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- PDB-9clf: Importin alpha isoform 2 with synthetic zero net-charge nuclear l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9clf
タイトルImportin alpha isoform 2 with synthetic zero net-charge nuclear localization signal
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Zero net-charge NLS
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Nuclear transport / nuclear localization signal binding / ARM repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Yang, Z. / Odeh-Ahmed, A. / Abdoli, A. / Leyton, V.J. / Bednova, O. / Lavigne, P. / Lemieux, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other government カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Probing the extent of importin-alpha targeting of the TAF8 NLS by eliminating its cationic net-charge.
著者: Abdoli, A. / Yang, Z. / Odeh-Ahmed, A. / Bednova, O. / Lemieux, B. / Dawe, L. / Ravel-Chapuis, A. / Lavigne, P. / Zeytuni, N. / Leyton, J.V.
履歴
登録2024年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-1
B: Zero net-charge NLS
C: Zero net-charge NLS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0888
ポリマ－57,5033
非ポリマー5855
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.398, 89.749, 99.523
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55330.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Zero net-charge NLS


分子量: 1086.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.65 M NaCit, 0.1 M HEPES pH 7.0, 60% glycerol, 10 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 29674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.765 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 190378
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.46.60.55814530.870.9640.2340.6060.396100
2.4-2.446.50.4614700.9280.9810.1950.5010.408100
2.44-2.496.40.41714560.9190.9790.1780.4540.446100
2.49-2.546.20.37814570.9330.9820.1660.4130.46100
2.54-2.660.34514420.9280.9810.1550.3790.442100
2.6-2.666.50.30214690.9550.9880.1290.3280.452100
2.66-2.726.60.27214800.9570.9890.1140.2950.522100
2.72-2.86.20.22214550.9670.9920.0970.2430.598100
2.8-2.886.30.20914550.970.9920.090.2280.599100
2.88-2.976.90.17514790.9810.9950.0710.1890.635100
2.97-3.086.90.15314630.9850.9960.0620.1650.689100
3.08-3.26.90.12814730.9920.9980.0530.1390.745100
3.2-3.356.80.11314840.9920.9980.0470.1230.813100
3.35-3.536.70.09714810.9930.9980.040.1050.97100
3.53-3.756.70.08114920.9950.9990.0340.0881.15100
3.75-4.036.50.07114700.9950.9990.030.0771.346100
4.03-4.446.10.0615100.9960.9990.0260.0651.308100
4.44-5.085.60.05315070.9970.9990.0250.0591.20199.9
5.08-6.45.90.05315470.9980.9990.0230.0580.959100
6.4-506.30.03616310.99910.0150.0391.144100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→49.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.531 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20778 1425 4.8 %RANDOM
Rwork0.15643 ---
obs0.15889 28194 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.786 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.36→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 34 246 3644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0123511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.6434782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4791.5728038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1825455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.897513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.5910617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2464.3861781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.244.3871781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3837.8552228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3827.8592229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7235.1441730
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7225.1471731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.9489.1152548
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.99553.1915361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.01352.9715163
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.419 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 98 -
Rwork0.223 2057 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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