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万見
- PDB-9cgd: Human DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cgd
タイトルHuman DJ-1, 10 sec mixing with methylglyoxal, pink beam time-resolved serial crystallography, CrystFEL processed
要素Parkinson disease protein 7
キーワードHYDROLASE / Glutathione-independent glyoxalase / mix-and-inject serial crystallography / Laue diffraction
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / protein deglycase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / lactate biosynthetic process / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / negative regulation of protein sumoylation / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / oxygen sensor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / androgen receptor signaling pathway / ubiquitin-specific protease binding / dopamine uptake involved in synaptic transmission / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of neuron apoptotic process / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / mitochondrion organization / adherens junction / enzyme activator activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Late endosomal microautophagy / PML body / mitochondrial intermembrane space / autophagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / Aggrephagy / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / response to oxidative stress / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Zielinski, K. / Dolamore, C. / Dalton, K. / Meisburger, S. / Smith, N. / Termini, J. / Henning, R. / Srajer, V. / Hekstra, D. / Pollack, L. / Wilson, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM153337 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Resolving DJ-1 Glyoxalase Catalysis Using Mix-and-Inject Serial Crystallography at a Synchrotron.
著者: Zielinski, K.A. / Dolamore, C. / Dalton, K.M. / Smith, N. / Termini, J. / Henning, R. / Srajer, V. / Hekstra, D.R. / Pollack, L. / Wilson, M.A.
履歴
登録2024年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parkinson disease protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2711
ポリマ－20,2711
非ポリマー00
水2,234124
1
A: Parkinson disease protein 7

A: Parkinson disease protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5432
ポリマ－40,5432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area2830 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.030, 76.030, 76.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Parkinson disease protein 7 / Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / ...Maillard deglycase / Oncogene DJ1 / Parkinsonism-associated deglycase / Protein DJ-1 / DJ-1 / Protein/nucleic acid deglycase DJ-1


分子量: 20271.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q99497, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用, protein deglycase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.89 % / 解説: 20-25 micron microcrystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, 15% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.240-1.016
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年11月13日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.241
21.0161
反射解像度: 1.77→65.84 Å / Num. obs: 24998 / % possible obs: 99.01 % / 冗長度: 95.32 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / CC1/2: 0.99 / R split: 0.101 / Net I/σ(I): 4.68
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 90.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.31 / Num. unique obs: 2428 / CC1/2: 0.05 / % possible all: 98.7
Serial crystallography sample delivery解説: concentric flow microfluidic mixer / 手法: injection
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 1518 / Frames indexed: 1477 / Frames total: 20000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Precognitionデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.97→32.96 Å / SU ML: 0.1935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.9654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1772 902 4.95 %
Rwork0.1485 17334 -
obs0.15 18236 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→32.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1383 0 5 124 1512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74151986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0488234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4792567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.090.28411470.26562837X-RAY DIFFRACTION98.97
2.09-2.250.28651420.21082853X-RAY DIFFRACTION99.21
2.26-2.480.20761660.17882832X-RAY DIFFRACTION99.17
2.48-2.840.1721460.15422890X-RAY DIFFRACTION99.02
2.84-3.580.18431370.13752912X-RAY DIFFRACTION99.09
3.58-32.960.12851640.1093010X-RAY DIFFRACTION98.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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