PDB-9ccr: Crystal structure of the EspE7 thioesterase mutant R35A from the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ccr

タイトル

Crystal structure of the EspE7 thioesterase mutant R35A from the esperamicin biosynthetic pathway at 1.6 A

要素

Thioesterase

キーワード

HYDROLASE / thioesterase / hot-dog / enediyne biosynthetic pathway / esperamicin biosynthesis / Natural product biosynthesis

機能・相同性

Thioesterase-like superfamily / HotDog domain superfamily / DODECYL-COA / : / Thioesterase

機能・相同性情報

生物種

Actinomadura verrucosospora (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Miller, M.D. / Hankore, E.D. / Xu, W. / Kosgei, A.J. / Bhardwaj, M. / Thorson, J.S. / Van Lanen, S.G. / Phillips Jr., G.N.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM115261	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01-CA217255	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	STC-1231306	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional and structural studies on the esperamicin thioesterase and progress toward understanding enediyne core biosynthesis
著者: Hankore, E.D. / Miller, M.D. / Kosgei, A.J. / Xu, W. / Tan, K. / Endres, M. / Bhardwaj, M. / Joachimiak, G. / Joachimiak, A. / Phillips Jr., G.N. / Thorson, J.S. / Van Lanen, S.G.

履歴

登録	2024年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ccr.cif.gz	432.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ccr.ent.gz	296.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ccr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9ccr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/9ccr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vpj
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thioesterase

B: Thioesterase

C: Thioesterase

D: Thioesterase

ヘテロ分子

84.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.769, 90.055, 95.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Thioesterase 分子量: 20232.805 Da / 分子数: 4 / 変異: E35A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon optimized synthetic gene 由来: (組換発現) Actinomadura verrucosospora (バクテリア) 遺伝子: EspE7 / プラスミド: EspE7_pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCG5
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-DCC / DODECYL-COA 分子量: 949.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₅₈N₇O₁₇P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% glycerol, 1.5 M sodium chloride, 5 mM Tris, pH 8, and 3 % ethanol, Additive: 0.2 M non-detergent sulfobetaine (NDSB-201)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.57→65.59 Å / Num. obs: 88647 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.14 Å²
Data reduction details: Data were integrated, scaled and merged with the Dials software package using the xia2 pipeline
CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 601685

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
4.26-65.65	6.71	0.032	32034	4774	0.999	0.013	0.034	59.4	99.3
3.38-4.26	7.31	0.035	33483	4583	0.999	0.014	0.038	53.1	100
2.95-3.38	7.51	0.046	34030	4532	0.999	0.018	0.05	34.5	99.9
2.68-2.95	6.37	0.063	28598	4490	0.997	0.027	0.069	21.6	99.4
2.49-2.68	7.02	0.082	31519	4491	0.996	0.033	0.089	15.8	99.6
2.35-2.49	7.21	0.108	32221	4468	0.994	0.043	0.117	11.5	99.8
2.23-2.35	7.3	0.128	32650	4473	0.992	0.051	0.138	9.6	100
2.13-2.23	7.41	0.154	33143	4472	0.989	0.06	0.165	7.5	100
2.05-2.13	7.36	0.199	32642	4438	0.978	0.079	0.214	5.4	100
1.98-2.05	6.2	0.228	27706	4466	0.973	0.098	0.249	4	99.8
1.92-1.98	6.61	0.291	29157	4409	0.964	0.121	0.316	3.1	99.4
1.86-1.92	6.77	0.402	30270	4470	0.939	0.165	0.435	2.2	99.6
1.81-1.86	6.86	0.515	30134	4391	0.918	0.21	0.557	1.6	99.7
1.77-1.81	7.04	0.659	31188	4432	0.903	0.266	0.711	1.3	99.7
1.73-1.77	7.26	0.886	32051	4416	0.826	0.351	0.954	0.9	99.7
1.69-1.73	7.22	1.057	32001	4435	0.785	0.421	1.139	0.7	99.9
1.66-1.69	7.11	1.331	31377	4413	0.706	0.535	1.437	0.6	99.9
1.63-1.66	6.31	1.582	27884	4420	0.673	0.675	1.724	0.4	99.2
1.6-1.63	5.17	1.816	21590	4177	0.464	0.862	2.021	0.3	94.8
1.57-1.6	4.62	2.016	18007	3897	0.377	1.02	2.275	0.3	89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHASER	2.8.3	位相決定
DIALS	2.2.10-g6dafd9427-release	データスケーリング
DIALS	2.2.10-g6dafd9427-release	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→65.59 Å / SU ML: 0.2779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.2272
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: 1. Hydrogen atoms have been modeled in their riding positions. 2. Mass spectrometry of purified protein shows that Palmitoyl-CoA copurifies with the EspE7-R35A protein during purification ...詳細: 1. Hydrogen atoms have been modeled in their riding positions. 2. Mass spectrometry of purified protein shows that Palmitoyl-CoA copurifies with the EspE7-R35A protein during purification when expressed in E.coli. The CoA adduct seen in the electron density maps is disordered to varying degrees in the different pockets in the asymmetric unit. In one pocket, most of the Palmitoyl-CoA can be built with the Adenosine positioned in a less common position relative to other homologs with CoA adducts bound. This is likely due to packing constraints. In some symmetry copies, there is considerable disorder of the region beyond the diphosphate and the Adenosine was left unmodeled with some difference peaks that likely represent its multiple positions. Along the fatty acid chain, the density gets weaker as one goes further from the CoA and deeper into the binding pocket. Most chains have good density to around the C8-C10 position with not much density beyond C12. Building full length Palmitoyl tail in the pocket results in negative difference density for the terminal atoms. There is also clear disorder for the side-chain of Met-91 with one conformer blocking longer chain fatty acids in the pocket. In the end, the ligand was modeled as dodecyl-CoA (lauryl-CoA). The presumption is that there could be a mix of fatty acid chain lengths of coA adducts bound and co-purified. 3. The metal ion near the fatty acid chain was modeled as a potassium ion. The presence of an anomalous peak similar in height to sulfur atoms suggests it is heavier than Na or Mg. The height of this anomalous peak is unchanged when the data was re-collected above and below the Zn K-edge and below the iron K-edge, suggesting that the metal must be lighter than Fe. The lack of a signal for Mn in an X-ray fluorescence emission spectra suggests it is not Mn. The two most likely candidates from the anomalous and X-ray fluorescence experiments is Calcium and Potassium - both of which would have anomalous peaks at the energies used for data collection (12000, 9709, 9609 and 7000 eV) and also emit at an energy below where the beamline setup can detect in the emission spectra. Looking at the results of the geometric and valence sum criteria when modeled as Ca and K on the check my metal server, both options had several criteria that were supportive of the assignment and some that were marginal. In the end, K was selected as being slightly more favorable but the assignment is not definitive. 4. There are a large number of residues at the N- and C-termini that cannot be built due to disorder. The C-terminal region was predicted to be disordered. An extra 10 residues from chain B can be built as they are packed against a symmetry adjacent tetramer. In chain D, density for the C-terminus packing against a neighboring tetramer is also visible, but it is not ordered enough to reliably build. The N-terminal expression and purification tag cannot be built. There are a number of un-built difference map peaks along the surface of the protein that are likely protein residues from the C-terminus or N-terminus of symmetry adjacent tetramers, but it was not possible to build and identify the register of these residues.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	4178	4.84 %
R_work	0.1775	82233	-
obs	0.1788	86411	96.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→65.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4406	0	204	237	4847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	4889
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0061	6675
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0112	882
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9939	1820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.59	0.5188	66	0.4991	1457	X-RAY DIFFRACTION	52.55
1.59-1.61	0.4753	104	0.4525	1892	X-RAY DIFFRACTION	67.21
1.61-1.63	0.4541	115	0.4412	2424	X-RAY DIFFRACTION	87.19
1.63-1.65	0.4282	155	0.4094	2730	X-RAY DIFFRACTION	96.36
1.65-1.67	0.3633	124	0.3726	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.67-1.69	0.3633	154	0.3492	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.69-1.72	0.3198	131	0.3201	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.72-1.74	0.3075	157	0.3042	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.74-1.77	0.3749	139	0.279	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.77-1.8	0.2828	136	0.2561	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.8-1.83	0.2695	136	0.2544	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.83-1.86	0.2688	151	0.2455	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.49
1.86-1.9	0.2745	137	0.2368	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.9-1.94	0.2594	135	0.2266	2829	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.94-1.98	0.2314	146	0.1942	2779	X-RAY DIFFRACTION	99.15
1.98-2.02	0.237	132	0.1789	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.02-2.07	0.2014	157	0.1633	2839	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.13	0.1795	140	0.163	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.19	0.2071	145	0.158	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.19-2.26	0.1962	159	0.1529	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.35	0.194	135	0.1579	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.35-2.44	0.1855	141	0.1658	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.55	0.2153	146	0.1724	2833	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.55-2.68	0.2146	148	0.1554	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.68-2.85	0.1967	152	0.1618	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.85-3.07	0.1779	152	0.1541	2866	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.07-3.38	0.1892	143	0.1574	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.38-3.87	0.1545	129	0.1426	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.88	0.1422	133	0.1345	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.88-65.59	0.2229	180	0.2073	3006	X-RAY DIFFRACTION	98.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.22386792969	0.974715922729	0.280676387178	4.43861576499	1.86103018305	3.12412549107	-0.147206507524	-0.0455984441131	-0.0409843089171	0.277242978782	0.0850727058108	0.234799046699	0.26401168086	-0.26761641041	0.0975641970238	0.243950155962	0.00385173823363	0.0192267780044	0.284675591479	0.0217164235597	0.229899915725	1.55377167965	7.64287817535	4.17498772946
2	1.91588307459	0.344983742465	0.242361569593	8.03125249972	0.611465707618	3.8348277106	-0.00266295886733	-0.0681784068203	-0.320589359259	0.497353296629	0.0219648055654	0.0283559601626	0.75531047618	-0.27447832319	0.0567966117236	0.36162616682	-0.0193462080855	-0.00128794094573	0.299648878886	-0.0125202991246	0.259652014202	5.11771983198	-1.94680185833	0.962727280403
3	1.87999404706	-0.273496203185	-0.102933234803	2.32988990787	0.530965233781	2.23271690793	-0.11659427187	0.146737609848	-0.282284914774	0.250075273788	0.0107984072725	0.133080873477	0.500277393408	-0.209757844297	0.0681760367028	0.308723906366	-0.0548786048392	0.0247262381169	0.296041119405	-0.00985232591168	0.281957642637	3.54939043831	-2.37542136662	-3.55524845644
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26	5.30279307002	-3.54363366261	-3.71218950261	3.89429452867	3.45076738411	3.23161845104	-0.0602433768878	1.56287781382	-0.225292262924	-1.15914274614	-0.0800160471514	0.224915633241	-1.17688028065	-0.0625338748249	0.0190093260979	0.396119761767	-0.0807786192288	-0.0191539809166	0.470879425996	-0.0153276638343	0.430138215624	19.1219076165	26.6067081064	-16.6196798934

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 23 )	A	A	3 - 23	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 24 through 42 )	A	A	24 - 42	22 - 40
3	3	chain 'A' and (resid 43 through 103 )	A	A	43 - 103	41 - 101
4	4	chain 'A' and (resid 104 through 141 )	A	A	104 - 141	102 - 135
5	5	chain 'B' and (resid 3 through 23 )	B	D	3 - 23	1 - 21
6	6	chain 'B' and (resid 24 through 53 )	B	D	24 - 53	22 - 51
7	7	chain 'B' and (resid 54 through 103 )	B	D	54 - 103	52 - 101
8	8	chain 'B' and (resid 104 through 129 )	B	D	104 - 129	102 - 127
9	9	chain 'B' and (resid 130 through 150 )	B	D	130 - 150	128 - 148
10	10	chain 'C' and (resid 3 through 10 )	C	G	3 - 10	1 - 8
11	11	chain 'C' and (resid 11 through 23 )	C	G	11 - 23	9 - 21
12	12	chain 'C' and (resid 24 through 42 )	C	G	24 - 42	22 - 40
13	13	chain 'C' and (resid 43 through 53 )	C	G	43 - 53	41 - 51
14	14	chain 'C' and (resid 54 through 65 )	C	G	54 - 65	52 - 63
15	15	chain 'C' and (resid 66 through 84 )	C	G	66 - 84	64 - 82
16	16	chain 'C' and (resid 85 through 103 )	C	G	85 - 103	83 - 101
17	17	chain 'C' and (resid 104 through 119 )	C	G	104 - 119	102 - 117
18	18	chain 'C' and (resid 120 through 129 )	C	G	120 - 129	118 - 127
19	19	chain 'C' and (resid 130 through 141 )	C	G	130 - 141	128 - 139
20	20	chain 'D' and (resid 1 through 23 )	D	J	1 - 23	1 - 23
21	21	chain 'D' and (resid 24 through 42 )	D	J	24 - 42	24 - 42
22	22	chain 'D' and (resid 43 through 53 )	D	J	43 - 53	43 - 53
23	23	chain 'D' and (resid 54 through 84 )	D	J	54 - 84	54 - 84
24	24	chain 'D' and (resid 85 through 103 )	D	J	85 - 103	85 - 101
25	25	chain 'D' and (resid 104 through 129 )	D	J	104 - 129	102 - 127
26	26	chain 'D' and (resid 130 through 142 )	D	J	130 - 142	128 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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