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- PDB-9ce8: 20S Proteasome core particle in complex with Ixazomib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ce8
タイトル20S Proteasome core particle in complex with Ixazomib
要素
  • Proteasome subunit alpha
  • Proteasome subunit beta
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Proteasome / Proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / modification-dependent protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6V8 / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Uday, A.B. / Vahidi, S. / Turner, M.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT451412 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN/03031-2022 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for allosteric modulation of M. tuberculosis proteasome core particle.
著者: Madison Turner / Adwaith B Uday / Algirdas Velyvis / Enrico Rennella / Natalie Zeytuni / Siavash Vahidi /
要旨: The Mycobacterium tuberculosis (Mtb) proteasome system selectively degrades damaged or misfolded proteins and is crucial for the pathogen's survival within the host. Targeting the 20S core particle ...The Mycobacterium tuberculosis (Mtb) proteasome system selectively degrades damaged or misfolded proteins and is crucial for the pathogen's survival within the host. Targeting the 20S core particle (CP) offers a viable strategy for developing tuberculosis treatments. The activity of Mtb 20S CP, like that of its eukaryotic counterpart, is allosterically regulated, yet the specific conformations involved have not been captured in high-resolution structures to date. Here, we use single-particle electron cryomicroscopy and H/D exchange mass spectrometry to determine the Mtb 20S CP structure in an auto-inhibited state that is distinguished from the canonical resting state by the conformation of switch helices at the α/β interface. The rearrangement of these helices collapses the S1 pocket, effectively inhibiting substrate binding. Biochemical experiments show that the Mtb 20S CP activity can be altered through allosteric sites far from the active site. Our findings underscore the potential of targeting allostery to develop antituberculosis therapeutics.
履歴
登録2024年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha
B: Proteasome subunit alpha
C: Proteasome subunit alpha
D: Proteasome subunit alpha
E: Proteasome subunit alpha
F: Proteasome subunit alpha
G: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit alpha
I: Proteasome subunit alpha
J: Proteasome subunit alpha
K: Proteasome subunit alpha
L: Proteasome subunit alpha
M: Proteasome subunit alpha
N: Proteasome subunit alpha
O: Proteasome subunit beta
P: Proteasome subunit beta
Q: Proteasome subunit beta
R: Proteasome subunit beta
S: Proteasome subunit beta
T: Proteasome subunit beta
U: Proteasome subunit beta
V: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
X: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)724,04442
ポリマ－718,99028
非ポリマー5,05414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
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22given(-0.222753867359, -0.974874573972, -0.000528772487846), (0.974874675115, -0.222753665228, -0.000415266815467), (0.000287047050073, -0.00060798919643, 0.999999773977)420.958442498, 47.5559117188, 0.0780484824074
23given(0.623666423925, 0.781690571943, 0.000203478834178), (-0.78169059062, 0.623666359779, 0.000303669914073), (0.00011047300501, -0.000348446219431, 0.99999993319)-77.6584248711, 221.736280445, 0.057672263773
24given(-0.222870683956, 0.974848000523, 0.000184687422325), (-0.974847989556, -0.222870719229, 0.000199421244914), (0.000235566820513, -0.000135597013101, 0.999999963061)47.4607368155, 420.87763313, -0.00583996920639
25given(-0.901131437263, 0.433545805321, 0.000409224110103), (-0.43354579005, -0.901131528162, 0.000129929324287), (0.000425095061231, -6.03339913846E-5, 0.999999907827)280.994047897, 447.126462173, -0.0492754701253
26given(-0.900967841195, -0.433885870294, 2.62925772439E-5), (0.433885843696, -0.900967804188, -0.00030076082999), (0.000154184640056, -0.000259567858652, 0.999999954426)447.158332044, 281.029664909, 0.0339010472214

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要素

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha / 20S proteasome alpha subunit / Proteasome core protein PrcA


分子量: 26911.039 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcA, Rv2109c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHU1
#2: タンパク質
Proteasome subunit beta / 20S proteasome beta subunit / Proteasome core protein PrcB


分子量: 24445.383 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: prcB, Rv2110c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHT9, proteasome endopeptidase complex
#3: 化合物
ChemComp-6V8 / [(1~{R})-1-[2-[[2,5-bis(chloranyl)phenyl]carbonylamino]ethanoylamino]-3-methyl-butyl]boronic acid / イキサゾミブ


分子量: 361.029 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19BCl2N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 20S Proteasome core particle in complex with Ixazomib
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium chlorideNaCl1
250 mMSodium phosphate monobasicNaH2PO41
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9PHENIXdev_5316モデル精密化
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 449574 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 39.64 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001947152
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46863826
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04277238
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00378400
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.16076998
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.29753199373E-12
ens_1d_3JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.20266893335E-10
ens_1d_4JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.74230043982E-12
ens_1d_5JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.02195006132E-13
ens_1d_6JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.1658036554E-10
ens_1d_7JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.76301197351E-13
ens_1d_8JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.37837812111E-13
ens_1d_9JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.38772321431E-11
ens_1d_10JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.71881307377E-11
ens_1d_11JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.91865958969E-12
ens_1d_12JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.6542102245E-11
ens_1d_13JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.66819216586E-13
ens_1d_14JJELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.34322846801E-12
ens_2d_2LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.8950017235E-11
ens_2d_3LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.74998322065E-13
ens_2d_4LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.12829550353E-13
ens_2d_5LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.05979499887E-12
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ens_2d_7LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.5420943851E-11
ens_2d_8LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.88913900861E-11
ens_2d_9LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints7.35852868836E-13
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ens_2d_13LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.74745899898E-13
ens_2d_14LAXELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.57829191864E-11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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