0.2974 576 -
obs--7.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.8686 Å / Origin y: -19.5241 Å / Origin z: -21.0705 Å
111213212223313233
T0.0649 Å20.0086 Å20.0744 Å2--0.1266 Å2-0.0034 Å2---0.1239 Å2
L1.2806 °20.2382 °20.0896 °2-0.0615 °2-0.1816 °2--0.7554 °2
S0.0831 Å °-0.0123 Å °-0.0419 Å °0.0224 Å °-0.0633 Å °0.0472 Å °-0.1452 Å °0.0417 Å °-0.0198 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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