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- PDB-9c9r: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c9r
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like domain, F1090C/G1326S variant
要素non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSFERASE / GCN2 Integrative stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Bahmanjah, S. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Gcn2 structurally mimics and functionally repurposes the HisRS enzyme for the integrated stress response.
著者: Bou-Nader, C. / Gaikwad, S. / Bahmanjah, S. / Zhang, F. / Hinnebusch, A.G. / Zhang, J.
履歴
登録2024年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: non-specific serine/threonine protein kinase
B: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4382
ポリマ－108,4382
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area39050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.111, 52.714, 136.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.272, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 54218.883 Da / 分子数: 2 / 変異: F1090C, G1326S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0028700 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 株 (発現宿主): Arctic
参照: UniProt: G0S7T0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 15% v/v ethylene glycol and 10% v/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.316→45.71 Å / Num. obs: 95403 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 49.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.41
反射 シェル解像度: 2.316→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 49637 / CC1/2: 0.805

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→45.71 Å / SU ML: 0.3671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5639
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3805 3.99 %
Rwork0.1986 91598 -
obs0.2006 95403 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→45.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7045 0 0 153 7198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00727228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86779816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04891104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00821267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.72692613
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.350.33141340.35193371X-RAY DIFFRACTION98.23
2.35-2.380.37661620.33843378X-RAY DIFFRACTION98.31
2.38-2.410.32361500.32153313X-RAY DIFFRACTION97.77
2.41-2.450.35041330.30123365X-RAY DIFFRACTION98.56
2.45-2.480.33331280.30643398X-RAY DIFFRACTION98.11
2.48-2.520.31481450.29763327X-RAY DIFFRACTION97.61
2.52-2.560.37081280.30623363X-RAY DIFFRACTION98.62
2.56-2.610.31161330.28773335X-RAY DIFFRACTION98.3
2.61-2.660.3711600.28143427X-RAY DIFFRACTION98.03
2.66-2.710.36911270.27983314X-RAY DIFFRACTION98.23
2.71-2.760.35681490.28053391X-RAY DIFFRACTION98.69
2.76-2.820.35231310.26853389X-RAY DIFFRACTION98.93
2.82-2.890.34311550.24873387X-RAY DIFFRACTION99.47
2.89-2.960.29491380.24043422X-RAY DIFFRACTION99.19
2.96-3.040.25751580.23653391X-RAY DIFFRACTION99.52
3.04-3.130.3211240.25223424X-RAY DIFFRACTION99.63
3.13-3.230.27721630.22333358X-RAY DIFFRACTION99.66
3.23-3.350.22651240.20443469X-RAY DIFFRACTION99.78
3.35-3.480.24921710.19613404X-RAY DIFFRACTION99.78
3.48-3.640.25341230.193397X-RAY DIFFRACTION99.94
3.64-3.830.2441480.18633436X-RAY DIFFRACTION99.89
3.83-4.070.24141310.16963453X-RAY DIFFRACTION99.5
4.07-4.380.19051420.1433400X-RAY DIFFRACTION99.92
4.38-4.820.17821270.14173456X-RAY DIFFRACTION100
4.82-5.520.17771390.16113394X-RAY DIFFRACTION100
5.52-6.950.24211400.18273434X-RAY DIFFRACTION99.86
6.95-45.710.18841420.14033402X-RAY DIFFRACTION99.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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