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- PDB-9ckn: Histidine-covalent alpha-helical peptide (compound 6) targeting hMcl-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ckn
タイトルHistidine-covalent alpha-helical peptide (compound 6) targeting hMcl-1
要素
  • Helical Peptide
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS / Histidine-covalent stapled alpha-helical peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Muzzarelli, K.M. / Assar, Z. / Alboreggia, G. / Pellecchia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Covalent Targeting of Histidine Residues with Aryl Fluorosulfates: Application to Mcl-1 BH3 Mimetics.
著者: Alboreggia, G. / Udompholkul, P. / Atienza, E.L. / Muzzarelli, K. / Assar, Z. / Pellecchia, M.
履歴
登録2024年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Helical Peptide
E: Helical Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8944
ポリマ－38,8944
非ポリマー00
水1,856103
1
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
E: Helical Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4472
ポリマ－19,4472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8200 Å2
手法PISA
2
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Helical Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4472
ポリマ－19,4472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area7870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.064, 77.636, 61.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17850.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Helical Peptide


分子量: 1596.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid, pH 3.5, and 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.32 Å / Num. obs: 45530 / % possible obs: 96.54 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 27.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05617 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.501→1.554 Å / Num. unique obs: 4321 / CC1/2: 0.325

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→48.32 Å / SU ML: 0.2989 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.1154
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2059 4.55 %
Rwork0.2192 43148 -
obs0.2203 45207 96.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 222 103 2646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972580
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44053462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0745382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0179443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.26611016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.40821240.39812690X-RAY DIFFRACTION90.28
1.54-1.570.35851190.37092816X-RAY DIFFRACTION94.19
1.57-1.620.34961440.38732722X-RAY DIFFRACTION91.92
1.62-1.660.40731570.35912842X-RAY DIFFRACTION97.06
1.66-1.720.3171360.30272902X-RAY DIFFRACTION97.34
1.72-1.780.30571480.27342894X-RAY DIFFRACTION97.88
1.78-1.850.26631280.26512927X-RAY DIFFRACTION98.07
1.85-1.930.29221340.26272914X-RAY DIFFRACTION97.85
1.93-2.040.29521270.25072917X-RAY DIFFRACTION98.32
2.04-2.160.30681420.22492866X-RAY DIFFRACTION96.6
2.16-2.330.27941220.212780X-RAY DIFFRACTION93.07
2.33-2.570.23251490.20672955X-RAY DIFFRACTION99.04
2.57-2.940.21261260.20942971X-RAY DIFFRACTION99.33
2.94-3.70.22791560.20362978X-RAY DIFFRACTION99.65
3.7-48.320.20791470.19062974X-RAY DIFFRACTION97.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48605348734-0.7830965309030.2889572384051.36422036248-1.938442638873.491768334730.006650911910710.01691245584890.043449079988-0.0150633042872-0.0212898768386-0.1085815251770.0277027969335-0.06737451828572.10743632154E-90.116414351315-0.002577322901060.007609408925020.09539956570620.00316881794360.14002210918313.253663151910.2970237481.63994157184
21.85497630364-0.06876544042350.1243856629482.16712371849-1.428698792324.58513877674-0.094355781495-0.09842648488820.015948124698-0.1934941279780.03677003657270.161843007457-0.0637989697532-0.09409743206444.23159700923E-90.1684203587150.00659588335737-0.02286012959760.1359324533920.01476126158530.169615652016-2.2286182871427.031873072329.5537991675
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Label seq-ID: 1

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11(chain A and resseq 169:401)AA - B169 - 401
22(chain B and resseq 172:401)BC - D172 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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