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- PDB-9cbk: Crystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 6 in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbk
タイトルCrystal Structure of Danio rerio Histone Deacetylase 6 in Complex with p-Aminomethyl Phenylthioketone
要素Hdac6 protein
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Hydrolase / histone deacetylase / inhibitor / metallohydrolase / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / regulation of biological quality / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / swimming behavior / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding ...negative regulation of cellular component organization / positive regulation of cellular component organization / regulation of biological quality / tubulin deacetylase activity / mitochondrion localization / swimming behavior / definitive hemopoiesis / regulation of microtubule-based process / protein lysine deacetylase activity / potassium ion binding / response to stress / hematopoietic progenitor cell differentiation / transferase activity / actin binding / chromatin organization / angiogenesis / perikaryon / axon / dendrite / centrosome / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Goulart Stollmaier, J. / Watson, P.R. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Design, Synthesis, and Structural Evaluation of Acetylated Phenylthioketone Inhibitors of HDAC10.
著者: Goulart Stollmaier, J. / Watson, P.R. / Christianson, D.W.
履歴
登録2024年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hdac6 protein
B: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,46914
ポリマ－80,5712
非ポリマー89812
水9,998555
1
A: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7347
ポリマ－40,2851
非ポリマー4496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hdac6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7347
ポリマ－40,2851
非ポリマー4496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.701, 91.481, 96.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hdac6 protein / Histone Deacetylase 6


分子量: 40285.484 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YT55

-
非ポリマー , 5種, 567分子

#2: 化合物 ChemComp-A1AVM / 1-[4-(aminomethyl)phenyl]-2-sulfanylethan-1-one


分子量: 181.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.81 % / 解説: Single sheet/plate shaped
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10 mg/mL HDAC6, 2 mM inhibitor, 0.2 M DL-malic acid (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月10日
詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→96.37 Å / Num. obs: 114552 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 10.37 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5600 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.329 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
iMOSFLM7.4.0データ削減
Aimless0.7.13データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→48.19 Å / SU ML: 0.1592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.1119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 2008 1.76 %
Rwork0.1776 216334 -
obs0.1778 114335 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5490 0 46 555 6091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00775709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94617756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0837850
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01091015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.20622038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.480.31491500.31357689X-RAY DIFFRACTION98.77
1.48-1.50.33411420.29927638X-RAY DIFFRACTION99.16
1.5-1.520.2971310.28367718X-RAY DIFFRACTION99.73
1.52-1.540.29841350.27827752X-RAY DIFFRACTION99.7
1.54-1.560.27331400.26327718X-RAY DIFFRACTION99.77
1.56-1.580.36131260.25787715X-RAY DIFFRACTION99.81
1.58-1.610.23871380.24867688X-RAY DIFFRACTION99.76
1.61-1.640.25281570.24667818X-RAY DIFFRACTION99.81
1.64-1.660.27221180.23377717X-RAY DIFFRACTION99.83
1.66-1.690.2381550.22567788X-RAY DIFFRACTION99.86
1.69-1.730.21451350.21397646X-RAY DIFFRACTION99.77
1.73-1.760.19661300.19637725X-RAY DIFFRACTION99.78
1.76-1.80.18971390.1847711X-RAY DIFFRACTION99.83
1.8-1.840.18471440.17997720X-RAY DIFFRACTION99.87
1.84-1.890.20031480.17367724X-RAY DIFFRACTION99.75
1.89-1.940.20991230.17017757X-RAY DIFFRACTION99.77
1.94-20.18221380.17227752X-RAY DIFFRACTION99.95
2-2.060.2141390.1567730X-RAY DIFFRACTION99.9
2.06-2.130.14831350.15147783X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.220.17271360.1467703X-RAY DIFFRACTION99.91
2.22-2.320.15121460.15417703X-RAY DIFFRACTION99.85
2.32-2.440.16751240.15097753X-RAY DIFFRACTION99.91
2.44-2.60.16921400.15997738X-RAY DIFFRACTION99.87
2.6-2.80.2261460.16027708X-RAY DIFFRACTION99.85
2.8-3.080.20971280.16477744X-RAY DIFFRACTION99.91
3.08-3.520.16471370.15787745X-RAY DIFFRACTION99.9
3.52-4.440.13921370.13497753X-RAY DIFFRACTION99.92
4.44-48.190.14681480.15037698X-RAY DIFFRACTION99.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0591577872839-0.09328866743840.01057604799370.105993673013-0.0145652945940.0159390158517-0.001815844339070.0953473430888-0.04725760999470.001591476402960.005191155050090.0437399332680.0176722941164-0.0564332994522-0.001813967759410.0737491352636-0.0158509620365-0.003070181887850.0941145818275-0.006971282835990.09071750643-29.6400038653-9.01143736724-6.90275056444
20.212935732721-0.02081754416940.002564597151820.1771874710470.1058767698970.07503323753130.01231362538920.0374687261091-0.1014910610910.0167106252309-0.008185577832760.006208770366130.05752806176460.00694638459540.003064772758770.1083645048920.006792075623530.004178500835270.0785291032810.006370879477380.122845190488-21.1092062657-15.99358143560.98697345611
30.316977379233-0.07539989605390.183178612210.26374497784-0.1040825127650.289620027921-0.0378740756821-0.009202487342180.003736070189350.05110345654090.0141917069087-0.0390348549086-0.0281635945220.01038833648475.64914428117E-100.05773657182150.00156340428035-0.003746502910970.0597403496265-0.0007181041638650.0588129704107-16.49074753521.247304196094.48907144763
40.122364401647-0.1196424953230.06544443302470.177528138563-0.1588079004030.165414119562-0.04162865158930.03166100592150.05850288165810.02802490241340.0122596239871-0.02106378619-0.0756516869597-0.021485112286-0.0179785505540.08851759709-0.000827296031456-0.008593633664260.07448720233960.002359615297040.0858612065945-20.021767351711.167006304-1.33557642834
50.05875599299150.07350994348970.02482900363030.07248067049350.006370383580120.03705566168980.0125964819607-0.01315829707690.03341736203870.01487966438740.0221516323951-0.06167001708290.01529584678810.002657115621140.001789164262120.07803651100390.006937609062290.005605093417190.07456884740890.003326517046760.0914406788355-45.8611410094-11.7380915543-17.6127390301
60.1578888886350.00422623887809-0.05971398328230.180008717882-0.005228584529980.0695121699856-0.00626751065373-0.0269876460977-0.0445869465520.016338399977-0.01033933520430.001641252062910.0358027951650.00129545639588-0.02131575169390.0690025561171-0.009911291385530.006788768511870.0713951130354-0.008290211924870.0721986967351-52.9762781986-13.237235755-20.0397738273
70.02676070203790.0362641130486-0.02568053540410.0422940606066-0.01831699891110.0151590098669-0.0276889510026-0.01825023233510.0115125678487-0.004663390718270.01579596936870.02894197723910.01789150665970.02367656458890.0002328372059540.0699405653962-0.003004453932350.003663476916540.0870396315987-0.004131409345740.0817210830187-57.9247219559-4.85872845725-18.8621568529
80.2099226049590.06189092408030.1614088714490.2166148562090.1599347214450.386667504902-0.06760534963330.0291673956870.0368149358222-0.07306644255710.02050978901280.0403897953382-0.0776522387515-0.0237945591875-0.05106675124870.0793022786033-0.00604937316842-0.01419751306530.06699953813170.001711669053970.0682993547293-58.1209256073.71861513455-29.3264648411
90.07274787292610.03378036593590.0528706939080.03200623860070.03529798296070.126647874347-0.0238543615783-0.004720135476790.03400280312240.0101053092873-0.00589296600380.0134309524108-0.05400746096110.00913447535887-0.01742637510310.0789117943748-0.00764170524716-0.003397459464090.0680033382793-0.01063808168340.0804987982859-51.67332794088.91782696489-15.9052009659
100.05529071172390.0188834561856-0.01728886998150.0477688715301-0.00755157230370.00344689277549-0.09753502345410.02086422398530.0812202597666-0.108271403973-0.0572985250958-0.00877842544181-0.184276421337-0.0327309478597-0.2133158772890.277536482945-0.00559701447447-0.134576315703-0.0900705633460.1436896590320.124555137013-61.439834734916.8260638052-35.4972696562
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 442 through 479 )AA442 - 4791 - 38
22chain 'A' and (resid 480 through 537 )AA480 - 53739 - 96
33chain 'A' and (resid 538 through 718 )AA538 - 71897 - 277
44chain 'A' and (resid 719 through 798 )AA719 - 798278 - 357
55chain 'B' and (resid 442 through 466 )BE442 - 4661 - 25
66chain 'B' and (resid 467 through 557 )BE467 - 55726 - 116
77chain 'B' and (resid 558 through 577 )BE558 - 577117 - 136
88chain 'B' and (resid 578 through 718 )BE578 - 718137 - 277
99chain 'B' and (resid 719 through 776 )BE719 - 776278 - 335
1010chain 'B' and (resid 777 through 797 )BE777 - 797336 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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