PDB-9cll: Plasmodium falciparum tyrosyl-tRNA synthetase in complex with ML4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cll

タイトル

Plasmodium falciparum tyrosyl-tRNA synthetase in complex with ML471-Tyr

要素

tyrosine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE/INHIBITOR / Inhibitor complex / LIGASE / LIGASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / host cell cytosol / host cell surface receptor binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Tai, C.W. / Dogovski, C. / Xie, S.C. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.

資金援助

日本,

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: A potent and selective reaction hijacking inhibitor of Plasmodium falciparum tyrosine tRNA synthetase exhibits single dose oral efficacy in vivo.
著者: Xie, S.C. / Tai, C.W. / Morton, C.J. / Ma, L. / Huang, S.C. / Wittlin, S. / Du, Y. / Hu, Y. / Dogovski, C. / Salimimarand, M. / Griffin, R. / England, D. / de la Cruz, E. / Deni, I. / Yeo, T. ...

履歴

登録	2024年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cll.cif.gz	382.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cll.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cll_validation.pdf.gz	994.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cll_full_validation.pdf.gz	1012.9 KB	表示
XML形式データ	9cll_validation.xml.gz	37.5 KB	表示
CIF形式データ	9cll_validation.cif.gz	50.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/9cll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/9cll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tyrosine--tRNA ligase

B: tyrosine--tRNA ligase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.208, 47.271, 140.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.628, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-697- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 17 through 243 or resid 253 through 372 or resid 401 through 402))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 17 through 372 or resid 401 through 402))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	17 - 243	17 - 243
d_1	2	GLU	GLU	THR	THR	A	A	253 - 372	253 - 372
d_1	3	A1AZG	A1AZG	A1AZG	A1AZG	A	C	401
d_1	4	MLI	MLI	MLI	MLI	A	D	402
d_2	1	LYS	LYS	THR	THR	B	B	17 - 372	17 - 372
d_2	2	A1AZG	A1AZG	A1AZG	A1AZG	B	G	401
d_2	3	MLI	MLI	MLI	MLI	B	H	402

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.76385350733556, 0.64153708581083, -0.070412973666122), (0.62454814359559, 0.70727193330967, -0.33121900411012), (-0.16268815464705, -0.29697908997393, -0. ...

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase 分子量: 43514.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PF3D7_0807900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IAR7, tyrosine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 390分子

#2: 化合物	ChemComp-A1AZG / {(2R,3S,4R,5R)-5-[4-amino-3-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl}methyl [(2S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]sulfamate 分子量: 551.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉N₇O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5M sodium malonate, pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→46.68 Å / Num. obs: 84432 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.5 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.82 Å / Num. unique obs: 4481 / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1.5286	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→46.68 Å / SU ML: 0.2321 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.71 / 位相誤差: 24.3284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2198	4177	4.95 %
R_work	0.183	80213	-
obs	0.1848	84390	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5683	0	96	380	6159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0172	5887
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5031	7926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0908	854
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0115	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.3965	2265

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.5136648580525 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3517	136	0.3172	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.82-1.84	0.3614	133	0.2993	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.84-1.86	0.3484	123	0.289	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.86-1.89	0.2999	163	0.2688	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.91	0.326	130	0.2493	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.91-1.94	0.286	142	0.2362	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.94-1.97	0.293	153	0.227	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.2676	142	0.22	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.03	0.2669	147	0.2288	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.03-2.06	0.2645	140	0.2075	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.1	0.2503	135	0.1916	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2599	126	0.1926	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.254	158	0.1872	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.18-2.22	0.2155	153	0.1877	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.22-2.27	0.2413	129	0.1879	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.2593	137	0.1884	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.252	135	0.1849	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.44	0.2225	140	0.1868	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.44-2.51	0.2635	113	0.1886	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.51-2.6	0.2543	129	0.1982	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.6-2.69	0.2549	138	0.2231	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.8	0.2408	135	0.2096	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.8-2.92	0.2049	160	0.1959	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.92-3.08	0.2137	140	0.198	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.08-3.27	0.2378	144	0.2005	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.27-3.52	0.2161	129	0.1804	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.52-3.88	0.221	126	0.1639	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.88-4.44	0.1732	140	0.1433	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.44-5.59	0.1724	152	0.1514	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.14
5.59-46.68	0.1825	149	0.1635	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.5313305347518 Å / Origin y: -0.8840572344561 Å / Origin z: 39.271766436477 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.20772189955705 Å²	0.005414554471691 Å²	0.0076010382049863 Å²	-	0.36084058352957 Å²	-0.0069099430198071 Å²	-	-	0.29211894737101 Å²
L	0.75902173027855 °²	-0.31530254652524 °²	0.79712875071617 °²	-	0.52541962344154 °²	-0.38598198693262 °²	-	-	1.219280399272 °²
S	0.076003311258432 Å °	0.018130758952401 Å °	-0.15072082286854 Å °	-0.10229631506403 Å °	0.07467473687633 Å °	0.12972279024716 Å °	0.059493643873776 Å °	-0.14492188848826 Å °	-0.13140297990417 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 390分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 390分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 390分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)