PDB-9c8y: X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Ce(III)-bound LanD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c8y

タイトル

X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens Ce(III)-bound LanD

要素

landiscernin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / lanthanide / cerium / methanol dehydrogenase / chaperone

機能・相同性

CERIUM (III) ION / Histidine kinase

機能・相同性情報

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Modulating metal-centered dimerization of a lanthanide chaperone protein for separation of light lanthanides.
著者: Larrinaga, W.B. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c8y.cif.gz	38.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c8y.ent.gz	25.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c8wC 9c8xC 9c8zC 9c90C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: landiscernin

ヘテロ分子

6.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: landiscernin

ヘテロ分子

A: landiscernin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.086, 78.086, 78.086
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-101- CE
2	1	A-203- HOH
3	1	A-205- HOH
4	1	A-235- HOH

#1: タンパク質	landiscernin 分子量: 6602.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: LanD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B159
#2: 化合物	ChemComp-CE / CERIUM (III) ION 分子量: 140.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ce / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 50% w/v PEG200

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→31.88 Å / Num. obs: 14271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / Num. unique obs: 742 / CC_1/2: 0.994

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→31.88 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	704	4.93 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1906	14271	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	452	0	1	37	490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.482	187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	69
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	87

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.94	0.2652	138	0.2496	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.13	0.2422	140	0.1946	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.44	0.2423	146	0.1932	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-3.08	0.231	134	0.1954	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-31.88	0.2548	146	0.1684	2703	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8023	1.5726	-0.6693	2.6908	-2.5295	4.3916	0.1099	-0.2564	-0.6928	0.0133	0.2147	0.4424	0.038	-0.5434	-0.1984	0.1769	0.0279	-0.0491	0.3456	0.1249	0.4137	-15.4253	9.152	8.5537
2	1.1235	0.2741	-0.2929	0.0669	-0.0714	0.0763	-0.0461	-0.2535	-0.2414	0.1622	-0.0125	0.1236	0.2671	-0.0603	-0.0079	0.2859	-0.0479	0.0015	0.3628	0.2434	0.5103	-9.3609	-4.5144	17.3809
3	4.5478	-1.2203	1.0947	6.3104	-0.7423	2.5266	-0.1098	-0.3292	-0.2789	0.3278	0.2131	0.1689	-0.0928	-0.2638	-0.1714	0.106	0.0372	-0.0146	0.1407	0.0364	0.0715	-4.4996	11.397	12.3258
4	3.5463	0.2558	-0.2145	9.3163	-2.1586	4.7429	-0.0327	0.1481	-0.3316	-0.3499	0.164	-0.136	0.4684	-0.1771	-0.0239	0.1768	0.0096	-0.0277	0.1847	-0.017	0.1919	-6.4926	8.8894	4.5629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 91 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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