PDB-9c5k: Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c5k

タイトル

Trypanosoma cruzi R19T/K20S/C64Y mutant beta-3-HBDH structure in complex with NADPH and malonate

要素

Hydroxybutyrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / NADPH / malonate / beta-3-Hydroxybutyrate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / monocarboxylic acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / lipid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Hashimoto, H. / Debler, E.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi D-3-hydroxybutyrate dehydrogenase (HBDH) is NADP-dependent enzyme.
著者: Hashimoto, H. / Debler, E.W.

履歴

登録	2024年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c5k.cif.gz	719.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c5k.ent.gz	500.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9c5k_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c5k_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	9c5k_validation.xml.gz	57.3 KB	表示
CIF形式データ	9c5k_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/9c5k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9c5hC 9c5iC 9c5jC 9c5lC 9c5mC 9c5nC 9c5oC C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxybutyrate dehydrogenase

B: Hydroxybutyrate dehydrogenase

C: Hydroxybutyrate dehydrogenase

D: Hydroxybutyrate dehydrogenase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.350, 80.620, 124.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.870, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Hydroxybutyrate dehydrogenase 分子量: 28578.861 Da / 分子数: 4 / 変異: R19T, K20S, C64Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 株: Sylvio X10/1 / 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED714 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH R19T/K20S/C64Y mutant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1

#1: タンパク質

Hydroxybutyrate dehydrogenase

分子量: 28578.861 Da / 分子数: 4 / 変異: R19T, K20S, C64Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA
由来: (組換発現)

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: Sylvio X10/1 / 遺伝子: C4B63_13g310 / プラスミド: pED714 / 詳細 (発現宿主): His-3C-TcHBDH R19T/K20S/C64Y mutant / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL-codon plus / 参照: UniProt: A0A2V2VPF1

-
非ポリマー , 6種, 868分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M BisTris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→40.31 Å / Num. obs: 103427 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.96 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7625 / CC_1/2: 0.865 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→40.31 Å / SU ML: 0.1439 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.998
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1678	2000	1.93 %	Random
R_work	0.138	101411	-	-
obs	0.1385	103411	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7769	0	293	846	8908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0136	8234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.321	11211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0721	1308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0646	2913

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.83	0.2338	142	0.2092	7183	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.83-1.88	0.2312	141	0.1913	7199	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.88-1.94	0.2136	142	0.1754	7185	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2	0.1954	142	0.1569	7225	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.07	0.1586	143	0.1411	7203	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.07-2.16	0.1836	143	0.1341	7235	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.16-2.26	0.1339	143	0.1318	7242	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.26-2.37	0.1786	142	0.131	7225	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.37-2.52	0.1691	143	0.1337	7232	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.52-2.72	0.1673	142	0.138	7232	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.72-2.99	0.1623	144	0.1401	7289	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.99-3.42	0.1512	142	0.1402	7245	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.42-4.31	0.162	145	0.1209	7304	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.31-40.31	0.1651	146	0.1346	7412	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.58995209793	0.650385790595	1.17630396985	1.26974475977	-0.27030114481	2.65329682743	0.101560532985	0.190659794163	0.358347182202	-0.311473889436	-0.135165445909	-0.305487591405	-0.0955328436866	0.133334306462	0.0272263546858	0.2843914963	0.0450838101812	0.112088529746	0.300812508721	0.0151400258194	0.421233361873	25.0116680767	-9.05707716231	13.8488301519
2	2.41178886386	-1.6251128017	-0.0157654256135	5.36534966081	-2.20004998305	4.26455909006	0.341371553413	0.528795489719	-0.178304869072	-1.03470538374	-0.488818411779	-0.303120731702	0.495212735042	0.369624363088	-0.0659898888155	0.431318099089	0.127387959021	0.124010125915	0.393762052454	0.00315801709042	0.471273064996	30.1667421248	-17.588481386	6.80807232674
3	2.05954833886	-0.864983707372	-0.0734158194756	4.17473034758	-1.37426748358	3.52696866117	0.0589281382158	-0.160155758525	0.209888962331	-0.0562745867901	-0.0586149517592	-0.729375343415	0.0755594350408	0.554806356675	0.0445551780445	0.256171018799	0.0521503480076	0.0597547756525	0.37804347502	-0.028197686103	0.545074321636	34.0348112717	-16.6816407504	20.7108391353
4	0.921761671793	0.40551476827	-0.232248114882	2.5198934223	-0.00765706110965	1.1649693526	-0.0435786520269	-0.0645126492418	0.0587151315163	-0.210520590659	-0.00113391407666	-0.318792734736	0.101970099061	0.137140353955	-0.0287829398573	0.264294090867	0.0868560840022	0.0086084452315	0.222441680915	-0.0239355880881	0.288918600682	18.5451553535	-24.8893309118	21.0428265144
5	1.56179875902	0.528056118288	0.191404766165	3.74729669318	0.395089744626	1.41731296505	0.0330620652914	0.0255316216388	-0.0586169698744	0.0313791426082	0.0847184473133	-0.678071592515	0.138194831261	0.335104371451	-0.0724526152348	0.246647996456	0.0587745979568	-0.00334998747941	0.339270864752	-0.0333157688659	0.333867402924	23.6112839	-20.872149623	28.7184395115
6	0.762154448601	0.219282126099	0.02756251392	1.95721366541	-0.0898140238269	1.07617179751	0.0488785400689	-0.0441181133834	0.0848245164774	-0.0360803646301	-0.0323957748942	-0.206481464565	0.0888356885653	0.0321830534636	-0.0159107156506	0.220636530609	0.0392956365987	0.00707307025025	0.213068889031	-0.0295201031902	0.230262556167	13.1507033423	-16.8496077111	24.8382609976
7	8.98551641203	7.51590548351	6.71631899545	7.80556981369	5.85811958865	5.03155649643	0.0871350747617	0.345776952826	-0.412055011662	-0.961419577456	0.269452773215	-0.645404350679	0.594681670573	0.461241952986	-0.412141517752	0.62210878447	0.0708352195737	0.0311552276314	0.281030408035	-0.0251643308831	0.287067770424	10.2489115036	-32.3976010876	6.24262742145
8	0.590909000717	0.493304092124	0.94297519233	0.711671050155	1.72508747448	4.38710220137	0.250104914172	0.285681581981	-0.0778248657541	-1.15149257876	-0.0619825874177	0.209167829951	-0.116284525839	-0.214993541103	-0.0906327289372	0.723257671332	0.0496475186496	-0.0383927110341	0.281331863117	-0.0198786336867	0.215575787732	2.91737791133	-28.8209643036	3.93808989928
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31	4.7565921357	1.8195814992	4.65822651434	2.34416555335	2.20862434095	5.3171669754	0.0468222350148	-0.340847733623	0.294527097581	0.500981890698	-0.223708938031	0.114636417366	-0.188006697953	-0.362085576316	0.243663278045	0.402797863	-0.0202853572032	-0.0273201264537	0.289401315783	-0.0739406288805	0.229170394936	9.36000231859	-11.8266747665	55.8933749827
32	1.25477141059	1.48730602974	0.499279944415	4.57751716516	0.890076677769	1.90488053402	0.0446768108267	-0.149099402922	0.02467969868	0.21638253266	0.0226717045766	0.125178969954	0.0235974345327	-0.0821643379158	-0.0611085969548	0.219648850764	0.0528067710386	-0.0130549506157	0.21342576253	-0.0126908065857	0.157254391491	-4.54865596629	-24.5933031626	42.2325884802

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 41 )	A	A	5 - 41	1 - 37
2	2	chain 'A' and (resid 42 through 58 )	A	A	42 - 58	38 - 54
3	3	chain 'A' and (resid 59 through 85 )	A	A	59 - 85	55 - 81
4	4	chain 'A' and (resid 86 through 108 )	A	A	86 - 108	82 - 104
5	5	chain 'A' and (resid 109 through 137 )	A	A	109 - 137	105 - 133
6	6	chain 'A' and (resid 138 through 195 )	A	A	138 - 195	134 - 191
7	7	chain 'A' and (resid 196 through 209 )	A	A	196 - 209	192 - 205
8	8	chain 'A' and (resid 210 through 225 )	A	A	210 - 225	206 - 221
9	9	chain 'A' and (resid 226 through 266 )	A	A	226 - 266	222 - 262
10	10	chain 'B' and (resid 5 through 20 )	B	E	5 - 20	1 - 16
11	11	chain 'B' and (resid 21 through 41 )	B	E	21 - 41	17 - 37
12	12	chain 'B' and (resid 42 through 85 )	B	E	42 - 85	38 - 81
13	13	chain 'B' and (resid 86 through 195 )	B	E	86 - 195	82 - 191
14	14	chain 'B' and (resid 196 through 209 )	B	E	196 - 209	192 - 205
15	15	chain 'B' and (resid 210 through 225 )	B	E	210 - 225	206 - 221
16	16	chain 'B' and (resid 226 through 266 )	B	E	226 - 266	222 - 262
17	17	chain 'C' and (resid 5 through 41 )	C	I	5 - 41	1 - 37
18	18	chain 'C' and (resid 42 through 85 )	C	I	42 - 85	38 - 81
19	19	chain 'C' and (resid 86 through 195 )	C	I	86 - 195	82 - 191
20	20	chain 'C' and (resid 196 through 209 )	C	I	196 - 209	192 - 205
21	21	chain 'C' and (resid 210 through 223 )	C	I	210 - 223	206 - 219
22	22	chain 'C' and (resid 224 through 266 )	C	I	224 - 266	220 - 262
23	23	chain 'D' and (resid 4 through 20 )	D	N	4 - 20	1 - 17
24	24	chain 'D' and (resid 21 through 41 )	D	N	21 - 41	18 - 38
25	25	chain 'D' and (resid 42 through 58 )	D	N	42 - 58	39 - 55
26	26	chain 'D' and (resid 59 through 85 )	D	N	59 - 85	56 - 82
27	27	chain 'D' and (resid 86 through 108 )	D	N	86 - 108	83 - 105
28	28	chain 'D' and (resid 109 through 137 )	D	N	109 - 137	106 - 134
29	29	chain 'D' and (resid 138 through 195 )	D	N	138 - 195	135 - 192
30	30	chain 'D' and (resid 196 through 209 )	D	N	196 - 209	193 - 206
31	31	chain 'D' and (resid 210 through 225 )	D	N	210 - 225	207 - 222
32	32	chain 'D' and (resid 226 through 266 )	D	N	226 - 266	223 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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