PDB-9c90: X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Ho(III)-bound LanD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c90

タイトル

X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Ho(III)-bound LanD

要素

landiscernin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / lanthanide / holmium / methanol dehydrogenase / chaperone

機能・相同性

HOLMIUM (III) ATOM / Histidine kinase

機能・相同性情報

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Modulating metal-centered dimerization of a lanthanide chaperone protein for separation of light lanthanides.
著者: Larrinaga, W.B. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c90.cif.gz	38 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c90.ent.gz	26.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c90_validation.pdf.gz	979.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c90_full_validation.pdf.gz	982.3 KB	表示
XML形式データ	9c90_validation.xml.gz	4.8 KB	表示
CIF形式データ	9c90_validation.cif.gz	5.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c8wC 9c8xC 9c8yC 9c8zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: landiscernin

ヘテロ分子

6.77 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: landiscernin

ヘテロ分子

A: landiscernin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.164, 78.164, 78.164
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- HO3
2	1	A-208- HOH

#1: タンパク質	landiscernin 分子量: 6602.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: LanD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B159
#2: 化合物	ChemComp-HO3 / HOLMIUM (III) ATOM 分子量: 164.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ho / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 50% w/v PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→39.08 Å / Num. obs: 31728 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.38→1.42 Å / Num. unique obs: 1210 / CC_1/2: 0.477

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.38→39.08 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.36 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	3150	9.93 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.2212	31728	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→39.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	452	0	1	8	461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.432	195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	72
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	91

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.38-1.4	0.3262	125	0.314	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.42	0.3454	146	0.2979	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.45	0.2935	131	0.2909	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2759	146	0.2769	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.2584	140	0.2564	1215	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.53	0.234	130	0.2569	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2227	134	0.2503	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.59	0.2448	134	0.231	1264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.63	0.233	138	0.2171	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.67	0.2317	136	0.2154	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.2096	130	0.1916	1222	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.76	0.2088	144	0.204	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.82	0.2168	130	0.1922	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.89	0.2136	140	0.2175	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.96	0.2126	140	0.2125	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.05	0.1956	143	0.191	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.16	0.1705	136	0.2082	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.29	0.2498	140	0.2078	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.47	0.1937	132	0.2012	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.72	0.213	134	0.204	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3.11	0.2246	144	0.2163	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.92	0.215	137	0.2216	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-39.08	0.2424	140	0.2415	1244	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6992	0.8994	-1.1442	2.2129	-1.2377	5.1655	0.3174	0.4756	-0.2749	-0.6468	-0.0014	0.6356	1.1114	0.2143	-0.0854	0.5286	0.041	-0.1779	0.1908	0.0445	0.4574	28.8476	43.4665	49.9585
2	3.8865	-1.1085	4.692	0.3353	-1.3822	6.0242	0.9469	-1.0667	-0.9455	-1.1754	-0.3516	1.4262	1.4311	-1.5039	-0.9703	0.4635	-0.1218	-0.3448	0.399	0.0048	0.4845	15.1715	49.3685	41.1395
3	6.7147	0.3247	-1.1165	3.1297	-0.7529	4.2979	0.2693	-0.0289	-0.1988	-0.3803	-0.1536	0.0956	0.2275	0.3003	-0.1389	0.2255	0.0343	-0.0464	0.1592	0.0248	0.1422	31.0453	54.3187	46.3025
4	8.1324	3.4582	2.4918	5.881	-0.9147	7.69	0.1201	-0.5564	0.6213	0.3977	0.1276	0.2659	-0.0805	-0.4427	-0.3061	0.2127	0.0343	0.0204	0.2276	0.0623	0.2225	28.3965	52.2927	54.117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 91 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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