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- PDB-9cdw: Crystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cdw
タイトルCrystal structure of HP1alpha chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide
要素
  • Chromobox protein homolog 5
  • Transcription intermediary factor 1-beta peptide
キーワードTRANSCRIPTION/PEPTIDE / HP1 / CSD domain / KAP1 / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromocenter / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity ...convergent extension involved in axis elongation / Krueppel-associated box domain binding / embryonic placenta morphogenesis / suppression of viral release by host / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / chromocenter / genomic imprinting / chromo shadow domain binding / Generic Transcription Pathway / SUMO transferase activity / histone methyltransferase complex / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / protein sumoylation / histone deacetylase complex / epithelial to mesenchymal transition / heterochromatin / ribonucleoprotein complex binding / pericentric heterochromatin / : / transcription repressor complex / embryo implantation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of DNA repair / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / RING-type E3 ubiquitin transferase / kinetochore / RNA polymerase II transcription regulator complex / histone deacetylase binding / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear envelope / heterochromatin formation / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / protein kinase activity / ribonucleoprotein complex / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup ...Transcription intermediary factor 1-beta / TIF1-beta, RING finger, HC subclass / : / : / zinc-RING finger domain / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chromobox protein homolog 5 / Transcription intermediary factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Selvam, K. / Singh, R.K. / Gaurav, N. / Kutateladze, T.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The HP1 box of KAP1 organizes HP1 alpha for silencing of endogenous retroviral elements in embryonic stem cells.
著者: Gaurav, N. / O'Hara, R. / Hyder, U. / Qin, W. / Her, C. / Romero, H. / Kumar, A. / Marcaida, M.J. / Singh, R.K. / Hovius, R. / Selvam, K. / Liu, J. / Martire, S. / Yao, Y. / Challa, A. / Dal ...著者: Gaurav, N. / O'Hara, R. / Hyder, U. / Qin, W. / Her, C. / Romero, H. / Kumar, A. / Marcaida, M.J. / Singh, R.K. / Hovius, R. / Selvam, K. / Liu, J. / Martire, S. / Yao, Y. / Challa, A. / Dal Peraro, M. / Fierz, B. / Kono, H. / Cardoso, M.C. / Debelouchina, G.T. / Leonhardt, H. / D'Orso, I. / Banaszynski, L.A. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2024年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 5
B: Chromobox protein homolog 5
C: Chromobox protein homolog 5
D: Chromobox protein homolog 5
E: Transcription intermediary factor 1-beta peptide
F: Transcription intermediary factor 1-beta peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0469
ポリマ－30,5956
非ポリマー4513
水99155
1
A: Chromobox protein homolog 5
C: Chromobox protein homolog 5
E: Transcription intermediary factor 1-beta peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4484
ポリマ－15,2983
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chromobox protein homolog 5
D: Chromobox protein homolog 5
F: Transcription intermediary factor 1-beta peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5985
ポリマ－15,2983
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.809, 107.809, 64.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 5 / Antigen p25 / Heterochromatin protein 1 homolog alpha / HP1 alpha


分子量: 7313.364 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX5, HP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45973
#2: タンパク質・ペプチド Transcription intermediary factor 1-beta peptide / TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting ...TIF1-beta / E3 SUMO-protein ligase TRIM28 / KRAB-associated protein 1 / KAP-1 / KRAB-interacting protein 1 / KRIP-1 / Nuclear corepressor KAP-1 / RING finger protein 96 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-beta / Tripartite motif-containing protein 28


分子量: 670.821 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM28, KAP1, RNF96, TIF1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13263, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.8, 0.2 M MgCl2, 20% PEG3350, 30 mM glycyl-glycyl-glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.68 Å / Num. obs: 16886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 159878
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Num. measured all: 11300 / Num. unique obs: 1763 / CC1/2: 0.937 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.564 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 7.268 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 875 5.2 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
obs0.2356 15941 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.319 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.19 Å2-1.1 Å2-0 Å2
2---2.19 Å20 Å2
3---7.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 0 30 55 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8381.8352956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.591.7854932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6795262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg18.387514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.09210397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1464.7051066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1384.7041066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3828.3921322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.388.3961323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2845.321133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2825.3241134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.0799.5571635
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.00845.742264
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.00245.792261
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 56 -
Rwork0.321 1172 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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