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- PDB-9c76: LRRK2 Roc domain RP (Ras-pocket) complexed to Divarasib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c76
タイトルLRRK2 Roc domain RP (Ras-pocket) complexed to Divarasib
要素Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase / Complex / chemical biology / switch II
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb ...caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / GTP-dependent protein kinase activity / regulation of neuroblast proliferation / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / peroxidase inhibitor activity / negative regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / regulation of synaptic vesicle transport / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of lysosomal lumen pH / amphisome / co-receptor binding / mitochondrion localization / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / neuron projection arborization / regulation of cAMP/PKA signal transduction / olfactory bulb development / striatum development / multivesicular body, internal vesicle / regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to mitochondrion / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to dopamine / endoplasmic reticulum organization / positive regulation of protein autoubiquitination / Wnt signalosome / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of protein processing / GTP metabolic process / syntaxin-1 binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of GTPase activity / exploration behavior / regulation of reactive oxygen species metabolic process / lysosome organization / clathrin binding / Golgi-associated vesicle / regulation of locomotion / protein kinase A binding / phosphorylation / negative regulation of macroautophagy / PTK6 promotes HIF1A stabilization / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of mitochondrial fission / Golgi organization / intracellular distribution of mitochondria / locomotory exploration behavior / regulation of synaptic vesicle endocytosis / endoplasmic reticulum exit site / autolysosome / microvillus / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / Rho protein signal transduction / cellular response to manganese ion / canonical Wnt signaling pathway / presynaptic cytosol / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phagocytic vesicle / JNK cascade / positive regulation of autophagy / dendrite cytoplasm / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / tubulin binding / GTPase activator activity / SNARE binding / neuron projection morphogenesis / cellular response to starvation / positive regulation of protein ubiquitination / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / mitochondrion organization / trans-Golgi network / calcium-mediated signaling / mitochondrial membrane
類似検索 - 分子機能
LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type ...LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BROMIDE ION / FLUORIDE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IODIDE ION / Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, L.Y. / Guiley, K.Z. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F31NS122434 米国
Michael J. Fox Foundation17461 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LRRK2 Roc domain RP (Ras-pocket) complexed to Divarasib
著者: Zhu, L.Y. / Shokat, K.M.
履歴
登録2024年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
B: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,47613
ポリマ－42,9082
非ポリマー2,56911
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.411, 98.379, 105.203
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 29 or (resid 41...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 24 or (resid 25...
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"
d_1ens_3chain "G"
d_2ens_3chain "H"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALLYSLYSAA3 - 293 - 29
d_12ens_1THRTHRARGARGAA41 - 18741 - 187
d_21ens_1VALVALLYSLYSBB3 - 293 - 29
d_22ens_1THRTHRGLYGLYBB41 - 9741 - 97
d_23ens_1GLUGLUVALVALBB100 - 129100 - 129
d_24ens_1GLUGLUTHRTHRBB132 - 143132 - 143
d_25ens_1LEULEULEULEUBB146 - 147146 - 147
d_26ens_1PROPROARGARGBB153 - 187153 - 187
d_11ens_2GDPGDPGDPGDPCC1
d_21ens_2GDPGDPGDPGDPDD1
d_11ens_3LRJLRJLRJLRJGL1
d_21ens_3LRJLRJLRJLRJHM1

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.465516363205, 0.881275749353, 0.0815326265386), (0.877988912895, -0.471449110277, 0.082892733413), (0.111489839995, 0.0329968183455, -0.993217612388)4.30014974406, -4.5823768633, -22.2398627674
2given(0.432032194611, 0.888980504899, 0.151861268037), (0.87545780057, -0.453841115009, 0.166138140561), (0.216614455291, 0.0611711062321, -0.97433889049)4.38083380262, -3.75553967892, -20.7865631355
3given(0.534059721438, 0.825320637191, 0.183374097855), (0.836240762657, -0.483748603221, -0.258241506644), (-0.124425081108, 0.291261282544, -0.948517403363)4.54514299617, -9.56938874326, -17.2827201949

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 / Dardarin


分子量: 21453.811 Da / 分子数: 2 / 断片: Roc domain
変異: N1342A, T1343C, P1433H, W1434Y, N1437Q, K1460A, K1463A, C1465A (Uniprot numbering)
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-His-TEV protein, cleaved / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRK2, PARK8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5S007, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 7種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#6: 化合物 ChemComp-A1AWR / 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one / divarasib, bound form


分子量: 624.073 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34ClF4N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus Fusion C7: 30 mM Halides 0.12 M Monosaccharide 1 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5 30% Precipitant mix 1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.02808 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.19 Å / Num. obs: 19323 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.715 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.22 Å / SU ML: 0.3217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.163
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 1935 10.04 %
Rwork0.2268 17332 -
obs0.231 19267 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2644 0 149 96 2889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80973863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.13881029
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.37059230065
ens_2d_2CAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.401307939839
ens_3d_2MBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.49614063499
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.33291250.29111235X-RAY DIFFRACTION99.56
2.36-2.420.33381540.26941164X-RAY DIFFRACTION99.85
2.42-2.490.30781360.28611225X-RAY DIFFRACTION99.71
2.49-2.570.30921190.26351237X-RAY DIFFRACTION99.93
2.57-2.660.36581500.27911220X-RAY DIFFRACTION99.85
2.66-2.770.30061240.28611229X-RAY DIFFRACTION99.71
2.77-2.90.30171430.25271236X-RAY DIFFRACTION99.71
2.9-3.050.30041320.26351217X-RAY DIFFRACTION99.78
3.05-3.240.34581450.24811218X-RAY DIFFRACTION99.85
3.24-3.490.27491330.23641249X-RAY DIFFRACTION99.86
3.49-3.840.25461360.20391242X-RAY DIFFRACTION99.78
3.84-4.40.2241420.19061265X-RAY DIFFRACTION99.58
4.4-5.530.21351440.18071274X-RAY DIFFRACTION99.65
5.54-35.220.23771520.22011321X-RAY DIFFRACTION98.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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