PDB-9c6l: Yasminevirus c12orf29, a 5' to 3' RNA ligase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c6l

タイトル

Yasminevirus c12orf29, a 5' to 3' RNA ligase

要素

RNA ligase1

キーワード

LIGASE / ATP-grasp / T-RNA

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5565 / Family of unknown function (DUF5565) / RNA ligase (ATP) activity / response to reactive oxygen species / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Yasminevirus sp. GU-2018 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hu, Y. / Lopez, V.A. / Tagliabracci, V.S. / Tomchick, D.R.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	DP2GM137419	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1911	米国
Robert A. Welch Foundation	I-2088	米国
Robert A. Welch Foundation	I-1961	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical and structural insights into a 5' to 3' RNA ligase reveal a potential role in tRNA ligation
著者: Hu, Y. / Lopez, V.A. / Xu, H. / Song, B. / Servage, K.A. / Sakurai, M. / Jones, B.T. / Mendell, J.T. / Wang, T. / Wu, J. / Lambowitz, A.M. / Tomchick, D.R. / Pawlowski, K. / Tagliabracci, V.S.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2024年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9c6l.ent.gz	698 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c6l_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c6l_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	9c6l_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	9c6l_validation.cif.gz	70.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/9c6l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9c6mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA ligase1

B: RNA ligase1

C: RNA ligase1

D: RNA ligase1

E: RNA ligase1

F: RNA ligase1

ヘテロ分子

186 kDa, 6 ポリマー
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1

A: RNA ligase1

B: RNA ligase1

C: RNA ligase1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
93.1 kDa, 3 ポリマー
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2

D: RNA ligase1

E: RNA ligase1

F: RNA ligase1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
93 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.897, 84.221, 115.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.875, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	RNA ligase1 分子量: 30619.793 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yasminevirus sp. GU-2018 (ウイルス) 遺伝子: YASMINEVIRUS_1364 / プラスミド: ppSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A5K0UB63
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.85 M sodium malonate, 50 mM NaCl, 0.1 M Bis-Tris, 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97891 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97891 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 55600 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.3 Å² / CC_1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.19 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.2 / Χ²: 0.887 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 550364

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	6	1.229	2382	0.527	0.831	0.488	1.328	0.812	85
2.64-2.69	6.6	1.09	2521	0.653	0.889	0.412	1.17	0.778	90.8
2.69-2.74	7.2	1.093	2715	0.7	0.907	0.395	1.166	0.787	95.4
2.74-2.8	8	1.06	2729	0.731	0.919	0.367	1.125	0.797	97.2
2.8-2.86	8.5	0.91	2753	0.788	0.939	0.31	0.964	0.776	97.5
2.86-2.93	9.1	0.793	2736	0.861	0.962	0.264	0.837	0.791	96.6
2.93-3	10.3	0.736	2818	0.893	0.971	0.233	0.773	0.82	99.9
3-3.08	10.8	0.609	2829	0.914	0.977	0.19	0.639	0.838	100
3.08-3.17	11	0.497	2827	0.936	0.983	0.155	0.521	0.87	99.9
3.17-3.28	10.9	0.412	2822	0.948	0.986	0.129	0.432	0.912	100
3.28-3.39	10.7	0.341	2813	0.952	0.988	0.107	0.358	0.908	100
3.39-3.53	10.2	0.274	2818	0.958	0.989	0.088	0.288	0.946	99.9
3.53-3.69	10.5	0.223	2845	0.967	0.992	0.071	0.235	0.972	99.6
3.69-3.88	11.3	0.201	2841	0.969	0.992	0.062	0.21	1.013	99.9
3.88-4.13	11.2	0.171	2843	0.963	0.991	0.053	0.179	0.998	99.9
4.13-4.45	11	0.16	2815	0.964	0.991	0.05	0.167	1.006	99.9
4.45-4.89	10.4	0.149	2851	0.978	0.994	0.047	0.156	0.972	99.4
4.89-5.6	11.4	0.146	2845	0.963	0.991	0.045	0.153	0.932	99.9
5.6-7.05	10.6	0.132	2872	0.973	0.993	0.042	0.139	0.832	99.4
7.05-50	10.9	0.11	2925	0.974	0.994	0.035	0.116	0.771	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→46.41 Å / SU ML: 0.4135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7905
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2749	1948	4.29 %
R_work	0.2322	43471	-
obs	0.2341	45419	85.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11230	0	149	34	11413

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	11623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5433	15736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0432	1738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	2006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6503	4311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.368	65	0.3142	1480	X-RAY DIFFRACTION	41.31
2.77-2.84	0.3516	84	0.2997	1862	X-RAY DIFFRACTION	51.6
2.84-2.93	0.3546	99	0.2847	2190	X-RAY DIFFRACTION	60.51
2.93-3.02	0.3601	116	0.2884	2596	X-RAY DIFFRACTION	72.28
3.02-3.13	0.3318	137	0.2839	3050	X-RAY DIFFRACTION	84.36
3.13-3.25	0.3079	152	0.278	3406	X-RAY DIFFRACTION	94.35
3.25-3.4	0.3145	160	0.2533	3553	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.4-3.58	0.2803	158	0.2396	3524	X-RAY DIFFRACTION	98.34
3.58-3.81	0.2492	160	0.2266	3582	X-RAY DIFFRACTION	98.6
3.81-4.1	0.2774	163	0.21	3623	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.1-4.51	0.2273	161	0.1907	3630	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.51-5.16	0.2215	163	0.1913	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.16-6.5	0.2692	165	0.2283	3678	X-RAY DIFFRACTION	99.92
6.5-46.41	0.2766	165	0.2386	3675	X-RAY DIFFRACTION	98.31

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.87735196563	0.997993779477	-0.48303378938	2.51840181419	-0.828255843972	5.83793162522	0.175021412133	-0.618035599978	-0.152071887124	0.397172732872	-0.230979485331	-0.463073235345	-0.713205608582	0.758085931929	0.0874225115555	0.522242108054	-0.219374508303	0.0169435215843	0.977409432171	0.31365274198	0.307053006875	-26.931493908	28.3864940903	-30.3148587282
2	1.89555820516	0.410076359622	0.242844121678	1.40358775245	-0.0505794088648	0.226362396905	0.00816754437403	0.455819364678	0.405959911453	-0.329365736301	-0.311059457643	-0.31636344637	-0.33549881245	0.384130482293	0.00714230582192	0.34289012811	-0.246916209899	0.000935438532182	0.889837034554	0.275487965288	0.483757251949	-21.9548020193	31.4396879722	-25.2323386768
3	0.0808428678341	-0.121436188896	-0.072492791731	0.176461765177	0.108178313377	0.0669808947636	-0.279379242725	0.360238076382	0.0998412451207	-0.388303462927	0.198567668812	0.324917625324	-0.0786874515427	-0.16074311774	-0.135557330729	0.500033567813	-0.452404521118	-0.235318953035	0.618000354677	0.215873572264	0.789053553708	-23.7071834605	40.0863539273	-25.2517721082
4	2.66093548763	1.02211037652	1.92987290912	2.18437434898	0.186101734471	1.93597170932	0.160858905224	0.26055367744	-0.222575368546	0.160409332737	-0.312555047678	-0.449793165158	-0.00390400821739	0.720141963433	0.0287235712673	0.243107846765	-0.115487075352	-0.0719361747969	0.553110077591	0.117747902403	0.311600523725	-17.9069409604	23.3273375693	-9.07665905279
5	0.4271899168	0.670116629593	-0.0115443960063	1.73092667884	0.330660215741	0.175167043889	-0.163473503222	1.32131284872	0.162981924772	-1.27380162424	0.194464821353	-0.441015384919	-0.320324315983	0.722381306341	-0.0499103876346	0.803214992624	0.134917074572	0.311664243125	0.921644311968	0.146618791643	0.28538907403	-28.8013984003	12.9974345147	-36.6111135892
6	3.67246743515	0.332331499672	-2.35655446114	5.29580277778	0.368800443956	2.58589039217	0.146337772862	0.45583047069	0.218421595297	-0.13464628739	-0.172568806125	-0.228561087011	0.12878697292	0.819600987633	0.0257856189406	0.252751060076	-0.0296258328107	-0.0548972212788	0.624397174074	0.0202191760143	0.213951611211	-28.4937264896	17.442280551	-24.2450470628
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28	7.36985257083	-0.529181676663	4.85268421692	4.40349022306	4.31670148831	8.43533862034	0.149921325152	-1.61206051257	0.44572341394	1.2900578822	0.233143576126	-0.670934602119	-0.677128864987	-1.32564290679	-0.330821563178	0.681663975709	0.137837423182	-0.0995198694747	0.853296943646	-0.134069912736	0.390988014678	9.45932059438	-1.88630385671	-6.28289051996
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31	2.11421710659	0.396914233655	1.81368670979	1.902171639	-1.16064269536	3.0481550244	0.24800620969	-0.293831432907	0.0935360545103	-0.164111910966	0.429215662795	0.929189431892	0.150513991984	0.415375198204	-0.631068822647	0.213002310573	-0.116175654277	-0.086020347638	0.894418227181	0.139158275381	0.765807865796	-23.1571889095	-23.1373809668	-39.4402197242
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35	1.50063938247	1.05211042469	-0.885591810453	2.18078686287	-0.573128837637	4.45346302523	-0.117336638092	-0.765977056786	-0.159048727753	0.567096067503	0.260699584103	0.527680670682	-0.223017571037	-0.842027545783	-0.115912236192	0.392156524255	0.117688695902	0.0213144445956	0.908524303565	0.144286659001	0.294418005714	-9.91515476498	-14.100359605	-21.9582331213
36	4.33455282006	2.16248263804	-1.14787330026	1.6020187903	-0.518972100228	2.5904831475	-0.0287577755172	-0.608739747912	-0.346033900693	0.103456814922	0.0680482907481	0.315029297982	-0.146465184086	-0.304919963248	0.125187534552	0.239352676439	0.102481077482	0.0797948683262	0.522641874802	0.0988222722446	0.398145627358	-7.01795479908	-16.4854742767	-31.562133878
37	2.54786957086	2.70088775366	0.420147460181	2.88632926323	0.491618412851	0.164057349755	0.184070201183	0.20981357787	1.29440379322	0.183957151347	-0.0564783654042	0.855774228713	0.366374003575	-0.79056792085	-0.0767710958886	0.396980232821	0.0885022250785	0.0519770962539	0.881932635768	0.105193500424	0.685142000993	-27.1875090736	-7.72024224858	-43.9822402781
38	3.73503687307	1.10949125981	-2.17481930894	2.87403798891	0.477273701477	1.82280264611	0.0013889528196	-0.8084906511	0.0339680928182	-0.203386428649	0.100622116201	0.302475651293	-0.0897132146593	-0.611523121179	-0.199476922117	0.233910839242	0.080510510894	-0.0301620873078	0.679985340121	0.184465696707	0.447702955772	-16.0788487826	-12.9451315975	-39.3536430041

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 16 through 48 )	A	A	16 - 48	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 49 through 102 )	A	A	49 - 102	21 - 74
3	3	chain 'A' and (resid 103 through 117 )	A	A	103 - 117	75 - 89
4	4	chain 'A' and (resid 118 through 199 )	A	A	118 - 199	90 - 171
5	5	chain 'A' and (resid 200 through 232 )	A	A	200 - 232	172 - 198
6	6	chain 'A' and (resid 233 through 276 )	A	A	233 - 276	199 - 242
7	7	chain 'B' and (resid 14 through 55 )	B	G	14 - 55	1 - 28
8	8	chain 'B' and (resid 56 through 92 )	B	G	56 - 92	29 - 65
9	9	chain 'B' and (resid 93 through 119 )	B	G	93 - 119	66 - 89
10	10	chain 'B' and (resid 120 through 144 )	B	G	120 - 144	90 - 114
11	11	chain 'B' and (resid 145 through 205 )	B	G	145 - 205	115 - 175
12	12	chain 'B' and (resid 206 through 221 )	B	G	206 - 221	176 - 191
13	13	chain 'B' and (resid 222 through 276 )	B	G	222 - 276	192 - 246
14	14	chain 'C' and (resid 16 through 55 )	C	I	16 - 55	1 - 28
15	15	chain 'C' and (resid 56 through 89 )	C	I	56 - 89	29 - 62
16	16	chain 'C' and (resid 90 through 124 )	C	I	90 - 124	63 - 91
17	17	chain 'C' and (resid 125 through 190 )	C	I	125 - 190	92 - 157
18	18	chain 'C' and (resid 191 through 276 )	C	I	191 - 276	158 - 238
19	19	chain 'D' and (resid 16 through 73 )	D	L	16 - 73	1 - 44
20	20	chain 'D' and (resid 74 through 144 )	D	L	74 - 144	45 - 106
21	21	chain 'D' and (resid 145 through 276 )	D	L	145 - 276	107 - 238
22	22	chain 'E' and (resid 16 through 64 )	E	N	16 - 64	1 - 36
23	23	chain 'E' and (resid 65 through 89 )	E	N	65 - 89	37 - 61
24	24	chain 'E' and (resid 90 through 114 )	E	N	90 - 114	62 - 77
25	25	chain 'E' and (resid 115 through 133 )	E	N	115 - 133	78 - 96
26	26	chain 'E' and (resid 134 through 157 )	E	N	134 - 157	97 - 120
27	27	chain 'E' and (resid 158 through 205 )	E	N	158 - 205	121 - 168
28	28	chain 'E' and (resid 206 through 221 )	E	N	206 - 221	169 - 182
29	29	chain 'E' and (resid 222 through 255 )	E	N	222 - 255	183 - 216
30	30	chain 'E' and (resid 256 through 276 )	E	N	256 - 276	217 - 237
31	31	chain 'F' and (resid 16 through 48 )	F	P	16 - 48	1 - 20
32	32	chain 'F' and (resid 49 through 89 )	F	P	49 - 89	21 - 61
33	33	chain 'F' and (resid 90 through 130 )	F	P	90 - 130	62 - 95
34	34	chain 'F' and (resid 131 through 144 )	F	P	131 - 144	96 - 109
35	35	chain 'F' and (resid 145 through 176 )	F	P	145 - 176	110 - 141
36	36	chain 'F' and (resid 177 through 199 )	F	P	177 - 199	142 - 164
37	37	chain 'F' and (resid 200 through 232 )	F	P	200 - 232	165 - 191
38	38	chain 'F' and (resid 233 through 276 )	F	P	233 - 276	192 - 235

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新型コロナ情報

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