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- PDB-9cea: Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cea
タイトルCrystal structure of HP1alpha chromoshadow domain
要素Chromobox protein homolog 5
キーワードTRANSCRIPTION / HP1a / CSD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / : / transcription repressor complex ...chromocenter / histone methyltransferase complex / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / histone deacetylase complex / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / : / transcription repressor complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / kinetochore / histone deacetylase binding / nuclear envelope / heterochromatin formation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. ...Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Selvam, K. / Gaurav, N. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The HP1 box of KAP1 organizes HP1 alpha for silencing of endogenous retroviral elements in embryonic stem cells.
著者: Gaurav, N. / O'Hara, R. / Hyder, U. / Qin, W. / Her, C. / Romero, H. / Kumar, A. / Marcaida, M.J. / Singh, R.K. / Hovius, R. / Selvam, K. / Liu, J. / Martire, S. / Yao, Y. / Challa, A. / Dal ...著者: Gaurav, N. / O'Hara, R. / Hyder, U. / Qin, W. / Her, C. / Romero, H. / Kumar, A. / Marcaida, M.J. / Singh, R.K. / Hovius, R. / Selvam, K. / Liu, J. / Martire, S. / Yao, Y. / Challa, A. / Dal Peraro, M. / Fierz, B. / Kono, H. / Cardoso, M.C. / Debelouchina, G.T. / Leonhardt, H. / D'Orso, I. / Banaszynski, L.A. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 5
B: Chromobox protein homolog 5
C: Chromobox protein homolog 5
D: Chromobox protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8894
ポリマ－28,8894
非ポリマー00
水1,928107
1
A: Chromobox protein homolog 5
B: Chromobox protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4452
ポリマ－14,4452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
2
C: Chromobox protein homolog 5
D: Chromobox protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4452
ポリマ－14,4452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.758, 66.854, 70.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 5 / Antigen p25 / Heterochromatin protein 1 homolog alpha / HP1 alpha


分子量: 7222.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX5, HP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45973
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 0.2 M sodium chloride and 20% w/v PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.18 Å / Num. obs: 17068 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.22 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.916 / Num. unique obs: 1446 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1 / Χ2: 1.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 6.54 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27732 772 4.5 %RANDOM
Rwork0.22735 ---
obs0.22982 16249 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.65 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 0 107 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121914
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.8412582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6741.7814237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8225241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.894510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85610342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7613.979970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.743.98970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0267.0991206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0237.1071207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6174.278944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6144.285945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.0327.7161376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.93237.732047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.92937.752043
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 52 -
Rwork0.262 1172 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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