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万見
- PDB-9cc9: Dodecameric state of the NRC4 resistosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cc9
タイトルDodecameric state of the NRC4 resistosome
要素NLR-required for cell death 4
キーワードPLANT PROTEIN / plant resistosome
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region ...Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NLR-required for cell death 4
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Liu, F. / Yang, Z. / Nogales, E. / Staskawicz, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Activation of the helper NRC4 immune receptor forms a hexameric resistosome.
著者: Furong Liu / Zhenlin Yang / Chao Wang / Zhang You / Raoul Martin / Wenjie Qiao / Jian Huang / Pierre Jacob / Jeffery L Dangl / Jan E Carette / Sheng Luan / Eva Nogales / Brian J Staskawicz /
要旨: Innate immune responses to microbial pathogens are regulated by intracellular receptors known as nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) in both the plant and animal kingdoms. Across ...Innate immune responses to microbial pathogens are regulated by intracellular receptors known as nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) in both the plant and animal kingdoms. Across plant innate immune systems, "helper" NLRs (hNLRs) work in coordination with "sensor" NLRs (sNLRs) to modulate disease resistance signaling pathways. Activation mechanisms of hNLRs based on structures are unknown. Our research reveals that the hNLR, known as NLR required for cell death 4 (NRC4), assembles into a hexameric resistosome upon activation by the sNLR Bs2 and the pathogenic effector AvrBs2. This conformational change triggers immune responses by facilitating the influx of calcium ions (Ca) into the cytosol. The activation mimic alleles of NRC2, NRC3, or NRC4 alone did not induce Ca influx and cell death in animal cells, suggesting that unknown plant-specific factors regulate NRCs' activation in plants. These findings significantly advance our understanding of the regulatory mechanisms governing plant immune responses.
履歴
登録2024年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NLR-required for cell death 4
B: NLR-required for cell death 4
C: NLR-required for cell death 4
D: NLR-required for cell death 4
E: NLR-required for cell death 4
F: NLR-required for cell death 4
G: NLR-required for cell death 4
H: NLR-required for cell death 4
I: NLR-required for cell death 4
J: NLR-required for cell death 4
K: NLR-required for cell death 4
L: NLR-required for cell death 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,206,98324
ポリマ－1,200,89612
非ポリマー6,08612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
NLR-required for cell death 4


分子量: 100074.695 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A5J6DCT7
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dodecameric state of the NRC4 resistosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28066 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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