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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cja | |||||||||
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タイトル | Formerly degenerate seventh zinc finger domain from transcription factor ZNF711 rehabilitated by experimental NMR structure | |||||||||
![]() | Zinc finger protein 711 | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / ZNF711 / CMPX1 / XLID97 / degenerate zinc finger | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Generic Transcription Pathway / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing | |||||||||
![]() | Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T. | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Formerly degenerate seventh zinc finger domain from transcription factor ZNF711 rehabilitated by experimental NMR structure 著者: Rua, A.J. / Alexandrescu, A.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 529.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 692.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3316.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3 詳細: Simulated annealing, then water refinement with script from Nilges; Lange 2.8.98, than more simulated annealing with prot_sa_refine_nogyr.inp since water refinement gave terrible Ramachandran values | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |