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- PDB-9cs1: E. coli BamA beta-barrel bound to darobactin and cyclic peptide CP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cs1
タイトルE. coli BamA beta-barrel bound to darobactin and cyclic peptide CP2
要素
  • Cyclic peptide CP2
  • Darobactin A
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Darobactin / tetrabutylphosphonium / Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
Photorhabdus khanii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Walker, M.E. / Gu, M. / Lu, J. / Klein, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Antibacterial macrocyclic peptides reveal a distinct mode of BamA inhibition.
著者: Walker, M.E. / Zhu, W. / Peterson, J.H. / Wang, H. / Patteson, J. / Soriano, A. / Zhang, H. / Mayhood, T. / Hou, Y. / Mesbahi-Vasey, S. / Gu, M. / Frost, J. / Lu, J. / Johnston, J. / ...著者: Walker, M.E. / Zhu, W. / Peterson, J.H. / Wang, H. / Patteson, J. / Soriano, A. / Zhang, H. / Mayhood, T. / Hou, Y. / Mesbahi-Vasey, S. / Gu, M. / Frost, J. / Lu, J. / Johnston, J. / Hipolito, C. / Lin, S. / Painter, R.E. / Klein, D. / Walji, A. / Weinglass, A. / Kelly, T.M. / Saldanha, A. / Schubert, J. / Bernstein, H.D. / Walker, S.S.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
C: Cyclic peptide CP2
D: Darobactin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8505
ポリマ－46,3313
非ポリマー5192
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.602, 82.625, 127.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-902-

4NE

21A-1023-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 43542.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZHR7
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic peptide CP2


分子量: 1817.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Darobactin A


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 971.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Photorhabdus khanii (バクテリア) / 参照: Darobactin
#4: 化合物 ChemComp-4NE / tetrabutylphosphonium / テトラブチルホスホニウム


分子量: 259.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% v/v Tacsimate pH 6, 0.1 M MES pH 6, 2.5% w/v tetrabutylphosphonium bromide (TBPB), 7-10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18081 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18081 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→82.625 Å / Num. obs: 28817 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.147→2.286 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 2.165 / Num. unique obs: 1442 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.819 / Rrim(I) all: 2.32 / % possible all: 24.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (22-FEB-2023)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
DIMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.147→26.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Blow DPI: 0.196 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.199
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 1470 5.11 %RANDOM
Rwork0.2461 ---
obs0.247 28791 83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0241 Å20 Å20 Å2
2--1.4557 Å20 Å2
3----3.4798 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.147→26.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 65 68 3128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.094313HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1022SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes551HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3177HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion379SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2530SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3623 -3.65 %
Rwork0.2973 555 -
all0.2999 576 -
obs--16.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84690.1852-0.14220.57770.33341.9895-0.0995-0.11940.04310.02340.03950.01010.54780.11480.060.06320.0240.0216-0.05840.0413-0.0792-27.0177-19.9685-13.2845
20.5204-0.27031.92462.8447-1.47750.722-0.250.0267-0.0809-0.32570.18010.17750.32810.02910.0699-0.0049-0.02870.01510.03330.03020.02-34.0949-14.2109-8.769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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