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万見
- PDB-9cc6: De novo design of high-affinity protein binders to RNA binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cc6
タイトルDe novo design of high-affinity protein binders to RNA binding domain of G3bp1
要素
  • G3bp1 Binder
  • Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードDE NOVO PROTEIN / protein design / diffusion / deep learning / binders / IDP / IDR / phase separation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity / perikaryon ...DNA/RNA helicase activity / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / endonuclease activity / perikaryon / DNA helicase / defense response to virus / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bera, A.K. / Liu, C. / Kang, A. / Baker, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Diffusing protein binders to intrinsically disordered proteins.
著者: Liu, C. / Wu, K. / Choi, H. / Han, H.L. / Zhang, X. / Watson, J.L. / Ahn, G. / Zhang, J.Z. / Shijo, S. / Good, L.L. / Fischer, C.M. / Bera, A.K. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Coventry, B. ...著者: Liu, C. / Wu, K. / Choi, H. / Han, H.L. / Zhang, X. / Watson, J.L. / Ahn, G. / Zhang, J.Z. / Shijo, S. / Good, L.L. / Fischer, C.M. / Bera, A.K. / Kang, A. / Brackenbrough, E. / Coventry, B. / Hick, D.R. / Qamar, S. / Li, X. / Decarreau, J. / Gerben, S.R. / Yang, W. / Goreshnik, I. / Vafeados, D. / Wang, X. / Lamb, M. / Murray, A. / Kenny, S. / Bauer, M.S. / Hoofnagle, A.N. / Zhu, P. / Knowles, T.P.J. / Baker, D.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G3bp1 Binder
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6322
ポリマ－18,6322
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.426, 42.382, 40.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 G3bp1 Binder


分子量: 17317.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 1314.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, and 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.02 Å / Num. obs: 4698 / % possible obs: 93.38 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 38.45 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.623 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 410 / CC1/2: 0.965 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→37.02 Å / SU ML: 0.3335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.4641
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2575 482 10.26 %
Rwork0.221 4216 -
obs0.2251 4698 93.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 0 7 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00321206
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56871636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4356481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.36321540.28351330X-RAY DIFFRACTION89.24
2.48-3.460.29941620.23581431X-RAY DIFFRACTION95.91
3.46-37.020.21561660.19751455X-RAY DIFFRACTION95.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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