PDB-9c6m: Yasminevirus c12orf29, a 5' to 3' RNA ligase, K73M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c6m

タイトル

Yasminevirus c12orf29, a 5' to 3' RNA ligase, K73M mutant

要素

RNA ligase1

キーワード

LIGASE / ATP-grasp / T-RNA

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5565 / RNA ligase 1 / RNA ligase (ATP) activity / response to reactive oxygen species / ATP binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Yasminevirus sp. GU-2018 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hu, Y. / Lopez, V.A. / Tagliabracci, V.S. / Tomchick, D.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	DP2GM137419	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1911	米国
Robert A. Welch Foundation	I-2088	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1961	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural insights into a 5' to 3' RNA ligase reveal a potential role in tRNA ligation.
著者: Hu, Y. / Lopez, V.A. / Xu, H. / Pfister, J.P. / Song, B. / Servage, K.A. / Sakurai, M. / Jones, B.T. / Mendell, J.T. / Wang, T. / Wu, J. / Lambowitz, A.M. / Tomchick, D.R. / Pawlowski, K. / Tagliabracci, V.S.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.2	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c6m.cif.gz	1004.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c6m.ent.gz	706.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9c6lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA ligase1

B: RNA ligase1

C: RNA ligase1

D: RNA ligase1

E: RNA ligase1

F: RNA ligase1

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
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1

A: RNA ligase1

B: RNA ligase1

C: RNA ligase1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: RNA ligase1

E: RNA ligase1

F: RNA ligase1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
94.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.401, 86.048, 114.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.187, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA ligase1 分子量: 30996.965 Da / 分子数: 6 / 変異: K73M / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: selenomethionine derivative 由来: (組換発現) Yasminevirus sp. GU-2018 (ウイルス) 遺伝子: YASMINEVIRUS_1364 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta D3 / 参照: UniProt: A0A5K0UB63
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.85 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris, 25% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97891 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 88037 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.09 Å² / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.805 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.52-2.56	2.7	0.753	2186	0.573	0.854	0.499	0.908	0.924	68.4
2.56-2.61	2.9	0.708	2477	0.618	0.874	0.456	0.847	0.883	77.1
2.61-2.66	3.1	0.662	2684	0.638	0.883	0.422	0.789	0.918	83.8
2.66-2.71	3.3	0.585	2835	0.756	0.928	0.363	0.692	0.901	89
2.71-2.77	3.4	0.562	3033	0.788	0.939	0.341	0.66	0.912	93
2.77-2.84	3.5	0.491	3060	0.824	0.951	0.295	0.575	0.909	96.4
2.84-2.91	3.6	0.409	3148	0.853	0.959	0.246	0.479	0.875	97.6
2.91-2.99	3.6	0.31	3112	0.906	0.975	0.187	0.364	0.84	97.2
2.99-3.08	3.9	0.279	3211	0.943	0.985	0.158	0.322	0.852	99.2
3.08-3.17	3.9	0.21	3190	0.956	0.989	0.119	0.242	0.846	99.1
3.17-3.29	3.9	0.147	3159	0.977	0.994	0.084	0.17	0.831	98.5
3.29-3.42	3.8	0.118	3185	0.978	0.994	0.068	0.137	0.793	98.8
3.42-3.58	3.7	0.085	3160	0.984	0.996	0.049	0.099	0.779	97.7
3.58-3.76	3.7	0.066	3108	0.988	0.997	0.038	0.076	0.715	97.3
3.76-4	3.9	0.057	3204	0.993	0.998	0.032	0.065	0.727	99.1
4-4.31	3.9	0.051	3222	0.99	0.997	0.028	0.058	0.772	99.2
4.31-4.74	3.7	0.045	3148	0.99	0.997	0.026	0.052	0.708	97.3
4.74-5.43	3.9	0.044	3217	0.989	0.997	0.025	0.051	0.722	98.7
5.43-6.83	3.8	0.042	3217	0.986	0.996	0.024	0.048	0.632	98.8
6.83-50	3.7	0.043	3266	0.987	0.997	0.025	0.05	0.777	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→43.7 Å / SU ML: 0.3348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	3370	3.83 %
R_work	0.1948	84667	-
obs	0.1964	88037	75.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11343	0	186	57	11586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	11788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6009	15987
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0518	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	2037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6369	4502

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.64	0.2984	48	0.2791	1147	X-RAY DIFFRACTION	24.67
2.64-2.68	0.3336	53	0.2706	1423	X-RAY DIFFRACTION	30.1
2.68-2.72	0.2693	68	0.276	1598	X-RAY DIFFRACTION	34.49
2.72-2.76	0.3046	73	0.2573	1846	X-RAY DIFFRACTION	39.48
2.76-2.81	0.3088	79	0.2664	2055	X-RAY DIFFRACTION	43.91
2.81-2.86	0.3094	94	0.2628	2311	X-RAY DIFFRACTION	48.89
2.86-2.92	0.2603	99	0.2563	2541	X-RAY DIFFRACTION	54.86
2.92-2.98	0.2922	118	0.2569	2829	X-RAY DIFFRACTION	59.55
2.98-3.04	0.2914	130	0.2668	3218	X-RAY DIFFRACTION	69.07
3.04-3.11	0.3125	142	0.2627	3570	X-RAY DIFFRACTION	76.74
3.11-3.19	0.3242	154	0.2479	3936	X-RAY DIFFRACTION	83.79
3.19-3.28	0.2907	166	0.2248	4114	X-RAY DIFFRACTION	87.72
3.28-3.37	0.2983	165	0.2218	4202	X-RAY DIFFRACTION	90.77
3.37-3.48	0.2757	175	0.2131	4412	X-RAY DIFFRACTION	93.57
3.48-3.61	0.2713	172	0.2069	4408	X-RAY DIFFRACTION	93.81
3.61-3.75	0.2934	178	0.1927	4453	X-RAY DIFFRACTION	94.96
3.75-3.92	0.2034	189	0.1758	4590	X-RAY DIFFRACTION	98.05
3.92-4.13	0.2028	179	0.1593	4611	X-RAY DIFFRACTION	98.2
4.13-4.38	0.207	186	0.1505	4608	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.38-4.72	0.188	183	0.1436	4573	X-RAY DIFFRACTION	97.04
4.72-5.2	0.1641	182	0.1526	4520	X-RAY DIFFRACTION	96.51
5.2-5.95	0.2048	181	0.1803	4614	X-RAY DIFFRACTION	98.93
5.95-7.49	0.2243	181	0.1902	4554	X-RAY DIFFRACTION	96.4
7.49-43.7	0.1887	175	0.1948	4534	X-RAY DIFFRACTION	96.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2660589816	0.537250030436	1.30209851672	3.79104790298	-1.17929202362	2.7987325575	-0.0907981399308	0.530132601706	-0.157438451473	-0.475273909065	-0.0334014166794	-0.497170741218	-0.169792177124	0.628155363094	0.0954896737044	0.263728953556	-0.117402221161	0.0574529485671	0.559964277775	0.0297859374092	0.26321569038	-25.3887313985	26.0101064858	-34.6082488856
2	2.13198454344	1.39403705991	0.108414748143	4.44833382517	-0.843981125026	5.33140715805	-0.216340605219	0.329268410253	0.453586393318	0.060170285907	0.218512165733	0.11465727359	-1.11261648004	0.351658198918	-0.00773967747814	0.371790346022	-0.0799966619324	-0.0830722263196	0.371124673101	0.108444853015	0.434930285671	-21.9801986336	37.5308796664	-15.5863285694
3	1.408565061	0.430615936434	1.48764554427	1.56705005594	1.11394139029	4.06099542029	-0.0461809964666	0.208957321411	-0.0452007917668	0.215742427517	0.211840665935	-0.469713177983	0.0433659408929	0.761940528346	-0.160916038278	0.217744058194	0.00135393038477	-0.0337825338413	0.360385717007	0.013720154689	0.298256445151	-17.5938137912	20.9721573841	-11.8992060926
4	0.477400996695	-1.40599696365	-0.850894587488	7.47388900033	-1.44996845068	6.27721195655	-0.0731870606955	0.21850851275	0.180082795101	-1.87804212096	-0.0957531255844	-0.960697989153	0.762104082753	0.714692211157	0.169066338712	0.780037392008	0.0181552674792	0.174617063183	0.825455961804	-0.0294697612718	0.392425479682	-25.5099581628	16.1131415938	-46.5966882973
5	1.86622382428	-0.0354174989927	1.26658238264	2.51030422089	1.10401015174	2.11206579393	-0.115578516208	0.262928603381	0.218755835697	-0.0532109807901	0.099316754306	-0.333676740095	0.15302099965	0.535594770217	0.0566578300482	0.197326035958	0.00605949270353	0.0483811944043	0.363199872678	0.00872876623743	0.186586607945	-29.4036700476	17.0185531058	-25.8201746714
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28	2.87498249092	0.0190991229801	1.59264112522	2.26074758347	-0.419818628326	5.74955924171	0.0357008533299	-0.33502898165	0.0332392565202	0.270840916989	0.176588434414	-0.377056654525	-0.245951953146	-0.244603572534	-0.241311046521	0.17710437755	0.0449137062755	-0.0201815868693	0.239836909113	-0.0359636460388	0.304231782798	8.19296388053	-5.16264424074	-23.6904815178
29	2.87281432122	0.19662134047	2.25949685	2.88575307777	-2.67160866819	9.25295636448	0.263733423954	-0.0547433736985	-0.160590473458	0.011622907552	0.390006746506	0.572616054387	-0.00322059135647	0.152299999841	-0.68132677069	0.282464522296	-0.0766759038974	-0.0299492301259	0.588466326697	0.157976384602	0.594159965929	-24.297389042	-23.6491870263	-38.1850007962
30	4.45319439777	1.37588967639	-1.38582260183	2.34094018518	-0.0576014872237	0.472582155767	0.0975402666443	0.0567620904557	0.170472159586	0.0873313348893	0.366258340519	1.15645644144	-6.41594814942E-5	-1.09499699227	-0.0779397008849	0.201350450326	-0.157206635801	0.0520557725538	0.983474759582	0.369952163165	0.577733669405	-33.2940771648	-17.612108386	-39.0983739437
31	1.93568381354	-0.0394818289228	-1.59223028308	5.9371428274	-1.53880449771	8.19188137091	0.122248529044	-0.427883051195	-0.537376900936	0.188848555341	0.27665993449	0.268974557393	0.188252573151	-0.970842231194	-0.310888769747	0.256437695155	-0.0913800333303	-0.0579600608028	0.443799922738	0.13440061511	0.346833342659	-12.7355259322	-26.0352018194	-26.435180495
32	5.89208462004	2.54048656964	1.95954438938	1.36710942941	1.22887926107	4.39699795069	-0.151882876336	0.359016395974	-0.640784868727	-0.548776305269	0.574078225947	0.187193981975	0.986796744615	0.0432118852159	-0.114269526826	0.471216180444	-0.313585454916	-0.113148894062	0.332201700865	0.213142766476	0.599552192009	-11.5394907864	-35.6373222552	-29.0829782331
33	2.98437397905	-0.798320340133	1.87859558108	2.70323877344	-1.00359120795	3.45538296823	0.137809595824	-0.589630584337	-0.232433192798	0.617421241756	0.0526729668784	0.00615657281652	-0.141052661963	-0.271069752613	-0.159884202484	0.263366225409	-0.0959107209918	0.0268914975746	0.39738585023	0.03630163069	0.259304791257	-8.98274951873	-16.4477197281	-25.0300469906
34	7.0438635134	3.62011155138	-3.11364282611	4.16818964748	-0.583080381725	1.81778166856	-0.654354403826	-0.509680720161	0.362733958307	-0.0678568263002	0.518467327986	0.478245708472	0.211521877116	-0.723072268181	0.269914404389	0.285493400017	0.0695679083038	0.0727653105521	0.663030992732	0.0975688291288	0.466391638722	-29.1484487236	-9.12648048043	-45.4157418916
35	2.80534942781	1.01073090676	0.370516284748	3.2246027508	-0.630924587412	1.85058656424	0.0948961615092	-0.622722295452	-0.175722882361	0.180807731252	0.112194075154	0.277096504942	0.0433587344648	-0.456509675719	-0.164612030841	0.160643392632	-0.00201918413207	0.00791534623826	0.351868237978	0.0909977013547	0.27832993014	-17.2604056681	-13.8122748117	-39.1824289699

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 16 through 71 )	A	A	16 - 71	1 - 43
2	2	chain 'A' and (resid 72 through 130 )	A	A	72 - 130	44 - 102
3	3	chain 'A' and (resid 131 through 205 )	A	A	131 - 205	103 - 177
4	4	chain 'A' and (resid 206 through 221 )	A	A	206 - 221	178 - 193
5	5	chain 'A' and (resid 222 through 276 )	A	A	222 - 276	194 - 248
6	6	chain 'B' and (resid 14 through 63 )	B	C	14 - 63	1 - 36
7	7	chain 'B' and (resid 64 through 82 )	B	C	64 - 82	37 - 55
8	8	chain 'B' and (resid 83 through 102 )	B	C	83 - 102	56 - 75
9	9	chain 'B' and (resid 103 through 205 )	B	C	103 - 205	76 - 175
10	10	chain 'B' and (resid 206 through 232 )	B	C	206 - 232	176 - 202
11	11	chain 'B' and (resid 233 through 276 )	B	C	233 - 276	203 - 246
12	12	chain 'C' and (resid 16 through 55 )	C	E	16 - 55	1 - 28
13	13	chain 'C' and (resid 56 through 71 )	C	E	56 - 71	29 - 44
14	14	chain 'C' and (resid 72 through 88 )	C	E	72 - 88	45 - 61
15	15	chain 'C' and (resid 89 through 144 )	C	E	89 - 144	62 - 114
16	16	chain 'C' and (resid 145 through 168 )	C	E	145 - 168	115 - 138
17	17	chain 'C' and (resid 169 through 209 )	C	E	169 - 209	139 - 179
18	18	chain 'C' and (resid 210 through 232 )	C	E	210 - 232	180 - 199
19	19	chain 'C' and (resid 233 through 276 )	C	E	233 - 276	200 - 243
20	20	chain 'D' and (resid 16 through 82 )	D	G	16 - 82	1 - 53
21	21	chain 'D' and (resid 83 through 102 )	D	G	83 - 102	54 - 68
22	22	chain 'D' and (resid 103 through 168 )	D	G	103 - 168	69 - 131
23	23	chain 'D' and (resid 169 through 276 )	D	G	169 - 276	132 - 239
24	24	chain 'E' and (resid 16 through 64 )	E	I	16 - 64	1 - 36
25	25	chain 'E' and (resid 65 through 92 )	E	I	65 - 92	37 - 64
26	26	chain 'E' and (resid 93 through 117 )	E	I	93 - 117	65 - 84
27	27	chain 'E' and (resid 118 through 209 )	E	I	118 - 209	85 - 176
28	28	chain 'E' and (resid 210 through 276 )	E	I	210 - 276	177 - 241
29	29	chain 'F' and (resid 16 through 48 )	F	K	16 - 48	1 - 19
30	30	chain 'F' and (resid 49 through 71 )	F	K	49 - 71	20 - 42
31	31	chain 'F' and (resid 72 through 88 )	F	K	72 - 88	43 - 59
32	32	chain 'F' and (resid 89 through 130 )	F	K	89 - 130	60 - 97
33	33	chain 'F' and (resid 131 through 205 )	F	K	131 - 205	98 - 172
34	34	chain 'F' and (resid 206 through 232 )	F	K	206 - 232	173 - 193
35	35	chain 'F' and (resid 233 through 276 )	F	K	233 - 276	194 - 237

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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