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- PDB-9clp: Structure of ecarin from the venom of Kenyan saw-scaled viper in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9clp
タイトルStructure of ecarin from the venom of Kenyan saw-scaled viper in complex with the Fab of neutralizing antibody H11
要素
  • Endogenous peptide
  • H11 Fab heavy chain
  • H11 Fab light chain
  • Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
キーワードHYDROLASE / Snake venom metalloproteinase / neutralizing antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / peptidase activator activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin ...ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
類似検索 - 構成要素
生物種Echis carinatus (ヘビ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Mindrebo, J.T. / Lander, G.C.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM145143 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095892 米国
Wellcome Trust221705/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2024
タイトル: Importance of the Cysteine-Rich Domain of Snake Venom Prothrombin Activators: Insights Gained from Synthetic Neutralizing Antibodies.
著者: Laetitia E Misson Mindrebo / Jeffrey T Mindrebo / Quoc Tran / Mark C Wilkinson / Jessica M Smith / Megan Verma / Nicholas R Casewell / Gabriel C Lander / Joseph G Jardine /
要旨: Snake venoms are cocktails of biologically active molecules that have evolved to immobilize prey, but can also induce a severe pathology in humans that are bitten. While animal-derived polyclonal ...Snake venoms are cocktails of biologically active molecules that have evolved to immobilize prey, but can also induce a severe pathology in humans that are bitten. While animal-derived polyclonal antivenoms are the primary treatment for snakebites, they often have limitations in efficacy and can cause severe adverse side effects. Building on recent efforts to develop improved antivenoms, notably through monoclonal antibodies, requires a comprehensive understanding of venom toxins. Among these toxins, snake venom metalloproteinases (SVMPs) play a pivotal role, particularly in viper envenomation, causing tissue damage, hemorrhage and coagulation disruption. One of the current challenges in the development of neutralizing monoclonal antibodies against SVMPs is the large size of the protein and the lack of existing knowledge of neutralizing epitopes. Here, we screened a synthetic human antibody library to isolate monoclonal antibodies against an SVMP from saw-scaled viper (genus ) venom. Upon characterization, several antibodies were identified that effectively blocked SVMP-mediated prothrombin activation. Cryo-electron microscopy revealed the structural basis of antibody-mediated neutralization, pinpointing the non-catalytic cysteine-rich domain of SVMPs as a crucial target. These findings emphasize the importance of understanding the molecular mechanisms of SVMPs to counter their toxic effects, thus advancing the development of more effective antivenoms.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
C: Endogenous peptide
H: H11 Fab heavy chain
L: H11 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,9748
ポリマ－94,7884
非ポリマー1864
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 H11 Fab heavy chain


分子量: 23413.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 H11 Fab light chain


分子量: 22782.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin / Snake venom metalloproteinase / SVMP


分子量: 47979.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Echis carinatus (ヘビ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q90495, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド Endogenous peptide


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Either degradation product or co-purified with complex. Molecule was not added to the sample.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11 / タイプ: COMPLEX
詳細: Ecarin was complexed with H11 Fab, which was prepared by papain digestion of an IgG H11 antibody.
Entity ID: #1, #3-#4, #2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Echis pyramidum leakeyi (ヘビ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chlorideNaCl1
250 mMTrisC4H11NO31
31
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was monodisperse but had preferred orientation on holey gold grids. Graphene grid was used to overcome preferred orientation and the two datasets were combined.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 73000 X / 倍率（補正後）: 88339 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5511
画像スキャン横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 2147888
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 334209 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0025142
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4676973
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.113718
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04751
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005914

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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