PDB-9c5w: Crystal structure of cyclodehydratase RohQ in complex with imidazole

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c5w

タイトル

Crystal structure of cyclodehydratase RohQ in complex with imidazole

要素

Cyclodehydratase RohQ

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Azomycin biosynthetic protein / DUF6190 / Cyclodehydratase / De novo emerged enzyme

機能・相同性

IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas brassicacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wei, Z.-W. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Structure and Mechanism of the Azomycin Biosynthetic Enzyme RohQ That Catalyzes a Spontaneous Cyclodehydration.
著者: Wei, Z.W. / Daniel-Ivad, P. / Zhang, L. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2024年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9c5w.ent.gz	283.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c5w_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c5w_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9c5w_validation.xml.gz	39.6 KB	表示
CIF形式データ	9c5w_validation.cif.gz	52.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9oq8C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

E: Cyclodehydratase RohQ

A: Cyclodehydratase RohQ

B: Cyclodehydratase RohQ

C: Cyclodehydratase RohQ

D: Cyclodehydratase RohQ

ヘテロ分子

99.1 kDa, 5 ポリマー
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1

E: Cyclodehydratase RohQ

B: Cyclodehydratase RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Cyclodehydratase RohQ

C: Cyclodehydratase RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.6 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Cyclodehydratase RohQ

ヘテロ分子

D: Cyclodehydratase RohQ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.427, 75.427, 331.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-201- IMD
2	1	D-385- HOH

#1: タンパク質	Cyclodehydratase RohQ 分子量: 19786.773 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas brassicacearum (バクテリア) 株: DF41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M NaOAc:HCl (pH 4.6), 1.5 M sodium formate, 15% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38.36 Å / Num. obs: 57316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / B_iso Wilson estimate: 35.84 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 25.9 % / R_merge(I) obs: 1.188 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 4364 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.332 / R_rim(I) all: 1.234 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
Blu-Ice		データ収集
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→38.36 Å / SU ML: 0.2193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5571
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2073	2000	3.5 %
R_work	0.1725	55177	-
obs	0.1737	57177	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6501	0	15	403	6919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8202	9024
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	988
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0208	881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2692	139	0.2103	3847	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.15-2.21	0.2313	140	0.2011	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.28	0.2749	140	0.193	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.35	0.2863	140	0.1893	3862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.43	0.2555	141	0.1998	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.43-2.53	0.262	140	0.1956	3869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.65	0.2428	141	0.1976	3869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.79	0.2391	143	0.1941	3929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.96	0.2447	141	0.1962	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.19	0.2107	143	0.1939	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.51	0.1742	143	0.1679	3948	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.51-4.02	0.1775	146	0.1516	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-5.06	0.1791	147	0.1306	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-38.36	0.19	156	0.1755	4298	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.830129641	-2.36465641898	-0.585832613047	8.05739368513	-1.27347706013	3.11987705782	-0.057068103042	-0.375513623121	-0.101494110063	0.164004790144	0.234367628739	0.166619390329	0.0920463214172	-0.024921765293	-0.0711430999503	0.385965427203	0.0344588961268	0.0629135617276	0.254741308345	-0.0346574526484	0.276907888257	26.810982942	-1.55037339694	41.288217733
2	8.25561849184	0.438010295984	0.358308395362	2.12529940303	-0.879966994946	3.73635812045	0.541643459691	-0.656142414391	0.348777388866	0.439478761276	-0.309281318436	0.0402003234175	0.208439996788	0.0738604757861	-0.266755521212	0.467198490152	-0.0213824255304	0.0451381536935	0.3282784117	-0.0489902482345	0.287015688178	27.3442470867	2.90707142927	46.1462310882
3	1.15185229335	0.19232354117	0.434952218843	2.90443804042	-2.80365347246	4.89722576289	-0.0174915057686	0.0903408682933	-0.0280226405741	0.0863532741544	-0.138326804359	0.00595846764949	-0.0617451422621	0.192930701902	0.116939495583	0.362072876998	0.0635620707372	0.0353152635398	0.276970269113	-0.00411128854179	0.310933605704	26.634703136	-1.67761466113	30.1716708719
4	1.58011065173	-0.735119342309	1.91353816412	1.70125057861	-1.83239602538	3.05596493412	0.236520005478	0.0869063662184	-0.00507136243165	-0.225525917496	-0.0845684451802	0.0854702121721	-0.0332223477223	0.131294072426	-0.121499353616	0.338420791574	0.0530742994424	0.0614227242636	0.294722777368	-0.029975432281	0.36766062186	28.9135919	9.92498399626	30.7686097646
5	0.602675905473	-0.94305312245	-1.34208654368	7.58663097159	-0.715898203833	3.99273433391	-0.154392143597	0.0654751884627	-0.464209552244	-0.544189313975	0.137318100233	0.213435254401	1.03369134043	-0.225212478785	-0.0522661672882	0.507710217098	-0.00315111009353	0.0172875427534	0.251273329866	0.0343896549913	0.256811677929	26.8157520733	-16.0280488578	34.5817699355
6	2.9383824692	-1.25942813029	0.735511159658	3.14422156315	-0.491462608629	3.26034726023	0.195591289873	-0.0986224929398	-0.220271804832	-0.0196317204324	-0.156571046305	0.0632173356434	0.505437806316	-0.00550386545806	-0.0253751607188	0.40127310362	-0.0158844397746	0.0478454608143	0.25231995103	0.00607579101845	0.24644366142	24.6959384298	-13.3422762726	39.3260882053
7	5.37155113871	3.46415307046	-0.225883609831	4.47399833547	-1.67962669139	2.73893685757	0.272393179845	-0.653421706259	0.54888280027	0.688309079141	-0.33658584316	0.850942947812	0.0286864698988	-0.403455306154	0.111069313562	0.444072786634	-0.033401352349	0.13870754925	0.346306943054	-0.0409474015127	0.384643140479	21.4522943576	-6.36284134462	46.3932386839
8	8.48583742666	-1.2818054247	5.13057287992	2.73417759308	-0.912776402484	7.71627327152	-0.502007431842	-0.394480776477	0.0321487018533	0.242414650259	0.356102915706	0.00969728010516	-1.1087823901	-0.239810222727	0.0363216723345	0.526283013152	0.0801894853044	0.0859501030584	0.290238992835	-0.0473490824662	0.444937961875	28.3693515396	14.9959688723	39.0148533716
9	7.65792035779	-1.74580332232	-1.14362725011	1.69564661457	3.03635762062	7.82525273995	0.21601387243	0.408114880134	-0.106555765761	0.699437671938	-0.604581655066	2.19646253208	0.391472408733	-1.5349701435	0.313099290343	0.456689057302	-0.0374631875032	0.0665065369845	0.591675093972	-0.0254856770023	0.553532347933	15.3633794669	2.75862073166	31.7345104816
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33	6.39343070126	-2.45140064535	-0.414324834392	4.55925795364	-0.74177358586	3.72417792981	0.385358929207	-0.633100783625	0.240046429523	0.551827795648	0.035824523106	0.124699918524	0.0145412438345	-0.185520669978	-0.378161760949	0.466195066876	-0.0873962342001	0.0391598122755	0.280095923643	-0.0796436375517	0.276527707717	29.2405346152	36.4196765681	19.132567494
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36	4.47403772966	3.71328087406	0.605568961282	3.51593835282	1.54542698726	2.94453754436	0.142507749885	-0.230325222855	-0.119628168555	0.598360331451	-0.119259558071	-0.209377061746	0.305064921839	0.145665152615	-0.0446414339029	0.431521180467	0.0527185496439	0.0219399693959	0.370787628259	-0.0660556720877	0.361374179391	31.7742906937	22.9508554516	9.04012551226
37	3.49687951525	0.440852711755	-0.420466099873	6.20189757436	-0.252884575328	5.56463290635	-0.0356217986597	0.113818274043	-0.0846024426983	0.118163591026	0.0396817960709	0.3053104527	0.407233232578	-0.559094395501	-0.016544573896	0.225042635302	-0.0550512708195	0.0608927962881	0.284507789591	-0.0279829653632	0.181718466067	17.5201481004	20.8764191362	9.27759669491
38	5.18790885974	0.539124965056	-0.964644354305	1.77572265246	-0.0790193310308	3.71153878973	0.360359375056	-0.728379125484	0.78878327136	0.428876622074	-0.289525844673	0.371711757641	-0.315042903124	-0.442573697282	-0.0501203644289	0.455333883191	-0.0121630198829	0.0988303833692	0.342245526782	-0.0877735783678	0.380112210341	19.9077606843	30.5492598925	18.8248900359
39	9.14700891182	-4.18511238251	5.51684447309	8.56238889285	-4.7139654832	4.14827253015	-0.177382368274	-0.254010840588	0.291258944522	0.160271425033	0.388114096444	-0.783620004339	-1.2825657144	0.567120733268	-0.170763551885	0.516872340735	-0.0866044418676	0.168944851188	0.430606980393	-0.157501656933	0.49255895219	37.8635909169	45.3031165868	12.1489102515
40	6.76682789774	0.404984420342	2.45839729039	5.60618145286	-0.613781004973	8.19060076865	0.446838576926	-0.065814476018	-0.482271927155	-0.531544446465	0.10261025081	0.690727806259	-0.500012793083	-0.919965193293	-0.440320004247	0.430754142986	0.104794304414	0.104553643567	0.499545063283	-0.0552949362092	0.624881865768	19.9876901062	41.3470145509	3.41180198668

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid 1 through 21 )	E	A	1 - 21	1 - 21
2	2	chain 'E' and (resid 22 through 39 )	E	A	22 - 39	22 - 39
3	3	chain 'E' and (resid 40 through 56 )	E	A	40 - 56	40 - 56
4	4	chain 'E' and (resid 57 through 75 )	E	A	57 - 75	57 - 75
5	5	chain 'E' and (resid 76 through 101 )	E	A	76 - 101	76 - 101
6	6	chain 'E' and (resid 102 through 122 )	E	A	102 - 122	102 - 122
7	7	chain 'E' and (resid 123 through 148 )	E	A	123 - 148	123 - 146
8	8	chain 'E' and (resid 149 through 160 )	E	A	149 - 160	147 - 158
9	9	chain 'E' and (resid 161 through 171 )	E	A	161 - 171	159 - 169
10	10	chain 'A' and (resid 5 through 21 )	A	C	5 - 21	1 - 17
11	11	chain 'A' and (resid 22 through 38 )	A	C	22 - 38	18 - 34
12	12	chain 'A' and (resid 39 through 56 )	A	C	39 - 56	35 - 52
13	13	chain 'A' and (resid 57 through 75 )	A	C	57 - 75	53 - 71
14	14	chain 'A' and (resid 76 through 84 )	A	C	76 - 84	72 - 80
15	15	chain 'A' and (resid 85 through 122 )	A	C	85 - 122	81 - 118
16	16	chain 'A' and (resid 123 through 134 )	A	C	123 - 134	119 - 130
17	17	chain 'A' and (resid 135 through 148 )	A	C	135 - 148	131 - 142
18	18	chain 'A' and (resid 149 through 160 )	A	C	149 - 160	143 - 154
19	19	chain 'A' and (resid 161 through 172 )	A	C	161 - 172	155 - 166
20	20	chain 'B' and (resid 5 through 56 )	B	E	5 - 56	1 - 52
21	21	chain 'B' and (resid 57 through 75 )	B	E	57 - 75	53 - 71
22	22	chain 'B' and (resid 76 through 92 )	B	E	76 - 92	72 - 88
23	23	chain 'B' and (resid 93 through 101 )	B	E	93 - 101	89 - 95
24	24	chain 'B' and (resid 102 through 132 )	B	E	102 - 132	96 - 126
25	25	chain 'B' and (resid 133 through 148 )	B	E	133 - 148	127 - 139
26	26	chain 'B' and (resid 149 through 171 )	B	E	149 - 171	140 - 162
27	27	chain 'C' and (resid 5 through 84 )	C	F	5 - 84	1 - 80
28	28	chain 'C' and (resid 85 through 92 )	C	F	85 - 92	81 - 88
29	29	chain 'C' and (resid 93 through 101 )	C	F	93 - 101	89 - 94
30	30	chain 'C' and (resid 102 through 148 )	C	F	102 - 148	95 - 138
31	31	chain 'C' and (resid 149 through 172 )	C	F	149 - 172	139 - 162
32	32	chain 'D' and (resid 2 through 21 )	D	G	2 - 21	1 - 20
33	33	chain 'D' and (resid 22 through 38 )	D	G	22 - 38	21 - 37
34	34	chain 'D' and (resid 39 through 56 )	D	G	39 - 56	38 - 55
35	35	chain 'D' and (resid 57 through 75 )	D	G	57 - 75	56 - 74
36	36	chain 'D' and (resid 76 through 84 )	D	G	76 - 84	75 - 83
37	37	chain 'D' and (resid 85 through 122 )	D	G	85 - 122	84 - 118
38	38	chain 'D' and (resid 123 through 148 )	D	G	123 - 148	119 - 141
39	39	chain 'D' and (resid 149 through 160 )	D	G	149 - 160	142 - 153
40	40	chain 'D' and (resid 161 through 172 )	D	G	161 - 172	154 - 165

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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