[日本語] English
万見
- PDB-9cay: Ternary structure of Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymer... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cay
タイトルTernary structure of Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase (exo-minus)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*A)-3')
  • Plastid replication-repair enzyme
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / : / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Plastid replication-repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Lo, C.-Y. / Gao, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142722 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structures of the Plasmodium falciparum Apicoplast DNA Polymerase.
著者: Chen-Yu Lo / Adron R Ung / Tirthankar Koley / Scott W Nelson / Yang Gao /
要旨: The apicoplast DNA polymerase (apPol) from Plasmodium falciparum is essential for the parasite's survival, making it a prime target for antimalarial therapies. Here, we present cryo-electron ...The apicoplast DNA polymerase (apPol) from Plasmodium falciparum is essential for the parasite's survival, making it a prime target for antimalarial therapies. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the apPol in complex with DNA and incoming nucleotide, offering insights into its molecular mechanisms. Our structural analysis reveals that apPol contains critical residues for high-fidelity DNA synthesis, but lacks certain structural elements to confer processive DNA synthesis during replication, suggesting the presence of additional accessory factors. The enzyme exhibits large-scale conformational changes upon DNA and nucleotide binding, particularly within the fingers and thumb subdomains. These movements reveal potential allosteric sites that could serve as targets for drug design. Our findings provide a foundation for advancing the understanding of apPol's unique functional mechanisms and potentially offering new avenues for the development of novel inhibitors and therapeutic interventions against malaria.
履歴
登録2024年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*A)-3')
A: Plastid replication-repair enzyme
F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5975
ポリマ－89,0663
非ポリマー5312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 8864.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Plastid replication-repair enzyme


分子量: 74002.891 Da / 分子数: 1 / Mutation: D82N, E84Q / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILY1, DNA-directed DNA polymerase
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')


分子量: 6198.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase ternary complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 49 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101542 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る