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- PDB-9ckx: Crystal structure of Dsk2 Sti1 domain bound to a transmembrane domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ckx
タイトルCrystal structure of Dsk2 Sti1 domain bound to a transmembrane domain
要素Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2
キーワードCHAPERONE / Membrane protein Chaperone Sti1 Ubiquilin
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle pole body duplication / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane ...spindle pole body duplication / Toxicity of tetanus toxin (tetX) / Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / clathrin-sculpted glutamate transport vesicle membrane / regulation of delayed rectifier potassium channel activity / Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / protein localization to vacuole / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / zymogen granule membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin II complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a complex / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / eosinophil degranulation / positive regulation of intracellular protein transport / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of vesicle-mediated transport / regulation of exocytosis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / calcium-ion regulated exocytosis / Golgi to plasma membrane protein transport / neuron projection terminus / syntaxin binding / clathrin-coated vesicle / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / syntaxin-1 binding / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Other interleukin signaling / SNARE complex assembly / Lysosome Vesicle Biogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Insulin processing / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / response to glucose / phosphorelay signal transduction system / vesicle-mediated transport / ERAD pathway / secretory granule / secretory granule membrane / SNARE binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Regulation of insulin secretion / trans-Golgi network / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / phospholipid binding / long-term synaptic potentiation / cellular response to insulin stimulus / calcium-dependent protein binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / Clathrin-mediated endocytosis / protein transport / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / membrane fusion / calmodulin binding / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / perinuclear region of cytoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / : / : / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain ...Synaptobrevin/Vesicle-associated membrane protein / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / : / : / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-domain-containing protein / Response regulator / Vesicle-associated membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Metschnikowia bicuspidata (菌類)
Myxococcus xanthus (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Wohlever, M.L. / Binsabaan, S. / Sankaran, B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CAREER 2343131 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM137904 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169-01 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: ALS mutations disrupt self-association between the Ubiquilin Sti1 hydrophobic groove and internal placeholder sequences.
著者: Onwunma, J. / Binsabaan, S. / Allen, S.P. / Sankaran, B. / Wohlever, M.L.
履歴
登録2024年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2
B: Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8392
ポリマ－48,8392
非ポリマー00
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.410, 63.920, 67.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-domain-containing protein,Response regulator FrzS,Vesicle-associated membrane protein 2


分子量: 24419.381 Da / 分子数: 2
変異: I98A,I102A,I106A,I108A,I110A,I111A (Uniprot Vamp2 numbering) in the Vamp2 segment
由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion construct consisted of the Sti1 domain of M. bicupsidata Dsk2 (residues 165-234) followed by the receiver domain of M. xanthus FrzS (residues 3-124) and a variant of the Vamp2 ...詳細: The fusion construct consisted of the Sti1 domain of M. bicupsidata Dsk2 (residues 165-234) followed by the receiver domain of M. xanthus FrzS (residues 3-124) and a variant of the Vamp2 transmembrane domain (MMIALGVACAIALAIAAVYF). The linker between the Sti1 and FrzS domain is WGS and the linker between the FrzS domain and transmembrane domain is GNS.
由来: (組換発現) Metschnikowia bicuspidata (菌類), (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: METBIDRAFT_39938, N3T43_21095, VAMP2, SYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1A0HF11, UniProt: A0AA46P9Z6, UniProt: P63027
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.5% MPD, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→46.13 Å / Num. obs: 36912 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 37.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4887 / Rpim(I) all: 0.367 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHENIX1.14_3260精密化
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→46.13 Å / SU ML: 0.2521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3675 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 1854 5.03 %
Rwork0.22 35021 -
obs0.2207 36875 93.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 0 124 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00493442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80024632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.00412156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.3641470.32382796X-RAY DIFFRACTION99.29
2.03-2.090.28511210.30712150X-RAY DIFFRACTION74.19
2.09-2.160.34781480.28762857X-RAY DIFFRACTION99.24
2.16-2.240.32661460.28652855X-RAY DIFFRACTION99.5
2.24-2.330.27171290.2772120X-RAY DIFFRACTION73.79
2.33-2.430.29861480.25142848X-RAY DIFFRACTION99.57
2.43-2.560.30991500.24622886X-RAY DIFFRACTION99.61
2.56-2.720.26661150.25192573X-RAY DIFFRACTION87.96
2.72-2.930.26741620.24972859X-RAY DIFFRACTION99.11
2.93-3.230.24321640.23832843X-RAY DIFFRACTION98.85
3.23-3.690.24521300.21652524X-RAY DIFFRACTION92.64
3.69-4.650.19391240.17442790X-RAY DIFFRACTION94.7
4.65-46.130.16551700.18372920X-RAY DIFFRACTION98.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.987167107060.0661228252240.3076506243714.25010524315-2.619830485413.090959568590.0396032126683-0.273382933821-0.6368923529340.110762546992-0.3819677794390.378966852523-0.293261984506-0.3297271085430.3105250176740.566265874155-0.03091871821-0.1191383684290.418446423522-0.01696452581590.55266944349121.424948763843.0245368193-2.86832187202
21.980980742871.38129091376-0.5888907432972.64308338799-0.3690784299617.106549771390.213970597648-0.3119822937890.684924315269-0.0777025364365-0.1495009755870.129750866744-0.3246788453-0.2224433865860.02211834504940.369620329158-0.00206886195023-0.04759844958460.305964745892-0.01372502498980.38085594583337.303224400557.5809344872-7.97042108004
32.773277759372.27515817064-2.794621946923.72230969559-3.92657207144.442127461520.198083926560.96183499911-0.338896728063-0.684716914338-0.05075030127330.437998242636-0.25519759534-0.803573046405-0.2067552735440.7442322371860.100673392835-0.1159842517360.468340091332-0.06418951462960.39367798955732.841815200245.9593881489-14.9095311637
46.708512920550.3810050791253.46666596266.40738404755-3.12133617873.528931313040.5668098767830.598255496241-0.247072293885-0.4748280473320.09748061772220.5951772345051.11698382299-0.0152146860218-0.1615694366580.4680395260720.0088141844363-0.09837185564510.305986832495-0.01458271142160.33956921672831.570069605735.89478437341.52560968271
53.073933262010.738467052816-0.6178970795255.399913172040.3166478995739.545772984950.0615962114531-0.0144847064843-0.002268212301750.677170997176-0.02381620780320.01441018567490.6541958129250.0444609719095-0.04160419322440.7506909046440.0227863703970.113894609780.3315998880510.004272778288550.24761771540927.482325468740.441106671533.7534863661
61.781449991020.30096195106-2.036155471262.25076476565-1.884067115246.316466429960.1443448778310.228815015568-0.2137137323760.448916706402-0.00334356891284-0.0552386936233-0.254410531319-0.538232228559-0.1625153514890.267791349486-0.0350157379063-0.0364893331830.239245989207-0.03943971243640.20229354053132.046093727544.85428115699.14205142233
73.58735629857-3.76025220104-0.6647810056614.800378458290.4588778950993.822415787460.239529885947-0.1527224844030.1063815861140.284784272684-0.2051614471820.0115051194238-0.674538752483-0.275017628019-0.05154771840640.4925268433380.0299900121251-0.0848358164070.424727070725-0.03753218250120.51200466892534.71891583548.046313447412.5194727621
87.035976573292.45541666273-2.39633368875.44723271341-4.949591990695.020007543940.0699147007341-0.0591688204573-0.3458087768580.115983757107-0.244575654534-0.2459103127850.841675401947-0.1327130821070.3574072113340.3528283297830.00455481339858-0.04894359885520.289792566139-0.01356335645090.34790983845242.139809631933.3992506878-2.35866755877
93.91208825331-3.83231551456-0.1327459860527.293529185720.821426474492-0.0108028525286-0.149146538102-0.5152750428020.2289595754960.4910838785470.151528759714-0.702490519776-0.09082484186120.09953690504120.09585071876430.406639573261-0.0483901208914-0.1109117925620.3994467104350.03610654307830.43020767326240.542900393449.83391654992.6018569584
102.56970384445-0.7918788590711.255773617266.12011325803-0.01991170618684.70457832924-0.281926620303-0.009872918802311.442757663390.06644871121620.05774673465110.200450667862-0.2123582288340.09626116052530.1248702938140.283999922178-0.0190057121040.02800330150220.382129218521-0.05231485223510.989148197214.4677779251757.47760243344.52397262778
118.928232936490.1370926765740.3848489076644.951090261680.0005090513081654.41760820303-0.05553126815710.5883037983730.476296516189-0.3016290495090.03807629699410.8512396782970.0611208093192-0.1496557152140.1188885416570.24900882206-0.00962163128031-0.05207446124710.3687261845090.02354469027730.754355163478-3.0529446003948.4348100278-2.37429363553
124.84893175369-1.07779456657-0.4248066481051.4726292597-0.09961114452860.465038389816-0.155530362199-0.44342616113-0.3562968861520.07819045704170.08688680671810.575024217745-0.0482527014569-0.03975411184040.08547501023660.257615812247-0.01639307849520.00558193612420.283259564021-0.0201004280540.41791936844916.282063619145.06701957321.77812789642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 60 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 61 through 75 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 76 through 183 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 184 through 222 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 44 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 45 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 112 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 113 through 168 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 169 through 222 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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