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万見
- PDB-9cok: Cryo-EM structure of the Nipah virus (Malaysia Strain) L:P complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cok
タイトルCryo-EM structure of the Nipah virus (Malaysia Strain) L:P complex
要素
  • Phosphoprotein
  • RNA-directed RNA polymerase L
キーワードVIRAL PROTEIN / TRANSFERASE / RNA dependent RNA polymerase / Nipah virus / LP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase ...negative stranded viral RNA transcription / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase ...Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Chen, Z.H. / Liang, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI171413 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of Nipah virus polymerases and high-throughput RdRp assay development enable anti-NiV drug discovery.
著者: Zhenhang Chen / Jeanne Quirit Dudley / Colin Deniston / Cosmo Z Buffalo / Debjani Patra / Dongdong Cao / Julia Hunt / Ahmed Rohaim / Debapriya Sengupta / Lan Wen / Tiffany Tsang / Lili Xie / ...著者: Zhenhang Chen / Jeanne Quirit Dudley / Colin Deniston / Cosmo Z Buffalo / Debjani Patra / Dongdong Cao / Julia Hunt / Ahmed Rohaim / Debapriya Sengupta / Lan Wen / Tiffany Tsang / Lili Xie / Michael DiDonato / Glen Spraggon / Matthew C Clifton / Nadine Jarrousse / Judith Straimer / Bo Liang /
要旨: Transcription and replication of the Nipah virus (NiV) are driven by the large protein (L) together with its essential co-factor phosphoprotein (P). L encodes all the viral enzymatic functions, ...Transcription and replication of the Nipah virus (NiV) are driven by the large protein (L) together with its essential co-factor phosphoprotein (P). L encodes all the viral enzymatic functions, including RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) activity, while the tetrameric P is multi-modular. Here, we investigate the molecular mechanism of the NiV polymerase and build tools for anti-NiV drug discovery. We analyze and compare multiple cryo-EM structures of both full-length and truncated NiV polymerases from the Malaysia and Bangladesh strains. We identify two conserved loops in the polyribonucleotidyltransferase (PRNTase) domain of L and the binding between RdRp-PRNTase and CD domains. To further assess the mechanism of NiV polymerase activity, we establish a highly sensitive radioactive-labeled RNA synthesis assay and identify a back-priming activity in the NiV polymerase as well as a fluorescence and luminescent-based non-radioactive polymerase assay to enable high-throughput screening for L protein inhibitors. The combination of structural analysis and the development of both high-sensitive and high-throughput biochemical assays will enable the identification of new direct-acting antiviral candidates for treating highly pathogenic henipaviruses.
履歴
登録2024年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年7月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Phosphoprotein
D: Phosphoprotein
C: Phosphoprotein
A: RNA-directed RNA polymerase L
E: Phosphoprotein
F: Phosphoprotein
G: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)764,7977
ポリマ－764,7977
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Phosphoprotein / Protein P


分子量: 84026.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス) / 遺伝子: P/V/C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IK91
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 260638.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Henipavirus nipahense (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q997F0, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, GDP polyribonucleotidyltransferase, NNS virus cap methyltransferase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Nipah virus RNA polymerase L protein with its cofactor P protein
タイプ: COMPLEX
詳細: Full length of L and P protein of Nipah virus expressed from insect cell Spodoptera frugiperda.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.57 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) / 株: Malaysia
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane-HCl1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258905 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212423
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48216766
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0221654
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041917
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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