PDB-9cds: Crystal structure of OspA ST1 from B. burgdorferi bound to monocl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9cds

タイトル

Crystal structure of OspA ST1 from B. burgdorferi bound to monoclonal antibody LA-2

要素

Hybridoma Antibody LA2 (Heavy Chain)
Hybridoma Antibody LA2 (Light Chain)
Outer surface protein A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Lyme disease / Outer Surface Protein A (OspA)

機能・相同性

Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / cell surface / membrane / Outer surface protein A

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Laciak, A.R. / Lai, Y.-T. / Dhingra, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Preclinical assessment of an investigational mRNA lipid nanoparticle OspA vaccine for Lyme disease
著者: Finn, M.B. / Dold, C. / Willsey, G. / Piazza, C.L. / Clendenen, L. / Shrestha, M. / You, S.S. / Ma, L. / Dhingra, Y. / Laciak, A.R. / Uggowitzer, K.A. / Obiero, J.M. / Natarajan, H. / Green, ...

履歴

登録	2024年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9cds.cif.gz	677 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9cds.ent.gz	426.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9cds.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9cds_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9cds_full_validation.pdf.gz	468 KB	表示
XML形式データ	9cds_validation.xml.gz	57.9 KB	表示
CIF形式データ	9cds_validation.cif.gz	78.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/9cds	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hybridoma Antibody LA2 (Light Chain)

B: Hybridoma Antibody LA2 (Heavy Chain)

C: Outer surface protein A

D: Hybridoma Antibody LA2 (Light Chain)

E: Hybridoma Antibody LA2 (Heavy Chain)

F: Outer surface protein A

156 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.555, 68.555, 619.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	1 - 210	1 - 210
2	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	1 - 210	1 - 210
3	2	2	ASP	ASP	GLU	GLU	1 - 213	1 - 213
4	2	2	ASP	ASP	GLU	GLU	1 - 213	1 - 213
5	3	3	SER	SER	THR	THR	26 - 200	26 - 200
6	3	3	SER	SER	THR	THR	26 - 200	26 - 200

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: 抗体	Hybridoma Antibody LA2 (Light Chain) 分子量: 23608.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Hybridoma Antibody LA2 (Heavy Chain) 分子量: 22629.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Outer surface protein A 分子量: 31632.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア) 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CL66
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15 mg/mL, 0.1 M Magnesium Acetate tetrahydrate and 10% (w/v) PEG 3350; cryo 25%(v/v) Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.4951
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.5049

反射

解像度: 1.85→68.86 Å / Num. obs: 139556 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.129 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 2.821 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6793 / CC_1/2: 0.304 / R_pim(I) all: 0.661 / R_rim(I) all: 2.889 / Χ²: 0.66 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→59.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 3.787 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2333	6937	4.981 %	Random
R_work	0.2023	132341	-	-
all	0.204	-	-	-
obs	-	139278	99.985 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.945 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.614 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.614 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.227 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→59.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10205	0	0	563	10768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	10439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9827
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.282	1.825	14148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.452	1.77	22889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.087	5	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.678	5	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.778	10	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.06	10	389
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4955
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.073	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.604	3.042	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.604	3.042	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.251	5.466	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.251	5.466	6715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.592	3.099	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.592	3.099	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.209	5.683	7423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.209	5.683	7424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.895	36.59	42881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.885	36.563	42611
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.136	0.05	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.149	0.05	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.175	0.05	6801

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13607	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13607	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14921	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14921	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17496	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.17496	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.661	493	0.572	9713	X-RAY DIFFRACTION	99.863
1.898-1.95	0.464	526	0.422	9573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.006	0.377	526	0.321	9199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.068	0.303	454	0.256	9006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.136	0.262	460	0.214	8762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.211	0.256	458	0.211	8485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.294	0.259	417	0.203	8128	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.388	0.245	380	0.197	7834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.388-2.494	0.251	355	0.207	7544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.615	0.225	342	0.193	7234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.757	0.237	347	0.195	6897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.923	0.241	385	0.195	6370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.923-3.125	0.241	324	0.195	6174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.125-3.375	0.204	283	0.2	5592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.375-3.696	0.228	297	0.198	5220	X-RAY DIFFRACTION	99.9819
3.696-4.131	0.196	237	0.175	4712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.131-4.767	0.164	253	0.151	4128	X-RAY DIFFRACTION	100
4.767-5.831	0.204	195	0.172	3506	X-RAY DIFFRACTION	100
5.831-8.217	0.236	119	0.201	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.9302
8.217-59.1	0.182	86	0.17	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.7515

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7009	-0.297	-0.5488	0.3391	0.4392	0.8604	-0.0655	-0.0912	-0.0349	0.1287	0.01	0.0782	0.1208	-0.0485	0.0555	0.0707	0.0284	0.0426	0.09	0.0183	0.0275	-49.7402	26.446	15.5462
2	1.1305	-0.0303	-0.8297	0.0451	0.0134	0.9213	0.0334	-0.143	-0.0035	0.0458	-0.0105	0.0318	-0.0406	-0.0233	-0.0229	0.1019	0.0195	0.0084	0.1293	-0.0135	0.0376	-35.0896	34.2074	21.9851
3	0.4262	-0.2399	-0.8066	0.1877	0.4977	1.722	0.0037	-0.0133	-0.0246	-0.1025	0.0632	-0.0175	0.0106	0.2324	-0.0669	0.2747	0.0342	0.0361	0.3005	-0.0548	0.1211	-14.0605	15.081	-38.0263
4	0.7547	-0.396	-0.6994	0.3839	0.3936	1.1354	-0.023	0.1251	-0.0922	-0.0612	-0.0255	-0.0083	0.0945	-0.0518	0.0486	0.0558	0.0145	0.0264	0.0992	-0.0191	0.0336	-55.013	29.3966	-7.4706
5	0.4198	-0.6471	-0.5654	1.1926	0.8769	1.0978	0.0551	0.0569	-0.0108	-0.1692	-0.0276	-0.0151	-0.051	0.0234	-0.0275	0.0885	0.0207	0.0218	0.1359	0.0228	0.0375	-55.4041	45.6033	-14.2968
6	0.2862	-0.0923	-0.6178	0.0764	0.2312	1.4959	0.0578	-0.0663	0.0068	0.0634	-0.0246	0.0366	-0.1425	-0.0639	-0.0333	0.2168	0.0089	0.0607	0.2859	0.0006	0.0945	-82.3003	54.9402	45.7855

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)