PDB-9c8z: X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Eu(III)-bound LanD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c8z

タイトル

X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Eu(III)-bound LanD

要素

landiscernin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / lanthanide / europium / methanol dehydrogenase / chaperone

機能・相同性

EUROPIUM ION / Histidine kinase

機能・相同性情報

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Modulating metal-centered dimerization of a lanthanide chaperone protein for separation of light lanthanides.
著者: Larrinaga, W.B. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c8z.cif.gz	37.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c8z.ent.gz	26.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c8wC 9c8xC 9c8yC 9c90C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: landiscernin

ヘテロ分子

6.75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: landiscernin

ヘテロ分子

A: landiscernin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.334, 78.334, 78.334
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- EU
2	1	A-202- HOH
3	1	A-210- HOH

#1: タンパク質	landiscernin 分子量: 6602.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: LanD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B159
#2: 化合物	ChemComp-EU / EUROPIUM ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 25% w/v PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→31.98 Å / Num. obs: 14522 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.41→1.46 Å / Num. unique obs: 575 / CC_1/2: 0.634

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.41→31.98 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 22.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	1422	9.98 %
R_work	0.1968	-	-
obs	0.1976	14248	91.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→31.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	452	0	1	10	463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.169	213
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	75
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	93

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.46	0.2617	59	0.2552	515	X-RAY DIFFRACTION	38
1.46-1.52	0.206	131	0.2062	1237	X-RAY DIFFRACTION	88
1.52-1.59	0.2148	144	0.182	1334	X-RAY DIFFRACTION	97
1.59-1.67	0.1851	150	0.1757	1383	X-RAY DIFFRACTION	98
1.67-1.78	0.1786	155	0.1727	1353	X-RAY DIFFRACTION	98
1.78-1.91	0.1815	149	0.1689	1362	X-RAY DIFFRACTION	98
1.91-2.11	0.1672	159	0.1748	1375	X-RAY DIFFRACTION	99
2.11-2.41	0.175	152	0.1771	1407	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-3.04	0.2008	154	0.1919	1407	X-RAY DIFFRACTION	99
3.04-31.98	0.2407	169	0.2295	1453	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7738	0.7035	0.8271	0.5454	0.563	3.0894	0.0888	0.0894	-0.3255	-0.3367	0.0693	0.5269	0.3411	-0.2212	-0.1206	0.2635	-0.005	-0.115	0.1353	0.0413	0.3272	29.5737	43.6588	50.1911
2	0.9168	1.2149	0.2849	2.3259	0.682	0.2179	0.0343	-0.0298	-0.0485	-0.1931	-0.0536	0.2151	0.067	-0.3842	0.1026	0.2124	-0.0159	-0.1468	0.3372	-0.0501	0.3429	15.0744	49.4706	41.3836
3	4.169	-0.356	0.2813	1.7524	-0.1279	1.8084	0.1651	0.1091	-0.029	-0.1509	-0.0997	0.1781	0.0527	0.0037	-0.0496	0.1131	0.0102	-0.028	0.0984	0.0228	0.1109	30.0315	54.7132	46.1232
4	5.7906	-0.0186	1.0427	2.985	0.1207	3.3959	0.0944	-0.462	0.1072	0.2902	0.1552	0.2819	-0.0349	-0.4344	-0.1318	0.1864	0.0238	0.0162	0.1897	0.0577	0.1614	28.4157	52.2896	54.2223

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 91 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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