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- PDB-9csi: A. baumannii MsbA Bound to Cerastecin Compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9csi
タイトルA. baumannii MsbA Bound to Cerastecin Compound 5
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードANTIBIOTIC / MsbA / antibacterial / inhibitor / cerastecin
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type oligopeptide transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / MONOVACCENIN / Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Klein, D.J. / Ishchenko, A. / Soisson, S. / Cheng, R. / Hennig, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Cerastecin Inhibition of the Lipooligosaccharide Transporter MsbA to Combat Acinetobacter baumannii : From Screening Impurity to In Vivo Efficacy.
著者: Skudlarek, J.W. / Cooke, A.J. / Mitchell, H.J. / Babaoglu, K. / Shaw, A.W. / Tong, L. / Nomland, A.B. / Labroli, M. / Sha, D. / Mulhearn, J.J. / Wu, C. / Li, S.W. / Beshore, D.C. / Hughes, J. ...著者: Skudlarek, J.W. / Cooke, A.J. / Mitchell, H.J. / Babaoglu, K. / Shaw, A.W. / Tong, L. / Nomland, A.B. / Labroli, M. / Sha, D. / Mulhearn, J.J. / Wu, C. / Li, S.W. / Beshore, D.C. / Hughes, J.M.E. / Jouffroy, M. / Wang, H. / Balibar, C.J. / Painter, R.E. / Shen, P. / Lange, H.S. / Ishchenko, A. / Chen, Y.T. / Klein, D.J. / Tracy, R.W. / Miller, R.R. / Cabalu, T.D. / Wu, Z. / Leithead, A. / Scapin, G. / Hruza, A.W. / Dzhekieva, L. / Bukhtiyarova, M. / Homsher, M.F. / Xu, M. / Bahnck-Teets, C. / McKenney, D. / Buevich, A.V. / Liu, J. / Zhang, L.K. / Meng, T. / Kelly, T. / DiNunzio, E. / Soisson, S. / Cheng, R.K.Y. / Hennig, M. / Raheem, I. / Walker, S.S.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5605
ポリマ－66,8941
非ポリマー1,6664
水1,17165
1
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子

A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,11910
ポリマ－133,7872
非ポリマー3,3328
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.277, 83.157, 338.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 66893.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: msbA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6F8TGG1

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MVC / MONOVACCENIN / 11.7 MAG


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-A1AZS / 3,3'-[(1,4-dioxobutane-1,4-diyl)bis(azanediyl)]bis[(4-butylbenzene-1-sulfonamido)benzoic acid]


分子量: 778.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H42N4O10S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.11M ADA pH 6.5-6.7, 0.22M Potassium nitrate, 0.022M Magnesium chloride, 39.6-51.7% PEG400, 1mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 24999 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Num. unique obs: 3587 / CC1/2: 0.386

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→40.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.478 / SU Rfree Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1211 4.85 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 24975 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4131 Å20 Å20 Å2
2---10.3693 Å20 Å2
3---4.9561 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→40.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4443 0 102 65 4610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.226274HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1648SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes831HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it4628HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion605SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5614SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3066 -5.4 %
Rwork0.2436 473 -
all0.2472 500 -
obs--97.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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