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- PDB-9cih: Crystal structure of human polymerase eta with incoming dCMPnPP n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cih
タイトルCrystal structure of human polymerase eta with incoming dCMPnPP nucleotide across O4-methyl threofuranosyl thymidine in DNA template at extension stage
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*(A1A0L)P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA binding protein / DNA polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / response to radiation ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / replication fork / Termination of translesion DNA synthesis / response to radiation / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / site of double-strand break / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KX / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Tomar, R. / Stone, M.P. / Egli, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01ES029357 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)2P01CA160032-26A1 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: DNA Replication across alpha-l-(3'-2')-Threofuranosyl Nucleotides Mediated by Human DNA Polymerase eta.
著者: Tomar, R. / Ghodke, P.P. / Patra, A. / Smyth, E. / Pontarelli, A. / Copp, W. / Guengerich, F.P. / Chaput, J.C. / Wilds, C.J. / Stone, M.P. / Egli, M.
履歴
登録2024年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*(A1A0L)P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4989
ポリマ－54,7073
非ポリマー7916
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.470, 98.470, 81.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48617.707 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-432 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*(A1A0L)P*TP*GP*AP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3653.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA template strand containing modified nucleotide, O4-methyl threofuranosyl thymidine
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*GP*TP*CP*AP*A)-3')


分子量: 2435.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA primer strand / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 321分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-0KX / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]cytidine


分子量: 466.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES pH 6.0, 5mM magnesium chloride, 22% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 24623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1809 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.319 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v721.2データ削減
HKL-2000v721.2データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.8.91EL (ccp4)モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→42.2 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1291 5.25 %
Rwork0.1701 --
obs0.1734 24591 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 389 48 315 4075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.571682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.240.26661430.20522555X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.340.2771750.19792555X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.460.26011250.20222606X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.620.2441140.20132580X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.31281270.19162619X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.27261500.18492574X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.26281630.1582577X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.15971520.1362598X-RAY DIFFRACTION100
4.47-42.20.19321420.15272636X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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