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万見
- EMDB-46821: Structure of Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46821
タイトルStructure of Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase in complex with DNA (exo-minus)
マップデータ
試料
  • 複合体: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex
    • タンパク質・ペプチド: Plastid replication-repair enzyme
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
キーワードDNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / : / DNA helicase activity / 3'-5' exonuclease activity / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A ...AAA domain / Twinkle-like protein / Archaeal primase DnaG/twinkle-like, TOPRIM domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Plastid replication-repair enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Lo C-Y / Gao Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142722 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structures of the Plasmodium falciparum Apicoplast DNA Polymerase.
著者: Chen-Yu Lo / Adron R Ung / Tirthankar Koley / Scott W Nelson / Yang Gao /
要旨: The apicoplast DNA polymerase (apPol) from Plasmodium falciparum is essential for the parasite's survival, making it a prime target for antimalarial therapies. Here, we present cryo-electron ...The apicoplast DNA polymerase (apPol) from Plasmodium falciparum is essential for the parasite's survival, making it a prime target for antimalarial therapies. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the apPol in complex with DNA and incoming nucleotide, offering insights into its molecular mechanisms. Our structural analysis reveals that apPol contains critical residues for high-fidelity DNA synthesis, but lacks certain structural elements to confer processive DNA synthesis during replication, suggesting the presence of additional accessory factors. The enzyme exhibits large-scale conformational changes upon DNA and nucleotide binding, particularly within the fingers and thumb subdomains. These movements reveal potential allosteric sites that could serve as targets for drug design. Our findings provide a foundation for advancing the understanding of apPol's unique functional mechanisms and potentially offering new avenues for the development of novel inhibitors and therapeutic interventions against malaria.
履歴
登録2024年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.992 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.992 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.992 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.29819995 - 0.6592515
平均 (標準偏差)0.0005698593 (±0.022838319)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46821_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46821_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex

全体名称: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex
要素
  • 複合体: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex
    • タンパク質・ペプチド: Plastid replication-repair enzyme
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')

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超分子 #1: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex

超分子名称: Plasmodium falciparum apicoplast DNA polymerase-DNA binary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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分子 #1: Plastid replication-repair enzyme

分子名称: Plastid replication-repair enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量理論値: 74.002891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: DEITKKYIKD NIINVDDNII KKKDIFKLKN ENNEITECAF EYFESKKKFD DDIESRFFII NDNNYNENIN LIYKDIKYCG LNIQTTGLE VFDENIRLIQ IAVENYPVII YDMFNINKKD ILDGLRKVLE NKNIIKIIQN GKFDAKFLLH NNFKIENIFD T YIASKLLD ...文字列:
DEITKKYIKD NIINVDDNII KKKDIFKLKN ENNEITECAF EYFESKKKFD DDIESRFFII NDNNYNENIN LIYKDIKYCG LNIQTTGLE VFDENIRLIQ IAVENYPVII YDMFNINKKD ILDGLRKVLE NKNIIKIIQN GKFDAKFLLH NNFKIENIFD T YIASKLLD KNKNMYGFKL NNIVEKYLNV ILDKQQQNSV WNNSLLNNNQ LFYAARDSSC LLKLYKKLKE EIKKENLHIV ND IENKCIL PICDMELNGI KVDLENLQKS TNEILNELNI EKDNLKKKLK DENINVNSQQ QVLKALQKNN VRDISNKLIE NTS DSNLKN FLNHEEIISL RNYRRLYKLY SAFYLKLPLH INTKTNKIHT TFNQLKTFSG RFSSEKPNLQ QIPRQKNIRE IFIP NDNNI FIIADFKQIE LKIAAEITND EIMLKAYNNN IDLHTLTASI ITKKNIPDIN KEDRHIAKAI NFGLIYGMNY VNLKN YANT YYGLNMSLDQ CLYFYNSFFE HYKGIYKWHN QVKQKRALQY STLSNRKVIF PYFSFTKALN YPVQGTCADI LKLALV DLY DNLKDINGKI ILCVHDEIII EVNKKFQEEA LKILVQSMEN SASYFLKKVK CEVSVKIAEN WGSKD

UniProtKB: Plastid replication-repair enzyme

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分子 #2: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP...

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.864712 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)

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分子 #3: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*(2DA))-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.158002 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (2DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7sxq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270582
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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