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- EMDB-45437: Hexameric state of the NRC4 resistosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45437
タイトルHexameric state of the NRC4 resistosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric state of the NRC4 resistosome
    • タンパク質・ペプチド: NLR-required for cell death 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードplant resistosome / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region ...Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR-required for cell death 4
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Liu F / Yang Z / Nogales E / Staskawicz BJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Activation of the helper NRC4 immune receptor forms a hexameric resistosome.
著者: Furong Liu / Zhenlin Yang / Chao Wang / Zhang You / Raoul Martin / Wenjie Qiao / Jian Huang / Pierre Jacob / Jeffery L Dangl / Jan E Carette / Sheng Luan / Eva Nogales / Brian J Staskawicz /
要旨: Innate immune responses to microbial pathogens are regulated by intracellular receptors known as nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) in both the plant and animal kingdoms. Across ...Innate immune responses to microbial pathogens are regulated by intracellular receptors known as nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors (NLRs) in both the plant and animal kingdoms. Across plant innate immune systems, "helper" NLRs (hNLRs) work in coordination with "sensor" NLRs (sNLRs) to modulate disease resistance signaling pathways. Activation mechanisms of hNLRs based on structures are unknown. Our research reveals that the hNLR, known as NLR required for cell death 4 (NRC4), assembles into a hexameric resistosome upon activation by the sNLR Bs2 and the pathogenic effector AvrBs2. This conformational change triggers immune responses by facilitating the influx of calcium ions (Ca) into the cytosol. The activation mimic alleles of NRC2, NRC3, or NRC4 alone did not induce Ca influx and cell death in animal cells, suggesting that unknown plant-specific factors regulate NRCs' activation in plants. These findings significantly advance our understanding of the regulatory mechanisms governing plant immune responses.
履歴
登録2024年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月18日-
現状2024年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45437.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 204.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 377 pix.
= 377. Å		1 Å/pix.
x 377 pix.
= 377. Å		1 Å/pix.
x 377 pix.
= 377. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05
最小 - 最大-0.64844704 - 20.767088000000001
平均 (標準偏差)0.0102437055 (±0.5847161)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ377377377
Spacing377377377
セルA=B=C: 377.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric state of the NRC4 resistosome

全体名称: Hexameric state of the NRC4 resistosome
要素
  • 複合体: Hexameric state of the NRC4 resistosome
    • タンパク質・ペプチド: NLR-required for cell death 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Hexameric state of the NRC4 resistosome

超分子名称: Hexameric state of the NRC4 resistosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)

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分子 #1: NLR-required for cell death 4

分子名称: NLR-required for cell death 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 100.074695 KDa
配列文字列: MADAVVNFEV ENLLQLLTDN VKLIGSAKGE LENLLKEVQH LKGFLDDAAK LPSDSEQWKV LVEEIQKTVH TAEDAVDKFV VQAKLHKEK NKMARILDVG HLATVRNLAA EVKGIHDQVK ELRLNNQALQ ARPTLELPKK GSSETTQQGP ALEDDEVVGF D EEANKVIN ...文字列:
MADAVVNFEV ENLLQLLTDN VKLIGSAKGE LENLLKEVQH LKGFLDDAAK LPSDSEQWKV LVEEIQKTVH TAEDAVDKFV VQAKLHKEK NKMARILDVG HLATVRNLAA EVKGIHDQVK ELRLNNQALQ ARPTLELPKK GSSETTQQGP ALEDDEVVGF D EEANKVIN RLVKESKDLD IIPVVGMPGL GKTTLARKIY KDPKLSYEFF GVHWVYVGQS YKIKDVFLNI LKFFTRRTED YQ HEDVDAL AKVIAGFINK GGRCLICLDD VWETKVIDYV KTIFPENEKG HRVMMTTRNK VLATYANSDP HDLKFLTPKE SFE LLVKRV FGKKPCPKDL VGHGESIAGK CGGVPLAVVV IAGALRGRPN TSDWIRVERN VVQHLYTNSE ESCLKFVEMS YDHL PQEVQ TCFLYCGVFP RGFDIPSWKV IRLWIAEGLI KPQESYTLEE IAEFYLNDLV NRNLVILQQK RSDGQIKTCR LHVML HQFC KKEASNKWLF QEVSLTPDQA IPIEDPNKSR RLCIQPSNLK DFLSKKPSAE HVRSFYCFSS KEKQIRGLTP NDIKLI HKA FPLVRVLDVE SLKFLFSKDF NQLFHLRYIA ISGDFNAIPL TFGKFWNLQT LILNTSTSES TLDVKADIWN MLQLRHL HT NIPAKLQPPT ATTSGKASCL QTLCMVAPES CEKEVLAKAC HLKKLSIRGQ MAAFLGAYKG GINNLVELKC LEQLKLLN D VLYMNKAPHL PQTFSQLVRT VKKLTLTNTR FAWSEADKLG QLESLEILKF KENAFAGDSW KPKMGFSALR VLWIERAEF ETWEASEINF PVLRNLVLMS CDKLETVPFE LANLSDLYEM RLENTSKAVK SAKAILESKT DKNIKFNLTI FPPEAGSKAT Q

UniProtKB: NLR-required for cell death 4

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80368
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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