PDB-9c8w: X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens apo LanD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c8w

タイトル

X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens apo LanD

要素

landiscernin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / lanthanide / chaperone / methanol dehydrogenase / metal-centered dimer

機能・相同性

Histidine kinase

機能・相同性情報

生物種

Methylorubrum extorquens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Modulating metal-centered dimerization of a lanthanide chaperone protein for separation of light lanthanides.
著者: Larrinaga, W.B. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2024年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c8w.cif.gz	61.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c8w.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c8w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c8w_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c8w_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	9c8w_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	9c8w_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c8xC 9c8yC 9c8zC 9c90C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: landiscernin

B: landiscernin

13.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.776, 23.507, 76.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	landiscernin 分子量: 6602.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (バクテリア) 遺伝子: LanD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B159
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium fluoride, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→38.39 Å / Num. obs: 21758 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.29 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.4
反射シェル	解像度: 1.65→1.71 Å / Num. unique obs: 1073 / CC_1/2: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→38.39 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	1070	4.92 %
R_work	0.2119	-	-
obs	0.2141	21758	78.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	889	0	0	186	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.071	357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	134
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.73	0.3208	70	0.2535	1340	X-RAY DIFFRACTION	40
1.73-1.82	0.2941	90	0.2689	1724	X-RAY DIFFRACTION	52
1.82-1.93	0.2454	114	0.2415	2031	X-RAY DIFFRACTION	63
1.93-2.08	0.2425	136	0.2188	2660	X-RAY DIFFRACTION	80
2.08-2.29	0.2471	167	0.1987	3149	X-RAY DIFFRACTION	96
2.29-2.62	0.2806	164	0.2123	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-3.31	0.2852	176	0.2141	3276	X-RAY DIFFRACTION	99
3.31-38.39	0.2236	153	0.1988	3198	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9879	1.0901	1.2089	2.862	0.6454	2.9303	0.1082	-0.8058	-0.3196	0.8439	-0.1757	0.2818	0.45	-0.4124	-0.3292	0.4458	0.0179	0.1571	0.4828	0.178	0.3286	2.0353	0.4143	28.011
2	4.6995	2.5941	0.0261	4.5598	-0.1943	2.1033	0.0857	-0.2848	0.0325	0.1487	-0.1226	-0.162	0.0108	-0.1317	0.0454	0.062	0.0002	0.0013	0.0703	0.0301	0.0624	12.142	8.9002	12.9986
3	4.3125	1.9135	0.661	3.4339	0.0048	2.54	-0.1463	0.4225	0.0975	-0.3101	0.1256	-0.1253	-0.1605	0.0687	0.0457	0.1084	0.0091	0.0443	0.0815	0.0389	0.0664	12.4649	8.2344	2.0255
4	5.4577	1.0575	2.517	2.274	0.3569	4.3043	0.0716	0.0634	-0.0437	-0	-0.0893	-0.4193	0.2906	0.0901	-0.0881	0.0935	0.0112	0.0124	0.0721	0.028	0.1489	15.5628	1.9645	7.1547
5	6.1283	-1.4361	1.1366	3.6645	-0.0577	2.1549	-0.2917	-0.1509	-0.2231	0.2766	-0.0699	0.3752	0.0991	-0.316	0.0605	0.1373	-0.0073	0.0492	0.2347	-0.0025	0.1094	1.0329	6.2501	19.9628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 58 through 90 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 58 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 33 through 57 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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