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万見
- PDB-9cpg: Structures of small molecules bound to RNA repeat expansions that... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cpg
タイトルStructures of small molecules bound to RNA repeat expansions that cause Huntington's disease-like 2 and myotonic dystrophy type 1
要素RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')
キーワードRNA / CUG repeats / myotonic dystrophy type 1 / DM1 / 5'CUG/3'GUC / small molecules
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, J.L. / Taghavi, A. / Disney, M.D. / Fountain, M.A. / Childs-Disney, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35 NS116846 米国
Department of Defense (DOD, United States)HT94252310336 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10-OD021550 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Structures of small molecules bound to RNA repeat expansions that cause Huntington's disease-like 2 and myotonic dystrophy type 1.
著者: Chen, J.L. / Taghavi, A. / Frank, A.J. / Fountain, M.A. / Choudhary, S. / Roy, S. / Childs-Disney, J.L. / Disney, M.D.
履歴
登録2024年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5793
ポリマ－8,2672
非ポリマー3121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')


分子量: 4133.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-A1AZM / 4-carbamimidamidophenyl 4-carbamimidamidobenzoate


分子量: 312.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D DQF-COSY
232isotropic22D NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3'), 0.6 mM 4-guanidinophenyl 4-guanidinobenzoate, 5 mM potassium phosphate, 0.25 mM EDTA, 100% D2Osample_1100% D2O
solution20.3 mM RNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3'), 0.6 mM (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol, 5 mM potassium phosphate, 0.25 mM EDTA, 95% H2O/5% D2Osample_295% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMRNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')natural abundance1
0.6 mM4-guanidinophenyl 4-guanidinobenzoatenatural abundance1
5 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.25 mMEDTAnatural abundance1
0.3 mMRNA (5'-R(*GP*AP*CP*AP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*C)-3')natural abundance2
0.6 mM(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diolnatural abundance2
5 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.25 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
15 mMcondition_161 atm298 K
25 mMcondition_261 atm279 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
Amber20Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
NMRFAM-SPARKY1.47Goddard TD & Kneller DG (2008) SPARKY 3. University of California, San Francisco.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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